Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,503,899 |
A→G |
46.7% |
V274V (GTA→GTG) |
uhpT → |
hexose phosphate transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,503,899 | 0 | A | G | 46.7%
| 16.6
/ 145.5
| 164 | V274V (GTA→GTG) | uhpT | hexose phosphate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/59); new base G (31/45); total (59/105) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.27e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
GAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTATACGCGTTCCAGGAACTGAAACTCTCTAAAGCGG > minE/2503834‑2503963
|
gAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACg < 1:3025928/68‑1 (MQ=255)
gAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACg < 1:1816482/68‑1 (MQ=255)
aGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACg < 1:129399/67‑1 (MQ=255)
tATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTAtt > 1:1787686/1‑69 (MQ=255)
tATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTAtt > 1:1143977/1‑69 (MQ=255)
tATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTAtt > 1:346293/1‑69 (MQ=255)
tATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTAtt > 1:2486507/1‑69 (MQ=255)
tgtgCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTg > 1:2911317/1‑68 (MQ=255)
tgCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGt > 1:1752182/1‑68 (MQ=255)
tgCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTa > 1:2698978/1‑69 (MQ=255)
tgCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTa > 1:759466/1‑69 (MQ=255)
cTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATc < 1:1036109/69‑1 (MQ=255)
cTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATc < 1:2198987/69‑1 (MQ=255)
cTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATc < 1:2833673/69‑1 (MQ=255)
cTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATc < 1:1910069/69‑1 (MQ=255)
cTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATc < 1:242231/69‑1 (MQ=255)
cTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATc < 1:2222666/69‑1 (MQ=255)
cTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATc < 1:349807/69‑1 (MQ=255)
tGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATc < 1:1309171/68‑1 (MQ=255)
tGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATc < 1:762198/68‑1 (MQ=255)
aaaaaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCg > 1:2835239/1‑67 (MQ=255)
aaaaaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCg > 1:3402820/1‑67 (MQ=255)
aaaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGAcc < 1:1537279/68‑1 (MQ=255)
aaaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGAcc < 1:1696249/68‑1 (MQ=255)
aaaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGAcc < 1:840427/68‑1 (MQ=255)
aaaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGAcc < 1:1087109/68‑1 (MQ=255)
aaaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGAcc < 1:711904/68‑1 (MQ=255)
aaaCAAAGTGATATGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGAcc < 1:3228895/68‑1 (MQ=255)
aaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGAcc < 1:1584511/67‑1 (MQ=255)
aaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAg < 1:745600/69‑1 (MQ=255)
aaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAg < 1:1242909/69‑1 (MQ=255)
aaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAg < 1:1371383/69‑1 (MQ=255)
aaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAg < 1:2316593/69‑1 (MQ=255)
aaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAg < 1:1665443/69‑1 (MQ=255)
aaCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAg < 1:212970/69‑1 (MQ=255)
aCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGt > 1:645883/1‑69 (MQ=255)
aCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGt > 1:504303/1‑69 (MQ=255)
aCAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGt > 1:446461/1‑69 (MQ=255)
cTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCg < 1:2003996/68‑1 (MQ=255)
cTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCg < 1:2453599/68‑1 (MQ=255)
cTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCg < 1:227717/68‑1 (MQ=255)
cTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCg < 1:1370222/68‑1 (MQ=255)
cTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCg < 1:1469622/68‑1 (MQ=255)
cTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCg < 1:2892891/68‑1 (MQ=255)
cTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCg < 1:1522726/68‑1 (MQ=255)
cTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCg < 1:3278975/68‑1 (MQ=255)
tgctgTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGta < 1:2732932/65‑1 (MQ=255)
tgctgTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGta < 1:2403322/65‑1 (MQ=255)
tgctgTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGta < 1:2532247/65‑1 (MQ=255)
tgctgTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGta < 1:2796443/65‑1 (MQ=255)
tgctgTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGta < 1:881950/65‑1 (MQ=255)
tgctgTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGta < 1:1591896/65‑1 (MQ=255)
tgctgTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGta < 1:1195461/65‑1 (MQ=255)
gtgCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTATACGCGt > 1:1364683/1‑68 (MQ=255)
tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGCCCAGTGGTCAACCGTGTATGCGt > 1:1044114/1‑67 (MQ=255)
tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTAtgcg > 1:1732989/1‑66 (MQ=255)
tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTAtgcg > 1:497997/1‑66 (MQ=255)
tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGt > 1:2113201/1‑67 (MQ=255)
tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGt > 1:1026999/1‑67 (MQ=255)
tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGt > 1:1544483/1‑67 (MQ=255)
tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGt > 1:2209409/1‑67 (MQ=255)
tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGt > 1:2203091/1‑67 (MQ=255)
tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGt > 1:609577/1‑67 (MQ=255)
tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGt > 1:1630311/1‑67 (MQ=255)
tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGt > 1:1648676/1‑67 (MQ=255)
tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGt > 1:1150319/1‑67 (MQ=255)
tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGt > 1:168538/1‑67 (MQ=255)
tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGt > 1:1046220/1‑67 (MQ=255)
tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGt > 1:1895945/1‑67 (MQ=255)
tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGt > 1:1946329/1‑67 (MQ=255)
tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGt > 1:779386/1‑67 (MQ=255)
tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGt > 1:2545809/1‑67 (MQ=255)
tgCTTTGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGt > 1:2627681/1‑67 (MQ=255)
agCTTTGCCAACATTATCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGAGGTCAACCGTGTATGCGt > 1:857912/2‑67 (MQ=255)
tCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTATACGCGTTCCAgg < 1:738383/69‑1 (MQ=255)
tCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTATACGCGTTCCAgg < 1:1200581/69‑1 (MQ=255)
tCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTATACGCGTTCCAgg < 1:1556361/69‑1 (MQ=255)
tCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTATACGCGTTCCAgg < 1:711298/69‑1 (MQ=255)
tCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTATACGCGTTCCAgg < 1:3067874/69‑1 (MQ=255)
gCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCaa < 1:3207776/49‑1 (MQ=255)
gCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCaa < 1:2272351/49‑1 (MQ=255)
gCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCaa < 1:2067145/49‑1 (MQ=255)
gCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCaa < 1:81409/49‑1 (MQ=255)
gCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCaa < 1:786663/49‑1 (MQ=255)
gCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCaa < 1:1957429/49‑1 (MQ=255)
gCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCaa < 1:1888072/49‑1 (MQ=255)
gCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCaa < 1:3173352/49‑1 (MQ=255)
gCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCaa < 1:3193535/49‑1 (MQ=255)
gCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCaa < 1:410972/49‑1 (MQ=255)
gCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCaa < 1:3327314/49‑1 (MQ=255)
gCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCaa < 1:671966/49‑1 (MQ=255)
gCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCaa < 1:659306/49‑1 (MQ=255)
gCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCaa < 1:332910/49‑1 (MQ=255)
gCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCaa < 1:557963/49‑1 (MQ=255)
gCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCaa < 1:530149/49‑1 (MQ=255)
gCCAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCaa < 1:2341136/49‑1 (MQ=255)
ccAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCaa < 1:1217866/48‑1 (MQ=255)
ccAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCaa < 1:410140/48‑1 (MQ=255)
ccAACATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCaa < 1:2180505/48‑1 (MQ=255)
tgGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTATACGCGTTCCAGGAACTGAAACTCTCTAAAGCgg > 1:1393887/1‑69 (MQ=255)
|
GAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTATACGCGTTCCAGGAACTGAAACTCTCTAAAGCGG > minE/2503834‑2503963
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
