Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,546,910 |
G→A |
34.6% |
N193N (AAC→AAT) |
rfaD ← |
ADP‑L‑glycero‑D‑mannoheptose‑6‑epimerase, NAD(P)‑binding |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,546,910 | 0 | G | A | 34.6%
| 53.5
/ 38.1
| 72 | N193N (AAC→AAT) | rfaD | ADP‑L‑glycero‑D‑mannoheptose‑6‑epimerase, NAD(P)‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/27); new base A (10/15); total (30/42) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ACATAGACGAAGTCGCGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCATGCTGCCTTTATGGCCTTCACGCGGT > minE/2546848‑2546973
|
acaTAGACGAAGTCACGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCGCACAGCTTCGTTGATTCACCGTTATTAAGc > 1:2644744/1‑69 (MQ=255)
acaTAGACGAAGTCACGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCGAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTATTAAGc > 1:2931793/1‑69 (MQ=255)
acaTAGACGAAGTCACGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCGAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTATTAAGc > 1:2805105/1‑69 (MQ=255)
acaTAGACGAAGTCACGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCGAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTATTAAGc > 1:2687839/1‑69 (MQ=255)
acaTAGACGAAGTCACGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCGAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTATTAAGc > 1:1221655/1‑69 (MQ=255)
acaTAGACGAAGTCACGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCGAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTATTAAGc > 1:708232/1‑69 (MQ=255)
acaTAGACGAAGTCACGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCGAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTATTAAGc > 1:1758380/1‑69 (MQ=255)
acaTAGACGAAGTCACGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCGAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTATTAAGc > 1:173000/1‑69 (MQ=255)
acaTAGACGAAGTCACGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCGAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTATTAAGc > 1:1368520/1‑69 (MQ=255)
acaTAGACGAAGTCACGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCGAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTATTAAGc > 1:1680946/1‑69 (MQ=255)
gACGAAGTCGCGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGgt > 1:143094/1‑69 (MQ=255)
gACGAAGTCGCGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGgt > 1:1530403/1‑69 (MQ=255)
aCGAAGTCGCGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGgtg > 1:513092/1‑69 (MQ=255)
aCGAAGTCGCGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGgtg > 1:2411201/1‑69 (MQ=255)
aCGAAGTCGCGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGgtg > 1:2580595/1‑69 (MQ=255)
aGTCGCGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTga < 1:236255/69‑1 (MQ=255)
aGTCGCGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTga < 1:45368/69‑1 (MQ=255)
aGTCGCGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTga < 1:47507/69‑1 (MQ=255)
aGTCGCGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTga < 1:266812/69‑1 (MQ=255)
aGTCGCGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTga < 1:2004454/69‑1 (MQ=255)
aGTCGCGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTga < 1:3163723/69‑1 (MQ=255)
aGTCGCGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTga < 1:2974501/69‑1 (MQ=255)
aGTCGCGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTga < 1:1024871/69‑1 (MQ=255)
aGTCGCGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTga < 1:891676/69‑1 (MQ=255)
aGTCGCGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTga < 1:843752/69‑1 (MQ=255)
aGTCGCGTTTGAAGTTCACGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTga < 1:1700018/69‑1 (MQ=255)
tGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTaa > 1:1849998/1‑48 (MQ=255)
tGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTaa > 1:1909616/1‑48 (MQ=255)
tGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTaa > 1:1201891/1‑48 (MQ=255)
tGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTaa > 1:3368365/1‑48 (MQ=255)
ctcGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTga < 1:3061702/53‑1 (MQ=255)
ctcGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACg > 1:828937/1‑67 (MQ=255)
ctcGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGc > 1:1248025/1‑68 (MQ=255)
ctcGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGc > 1:3254300/1‑68 (MQ=255)
ctcGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCt > 1:642742/1‑69 (MQ=255)
ctcGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCt > 1:1596099/1‑69 (MQ=255)
tACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGc < 1:2099632/67‑1 (MQ=255)
tACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGc < 1:1738867/67‑1 (MQ=255)
ttCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCAtgct > 1:722748/1‑69 (MQ=255)
ttCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCAtgct > 1:445348/1‑69 (MQ=255)
ttCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCAtgct > 1:2841448/1‑69 (MQ=255)
ttCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCAtgc > 1:1787756/1‑68 (MQ=255)
aCAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCATGCTGCCtt < 1:769509/69‑1 (MQ=255)
aCAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCATGCTGCCtt < 1:413532/69‑1 (MQ=255)
aCAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCATGCTGCCtt < 1:1980946/69‑1 (MQ=255)
aCAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCATGCTGCCtt < 1:3028612/69‑1 (MQ=255)
aCAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCCCCATGCTGCCtt < 1:946757/69‑1 (MQ=255)
cAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCATGCTGCCttt > 1:1803785/1‑69 (MQ=255)
aGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCATGCTGCCtt < 1:1157090/67‑1 (MQ=255)
aGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCATGCTGCCtt < 1:2968677/67‑1 (MQ=255)
aGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCATGCTGCCtt < 1:2038675/67‑1 (MQ=255)
aGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCATGCTGCCtt < 1:230216/67‑1 (MQ=255)
ttCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCATGCTGCCTTTATgg > 1:1049595/1‑69 (MQ=255)
tCGGTGATTCACCGTTATTAAGCTGGGTGTTGATATgg < 1:1886239/38‑1 (MQ=38)
tCGGTGATTCACCGTTATTAAGCTGGGTGTTGAGATgg < 1:2537929/38‑1 (MQ=255)
tCGGTGATTCACCGTTATTAAGCTGGGTGTTGAGATgg < 1:2765391/38‑1 (MQ=255)
tCGGTGATTCACCGTTATTAAGCTGGGTGTTGAGATgg < 1:931310/38‑1 (MQ=255)
tCGGTGATTCACCGTTATTAAGCTGGGTGTTGAGATgg < 1:3105235/38‑1 (MQ=255)
tCGGTGATTCACCGTTATTAAGCTGGGTGTTGAGATgg < 1:128493/38‑1 (MQ=255)
tCGGTGATTCACCGTTATTAAGCTGGGTGTTGAGATgg < 1:1285580/38‑1 (MQ=255)
tCGGTGATTCACCGTTATTAAGCTGGGTGTTGAGATgg < 1:771816/38‑1 (MQ=255)
tCGGTGATTCACCGTTATTAAGCTGGGTGTTGAGATgg < 1:1291612/38‑1 (MQ=255)
tCGGTGATTCACCGTTATTAAGCTGGGTGTTGAGATgg < 1:618007/38‑1 (MQ=255)
tCGGTGATTCACCGTTATTAAGCTGGGTGTTGAGATgg < 1:3124326/38‑1 (MQ=255)
tCGGTGATTCACCGTTATTAAGCTGGGTGTTGAGATgg < 1:2032610/38‑1 (MQ=255)
tCGGTGATTCACCGTTATTAAGCTGGGTGTTGAGATgg < 1:3206820/38‑1 (MQ=255)
tCGGTGATTCACCGTTATTAAGCTGGGTGTTGAGATgg < 1:2305217/38‑1 (MQ=255)
tCGGTGATTCACCGTTATTAAGCTGGGTGTTGAGATgg < 1:2538287/38‑1 (MQ=255)
tGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCATGCTGCCTTTATGGCCtt < 1:1789332/68‑1 (MQ=255)
tGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCATGCTGCCTTTATGGCCtc < 1:3118856/68‑2 (MQ=255)
cGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCATGCTGCCTTTATGGCCTTCACGCGGt < 1:1443678/68‑1 (MQ=255)
cGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCATGCTGCCTTTATGGCCTTCACGCGGt < 1:9404/68‑1 (MQ=255)
gttgttAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCATGCTGCCTTTATGGCCTTCACGCGGt < 1:2674613/67‑1 (MQ=255)
|
ACATAGACGAAGTCGCGTTTGAAGTTCTCGCTACCTTCAAACAGCTTCGGTGATTCACCGTTGTTAAGCTGGGTGTTGAGATGGAAAGCGACGCTCGCCATGCTGCCTTTATGGCCTTCACGCGGT > minE/2546848‑2546973
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
