Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,589,911 |
T→C |
29.0% |
intergenic (‑587/+212) |
gadE ← / ← hdeD |
DNA‑binding transcriptional activator/acid‑resistance membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,589,911 | 0 | T | C | 29.0%
| 115.9
/ 53.4
| 117 | intergenic (‑587/+212) | gadE/hdeD | DNA‑binding transcriptional activator/acid‑resistance membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (50/33); new base C (15/19); total (65/52) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.51e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
GCATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATGGCTAATTTGCCATAGA > minE/2589847‑2589961
|
gCATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTAc > 1:730461/1‑67 (MQ=255)
gCATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACg > 1:2642124/1‑68 (MQ=255)
gCATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACg > 1:297217/1‑68 (MQ=255)
gCATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACg > 1:1216980/1‑68 (MQ=255)
gCATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACg > 1:1220390/1‑68 (MQ=255)
gCATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACg > 1:2043102/1‑68 (MQ=255)
cATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACgg > 1:3362965/1‑68 (MQ=255)
cATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACgg > 1:2650109/1‑68 (MQ=255)
cATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACgg > 1:2758618/1‑68 (MQ=255)
cATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACgg > 1:2323312/1‑68 (MQ=255)
cATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACgg > 1:3047092/1‑68 (MQ=255)
cATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACgg > 1:797899/1‑68 (MQ=255)
cATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACgg > 1:156296/1‑68 (MQ=255)
cATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACgg > 1:1487276/1‑68 (MQ=255)
cATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACgg > 1:1466962/1‑68 (MQ=255)
cATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACgg > 1:1103063/1‑68 (MQ=255)
cATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACgg > 1:125393/1‑68 (MQ=255)
cATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACgg > 1:1243066/1‑68 (MQ=255)
cATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACg > 1:2924488/1‑67 (MQ=255)
tCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGaa > 1:238328/1‑68 (MQ=255)
tCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGaa > 1:2852067/1‑68 (MQ=255)
tCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGaa > 1:1286517/1‑68 (MQ=255)
tCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGaa > 1:882188/1‑68 (MQ=255)
tCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGaa > 1:1745237/1‑68 (MQ=255)
tCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGaa > 1:311084/1‑68 (MQ=255)
tCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGaa > 1:3306879/1‑68 (MQ=255)
tCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTAAGGaa > 1:2157647/1‑68 (MQ=255)
cAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGaaaa < 1:974652/69‑1 (MQ=255)
aaCGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAat > 1:2865305/1‑69 (MQ=255)
aaCGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAat > 1:2704968/1‑69 (MQ=255)
aaCGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAat > 1:487619/1‑69 (MQ=255)
gCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATc < 1:1792896/69‑1 (MQ=255)
gCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATc < 1:96515/69‑1 (MQ=255)
gCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATc < 1:2484458/69‑1 (MQ=255)
gCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATc < 1:165552/69‑1 (MQ=255)
gCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATc < 1:2710243/69‑1 (MQ=255)
tACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGc > 1:2445059/1‑69 (MQ=255)
tACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGc < 1:663738/69‑1 (MQ=255)
tACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGc > 1:2177140/1‑69 (MQ=255)
tACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGc > 1:2064152/1‑69 (MQ=255)
aCTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGAt < 1:3049405/69‑1 (MQ=255)
aCTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGAt < 1:1108466/69‑1 (MQ=255)
aCTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGAt < 1:3232020/69‑1 (MQ=255)
ctctTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGAt < 1:1486469/68‑1 (MQ=255)
ctTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATaa > 1:2891341/1‑68 (MQ=255)
ctTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAAt > 1:821885/1‑69 (MQ=255)
ctTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAAt > 1:2814134/1‑69 (MQ=255)
ctTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAAt > 1:2360113/1‑69 (MQ=255)
ctTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAAt > 1:2696676/1‑69 (MQ=255)
ctTTGTACACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAAt > 1:442464/1‑69 (MQ=255)
cACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGa < 1:837226/68‑1 (MQ=255)
cACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGa < 1:3380498/68‑1 (MQ=255)
cACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGa < 1:825624/68‑1 (MQ=255)
cACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGa < 1:939076/68‑1 (MQ=255)
cACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGa < 1:3282604/68‑1 (MQ=255)
cACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGa < 1:2490892/68‑1 (MQ=255)
cACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGa < 1:201896/68‑1 (MQ=255)
cACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGa < 1:2551002/68‑1 (MQ=255)
cACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGa < 1:2021787/68‑1 (MQ=255)
cACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGa < 1:2202291/68‑1 (MQ=255)
cACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGa < 1:1608798/68‑1 (MQ=255)
cACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGa < 1:2292709/68‑1 (MQ=255)
cACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGa < 1:2376879/68‑1 (MQ=255)
ttCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGaaatt < 1:2394602/43‑3 (MQ=255)
ttCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAat < 1:1817831/43‑1 (MQ=255)
ttCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAat < 1:518909/43‑1 (MQ=255)
ttCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAat < 1:1004305/43‑1 (MQ=255)
ttCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTg > 1:1886449/1‑63 (MQ=255)
ttCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGa > 1:2209924/1‑64 (MQ=255)
ttCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATg > 1:2293002/1‑68 (MQ=255)
acaTCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATGGCTa < 1:2988450/67‑1 (MQ=255)
acaGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATGGCTa < 1:52670/67‑1 (MQ=255)
acaGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATGGCTa < 1:792614/67‑1 (MQ=255)
acaGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATGGCTa < 1:507702/67‑1 (MQ=255)
acaGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATGGCTa < 1:137803/67‑1 (MQ=255)
acaGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATGGCTa < 1:429154/67‑1 (MQ=255)
acaGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATGGCTa < 1:1021631/67‑1 (MQ=255)
acaGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATGGCTa < 1:3391609/67‑1 (MQ=255)
acaGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATGGCTa < 1:1811078/67‑1 (MQ=255)
acaGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATGGCTa < 1:2597740/67‑1 (MQ=255)
acaGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATGGCTa < 1:3317664/67‑1 (MQ=255)
acaGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATGGCTa < 1:2631581/67‑1 (MQ=255)
acaGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATGGCTa < 1:3229796/67‑1 (MQ=255)
acaGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATGGCTa < 1:2794629/67‑1 (MQ=255)
acaGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATGGCTa < 1:2224020/67‑1 (MQ=255)
acaGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATGGCTa < 1:2895672/67‑1 (MQ=255)
acaGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATGGCTa < 1:2341155/67‑1 (MQ=255)
acaGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATGGCTa < 1:2835292/67‑1 (MQ=255)
cACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGa > 1:1004680/1‑55 (MQ=255)
cACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGa > 1:1115851/1‑55 (MQ=255)
cACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGa > 1:1550948/1‑55 (MQ=255)
cACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGa > 1:2825806/1‑55 (MQ=255)
cACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGa > 1:1638994/1‑55 (MQ=255)
cACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGa > 1:1777014/1‑55 (MQ=255)
cACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATGGCTAATTTGc > 1:1694469/1‑69 (MQ=255)
cACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATGGCTAATTTGc > 1:335462/1‑69 (MQ=255)
tttAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATGGCTAATTTGCCa > 1:1723382/1‑67 (MQ=255)
aaaaCATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATGGCTAATTTGCCATaga > 1:1235488/1‑68 (MQ=255)
aaaaCATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATGGCTAATTTGCCATaga > 1:1787599/1‑68 (MQ=255)
aaaaCATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATGGCTAATTTGCCATaga > 1:1993781/1‑68 (MQ=255)
|
GCATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATGGCTAATTTGCCATAGA > minE/2589847‑2589961
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
