Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,605,152 |
G→A |
44.0% |
D90D (GAC→GAT) |
uspA ← |
universal stress global response regulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,605,152 | 0 | G | A | 44.0%
| 24.1
/ 62.5
| 84 | D90D (GAC→GAT) | uspA | universal stress global response regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/35); new base A (26/11); total (38/46) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.98e-05 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GTGACCACAAACCACCAAATCCATATCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTCAGTGCAT > minE/2605089‑2605219
|
gtgACCACAAACCACCAAATCCATATCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTcgcc > 1:287552/1‑69 (MQ=255)
gtgACCACAAACCACCAAATCCATATCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTcgcc > 1:1946765/1‑69 (MQ=255)
gtgACCACAAACCACCAAATCCATATCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTcgcc > 1:2098185/1‑69 (MQ=255)
gtgACCACAAACCACCAAATCCATATCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTcgcc > 1:3344517/1‑69 (MQ=255)
aaTCCATATCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGttt < 1:1684109/69‑1 (MQ=255)
aaTCCATATCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGttt < 1:1663532/69‑1 (MQ=255)
aaTCCATATCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGttt < 1:2569351/69‑1 (MQ=255)
tatCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCa < 1:2497888/65‑1 (MQ=255)
tatCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCa < 1:1785107/65‑1 (MQ=255)
tatCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCa < 1:2167853/65‑1 (MQ=255)
tatCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCa < 1:1674551/65‑1 (MQ=255)
tatCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCa < 1:1623141/65‑1 (MQ=255)
tatCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCa < 1:571291/65‑1 (MQ=255)
tatCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCa < 1:614975/65‑1 (MQ=255)
tatCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCa < 1:618938/65‑1 (MQ=255)
tatCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCa < 1:636454/65‑1 (MQ=255)
tatCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCa < 1:2806898/65‑1 (MQ=255)
tatCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTg < 1:605835/68‑1 (MQ=255)
tatCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTg < 1:318382/68‑1 (MQ=255)
atCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCa < 1:718629/64‑1 (MQ=255)
atCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTg < 1:2623329/67‑1 (MQ=255)
tCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGAt > 1:668818/1‑68 (MQ=255)
tCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGG‑TTCAGTGATTg > 1:1001644/1‑69 (MQ=255)
gTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTg < 1:3132183/64‑1 (MQ=255)
gTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTg < 1:245473/64‑1 (MQ=255)
gTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTg < 1:731157/64‑1 (MQ=255)
gTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTg < 1:2428327/64‑1 (MQ=255)
gTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTg > 1:2469931/1‑64 (MQ=255)
gTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTg < 1:2844913/64‑1 (MQ=255)
gTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTg > 1:2501766/1‑64 (MQ=255)
gTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTg < 1:2285257/64‑1 (MQ=255)
gTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTg < 1:1679538/64‑1 (MQ=255)
gTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTg > 1:3029284/1‑64 (MQ=255)
gTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTg < 1:433386/64‑1 (MQ=255)
gTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTg > 1:1407645/1‑64 (MQ=255)
gTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTg > 1:1713747/1‑64 (MQ=255)
gTATTTATGGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTg > 1:3435846/1‑64 (MQ=255)
tATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTg < 1:478310/63‑1 (MQ=255)
gATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGc > 1:2750070/1‑69 (MQ=255)
gATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGc > 1:2560152/1‑69 (MQ=255)
gATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGc > 1:2657515/1‑69 (MQ=255)
gATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGc > 1:1223497/1‑69 (MQ=255)
gATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGc > 1:2459769/1‑69 (MQ=255)
gATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGc > 1:3382677/1‑69 (MQ=255)
gATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGc > 1:3386643/1‑69 (MQ=255)
gATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGc > 1:3132344/1‑69 (MQ=255)
gATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGc > 1:2025149/1‑69 (MQ=255)
gATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGc > 1:1962424/1‑69 (MQ=255)
gATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGACTga > 1:3404884/1‑68 (MQ=255)
ttGAATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTg < 1:2071997/66‑1 (MQ=255)
tGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCAtt < 1:3203610/69‑1 (MQ=255)
tGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCAtt < 1:533600/69‑1 (MQ=255)
tGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCAtt < 1:2521885/69‑1 (MQ=255)
tGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCAtt < 1:2453575/69‑1 (MQ=255)
tGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCAtt < 1:439178/69‑1 (MQ=255)
tcATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCAtt < 1:1759393/67‑1 (MQ=255)
aCCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGtt > 1:1474804/1‑39 (MQ=37)
aCCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGtt > 1:2155072/1‑39 (MQ=37)
aCCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTggg > 1:1944741/1‑51 (MQ=255)
aCCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTGGTTGaa > 1:3263478/1‑69 (MQ=255)
aCCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTGGTTGaa > 1:3299231/1‑69 (MQ=255)
aCCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTGGTTGaa > 1:719239/1‑69 (MQ=255)
aCCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTGGTTGaa > 1:1022708/1‑69 (MQ=255)
aCCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTGGTTGaa > 1:284959/1‑69 (MQ=255)
aCCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTGGTTGaa > 1:1221045/1‑69 (MQ=255)
aCCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTGGTTGaa > 1:2461236/1‑69 (MQ=255)
aCCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTGGTTGaa > 1:2414758/1‑69 (MQ=255)
aCCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTGGTTGaa > 1:214753/1‑69 (MQ=255)
aCCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTGGTTGaa > 1:2083268/1‑69 (MQ=255)
aCCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTGGTTGa > 1:1396536/1‑68 (MQ=255)
aCCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTGGTTGa > 1:1681813/1‑68 (MQ=255)
tGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTc < 1:951902/69‑1 (MQ=255)
tGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTc < 1:111531/69‑1 (MQ=255)
tGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTc < 1:636788/69‑1 (MQ=255)
tGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTc < 1:1451169/69‑1 (MQ=255)
tGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTc < 1:2065418/69‑1 (MQ=255)
tGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTc < 1:2379018/69‑1 (MQ=255)
tGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTc < 1:3348920/69‑1 (MQ=255)
tGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTc < 1:3220854/69‑1 (MQ=255)
ggCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTCa < 1:1257596/69‑1 (MQ=255)
ggCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTCa < 1:2941705/69‑1 (MQ=255)
ccAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTCAGTg < 1:1536541/69‑1 (MQ=255)
cAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTCAGTGc < 1:2635336/69‑1 (MQ=255)
cAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTCAGTGc < 1:3122584/69‑1 (MQ=255)
ggTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTCAGTGCat < 1:2377565/69‑1 (MQ=255)
ggTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTCAGTGCat < 1:485154/69‑1 (MQ=255)
ggTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTCAGTGCat < 1:1591930/69‑1 (MQ=255)
ggTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTCAGTGCat < 1:1590620/69‑1 (MQ=255)
ggTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTCAGTGCat < 1:2601730/69‑1 (MQ=255)
ggTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTCAGTGCat < 1:629402/69‑1 (MQ=255)
ggTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTCAGTGCat < 1:1177395/69‑1 (MQ=255)
ggTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTCAGTGCat < 1:1108534/69‑1 (MQ=255)
|
GTGACCACAAACCACCAAATCCATATCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTCAGTGCAT > minE/2605089‑2605219
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
