Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,606,931 |
A→G |
38.8% |
G320G (GGT→GGC) |
pitA ← |
phosphate transporter, low‑affinity |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,606,931 | 0 | A | G | 38.8%
| 48.7
/ 68.4
| 102 | G320G (GGT→GGC) | pitA | phosphate transporter, low‑affinity |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (33/29); new base G (3/36); total (36/66) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.62e-06 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
ATGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATGGTATTCGACGGATGGCAGTGGAACTCCGCAGGTTGCGTT > minE/2606863‑2606997
|
aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa < 1:2222641/69‑1 (MQ=255)
aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:3195348/1‑69 (MQ=255)
aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:2043421/1‑69 (MQ=255)
aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:2139613/1‑69 (MQ=255)
aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:2207593/1‑69 (MQ=255)
aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:3110471/1‑69 (MQ=255)
aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:3422647/1‑69 (MQ=255)
aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:1715945/1‑69 (MQ=255)
aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:3424526/1‑69 (MQ=255)
aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:357743/1‑69 (MQ=255)
aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:1434189/1‑69 (MQ=255)
aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:496070/1‑69 (MQ=255)
aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:1362481/1‑69 (MQ=255)
aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:1355695/1‑69 (MQ=255)
aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:2306773/1‑69 (MQ=255)
aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:2917205/1‑69 (MQ=255)
aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:694034/1‑69 (MQ=255)
aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa < 1:2563105/69‑1 (MQ=255)
aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:1037388/1‑69 (MQ=255)
aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:1066294/1‑69 (MQ=255)
aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:2832683/1‑69 (MQ=255)
aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:1256716/1‑69 (MQ=255)
aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:2827362/1‑69 (MQ=255)
gcggcgCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATAcc < 1:1892097/69‑1 (MQ=255)
gcggcgCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATAcc < 1:1014233/69‑1 (MQ=255)
gcATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCa > 1:1983495/1‑69 (MQ=255)
gcATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCa > 1:3175924/1‑69 (MQ=255)
gcATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCa > 1:1192758/1‑69 (MQ=255)
gcATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCa > 1:1245484/1‑69 (MQ=255)
tCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGc > 1:1722293/1‑69 (MQ=255)
tCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGc > 1:2004266/1‑69 (MQ=255)
tGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTTGTCAACATACCTTTCAGGCgg > 1:1737344/1‑69 (MQ=255)
tGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCgg > 1:1772442/1‑69 (MQ=255)
tGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCgg > 1:2205701/1‑69 (MQ=255)
tGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCgg > 1:2128249/1‑69 (MQ=255)
tGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCgg > 1:2065855/1‑69 (MQ=255)
tGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCgg > 1:2631011/1‑69 (MQ=255)
tGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCgg > 1:1824104/1‑69 (MQ=255)
tGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCgg > 1:1098444/1‑69 (MQ=255)
tGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCgg > 1:2473276/1‑69 (MQ=255)
tGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCgg > 1:1449360/1‑69 (MQ=255)
tGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCgg > 1:563069/1‑69 (MQ=255)
tGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCgg > 1:1365214/1‑69 (MQ=255)
tGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCgg > 1:1254381/1‑69 (MQ=255)
ggCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCgg > 1:2635176/1‑68 (MQ=255)
ggCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCgg > 1:1823971/1‑68 (MQ=255)
ggCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCgg > 1:1134932/1‑68 (MQ=255)
ttGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATTCCTTTCAGGCGGTTGAgcg < 1:2248386/68‑1 (MQ=255)
ttGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCGGTTGAgcg < 1:1001134/68‑1 (MQ=255)
ttGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCGGTTGAgcg < 1:492337/68‑1 (MQ=255)
tCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGtt < 1:3259624/68‑1 (MQ=255)
tCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGtt < 1:714958/68‑1 (MQ=255)
tCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGtt < 1:183933/68‑1 (MQ=255)
tCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGtt < 1:1263096/68‑1 (MQ=255)
gCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATgg < 1:3029564/69‑1 (MQ=255)
gCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATgg < 1:814692/69‑1 (MQ=255)
gCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATgg < 1:605747/69‑1 (MQ=255)
aGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATGGTATTc < 1:2490212/69‑1 (MQ=255)
tGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATGGTATTCGACg < 1:2108326/69‑1 (MQ=255)
tGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATGGTATTCGACg < 1:2998333/69‑1 (MQ=255)
tGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATGGTATTCGACg < 1:1181000/69‑1 (MQ=255)
tGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATGGTATTCGACg < 1:1102146/69‑1 (MQ=255)
tGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATGGTATTCGACg < 1:1929465/69‑1 (MQ=255)
tGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATGGTATTCGACg < 1:3419062/69‑1 (MQ=255)
tGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATGGTATTCGACg < 1:2045124/69‑1 (MQ=255)
gTAGCTTTCCAGATCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATgg < 1:921156/56‑1 (MQ=38)
gTAGCTTTCCACATCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATgg < 1:878388/56‑1 (MQ=255)
gTAGCTTTCCACATCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATgg < 1:3280058/56‑1 (MQ=255)
gTAGCTTTCCACATCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATgg < 1:3354995/56‑1 (MQ=255)
gTAGCTTTCCACATCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATgg < 1:2080789/56‑1 (MQ=255)
gTAGCTTTCCACATCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATgg < 1:1961599/56‑1 (MQ=255)
gTAGCTTTCCACATCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATgg < 1:1431009/56‑1 (MQ=255)
gTAGCTTTCCACATCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATgg < 1:3112437/56‑1 (MQ=255)
gTAGCTTTCCACATCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATgg < 1:1426692/56‑1 (MQ=255)
gTAGCTTTCCACATCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATgg < 1:1372899/56‑1 (MQ=255)
gTAGCTTTCCACATCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATgg < 1:3024263/56‑1 (MQ=255)
gTAGCTTTCCACATCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATgg < 1:68281/56‑1 (MQ=255)
gTAGCTTTCCACATCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATgg < 1:2547475/56‑1 (MQ=255)
gTAGCTTTCCACATCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATgg < 1:2752202/56‑1 (MQ=255)
caTCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGtt < 1:1317902/40‑1 (MQ=38)
caTCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGtt < 1:1219852/40‑1 (MQ=38)
caTCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGtt < 1:1037186/40‑1 (MQ=38)
caTCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGtt < 1:2564204/40‑1 (MQ=38)
caTCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGtt < 1:3193643/40‑1 (MQ=38)
caTCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGtt < 1:2625363/40‑1 (MQ=38)
caTCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGtt < 1:2425477/40‑1 (MQ=38)
caTCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGtt < 1:2360335/40‑1 (MQ=38)
caTCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGtt < 1:2316039/40‑1 (MQ=38)
caTCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGtt < 1:2306974/40‑1 (MQ=38)
caTCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGtt < 1:3061858/40‑1 (MQ=38)
caTCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGtt < 1:2210626/40‑1 (MQ=38)
caTCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCGGTT‑AGCGCGtt < 1:1015253/39‑1 (MQ=21)
cAACATACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATGGTATTCGACGGATGGCAGTGGAACTCCGCAGgttg > 1:2221651/1‑69 (MQ=255)
cAACATACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATGGTATTCGACGGATGGCAGTGGAACTCCGCAGgttg > 1:750518/1‑69 (MQ=255)
cAACATACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATGGTATTCGACGGATGGCAGTGGAACTCCGCAGgttg > 1:1001670/1‑69 (MQ=255)
aTACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATGGTATTCGACGGATGGCAGTGGAACTCCGCAGgttgcgtt > 1:481325/1‑69 (MQ=255)
aTACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATGGTATTCGACGGATGGCAGTGGAACTCCGCAGgttgcgtt > 1:1619467/1‑69 (MQ=255)
aTACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATGGTATTCGACGGATGGCAGTGGAACTCCGCAGgttgcgtt > 1:1782719/1‑69 (MQ=255)
aTACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATGGTATTCGACGGATGGCAGTGGAACTCCGCAGgttgcgtt > 1:1974628/1‑69 (MQ=255)
aTACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATGGTATTCGACGGATGGCAGTGGAACTCCGCAGgttgcgt > 1:1631045/1‑68 (MQ=255)
|
ATGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATGGTATTCGACGGATGGCAGTGGAACTCCGCAGGTTGCGTT > minE/2606863‑2606997
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
