Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,612,212 |
T→C |
30.8% |
S437S (TCA→TCG) |
nikA ← |
nickel transporter subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,612,212 | 0 | T | C | 30.8%
| 69.1
/ 39.3
| 81 | S437S (TCA→TCG) | nikA | nickel transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/32); new base C (19/6); total (43/38) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.82e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.38e-01 |
ACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCATATGGCGCGCCCCAGGTGCGGTGGAAAAT > minE/2612144‑2612280
|
aCTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCgtgt < 1:1111360/69‑1 (MQ=255)
aCTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCgtgt < 1:2860625/69‑1 (MQ=255)
aCTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCgtgt < 1:2824295/69‑1 (MQ=255)
aCTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCgtgt < 1:2622900/69‑1 (MQ=255)
tCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGAc < 1:766930/69‑1 (MQ=255)
tCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGAc < 1:1768181/69‑1 (MQ=255)
tCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGAc < 1:700254/69‑1 (MQ=255)
tCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGAc < 1:593548/69‑1 (MQ=255)
tCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGAc < 1:2059031/69‑1 (MQ=255)
tCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGAc < 1:2187824/69‑1 (MQ=255)
tCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGAc < 1:1017639/69‑1 (MQ=255)
tCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGAc < 1:1327595/69‑1 (MQ=255)
tCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGAc < 1:437201/69‑1 (MQ=255)
tCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGAc < 1:2960819/69‑1 (MQ=255)
tCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGAc < 1:3053585/69‑1 (MQ=255)
ctctTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTAcgcg > 1:1212179/1‑69 (MQ=255)
ctctTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTAcgcg > 1:2430905/1‑69 (MQ=255)
ctctTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTAcgcg > 1:2969060/1‑69 (MQ=255)
ctctTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTAcgcg > 1:624490/1‑69 (MQ=255)
tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:2674647/1‑69 (MQ=255)
tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:2169612/1‑69 (MQ=255)
tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:2461742/1‑69 (MQ=255)
tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:2428159/1‑69 (MQ=255)
tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:545659/1‑69 (MQ=255)
tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:3037225/1‑69 (MQ=255)
tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:1850724/1‑69 (MQ=255)
tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:641414/1‑69 (MQ=255)
tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:3280737/1‑69 (MQ=255)
tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:880155/1‑69 (MQ=255)
tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:1550514/1‑69 (MQ=255)
tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:1478589/1‑69 (MQ=255)
tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:1345388/1‑69 (MQ=255)
tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:1425608/1‑69 (MQ=255)
tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:1461227/1‑69 (MQ=255)
tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:92005/1‑69 (MQ=255)
tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:1105405/1‑69 (MQ=255)
tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:142652/1‑69 (MQ=255)
tcgttATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:1465281/4‑69 (MQ=255)
tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTAcgcg < 1:501918/64‑1 (MQ=255)
tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTAcgcg < 1:2188683/64‑1 (MQ=255)
tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTAcgcg < 1:56316/64‑1 (MQ=255)
tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTAcgcg < 1:1055154/64‑1 (MQ=255)
tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTAcgcg < 1:3013354/64‑1 (MQ=255)
tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCAtt > 1:1028113/1‑68 (MQ=255)
tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:347573/1‑69 (MQ=255)
tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:3408576/1‑69 (MQ=255)
tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:3203085/1‑69 (MQ=255)
tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:1181226/1‑69 (MQ=255)
tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:111457/1‑69 (MQ=255)
tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:2854327/1‑69 (MQ=255)
tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:2774180/1‑69 (MQ=255)
tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:2750619/1‑69 (MQ=255)
tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:1577264/1‑69 (MQ=255)
tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:1511714/1‑69 (MQ=255)
tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:202841/1‑69 (MQ=255)
tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:1445043/1‑69 (MQ=255)
tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:2372010/1‑69 (MQ=255)
tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:2625111/1‑69 (MQ=255)
tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTCTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:478230/1‑69 (MQ=255)
tATCAATCAGAGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:1147235/1‑69 (MQ=255)
tcaatcaGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg < 1:2992150/67‑1 (MQ=255)
tcaatcaGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg < 1:309528/67‑1 (MQ=255)
tcaatcaGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg < 1:2699194/67‑1 (MQ=255)
tAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGAt > 1:1441480/1‑68 (MQ=255)
aaTCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCa < 1:1638731/69‑1 (MQ=255)
aaTCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCa < 1:2848117/69‑1 (MQ=255)
aaTCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCa < 1:2844236/69‑1 (MQ=255)
aaTCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCa < 1:1043304/69‑1 (MQ=255)
aaTCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCa < 1:1176414/69‑1 (MQ=255)
gCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCa < 1:532609/62‑1 (MQ=255)
gCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCa < 1:2491852/62‑1 (MQ=255)
gCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCa < 1:3134152/62‑1 (MQ=255)
gCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCa < 1:276199/62‑1 (MQ=255)
gCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCa < 1:2409448/62‑1 (MQ=255)
gCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCa < 1:1301039/62‑1 (MQ=255)
gCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCa < 1:3368080/62‑1 (MQ=255)
gCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCa < 1:1985741/62‑1 (MQ=255)
aGTCAGCGTGCGACGGTACGCGCATTGAACTCAGGAAGGCGTGTGGATCGTATGGCGCGCCCCAGGTGc < 1:3174595/69‑1 (MQ=255)
aGTCAGCGTGCGACGGTACGCGCATTGAACTCAGGAAGGCGTGTGGATCGTATGGCGCGCCCCAGGTGc < 1:2757706/69‑1 (MQ=255)
aGTCAGCGTGCGACGGTACGCGCATTGAACTCAGGAAGGCGTGTGGATCGTATGGCGCGCCCCAGGTGc < 1:2555460/69‑1 (MQ=255)
aGTCAGCGTGCGACGGTACGCGCATTGAACTCAGGAAGGCGTGTGGATCGTATGGCGCGCCCCAGGTGc < 1:1077630/69‑1 (MQ=255)
aGTCAGCGTGCGACGGTACGCGCATTGAACTCAGGAAGGCGTGTGGATCGTATGGCGCGCCCCAGGTGc < 1:747601/69‑1 (MQ=255)
aGTCAGCGTGCGACGGTACGCGCATTGAACTCAGGAAGGCGTGTGGATCGTATGGCGCGCCCCAGGTGc < 1:1597359/69‑1 (MQ=255)
aGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCATATGGCGCGCCCCAGGTGCGGt > 1:2014715/1‑68 (MQ=255)
aGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCATATGGCGCGCCCCAGGTGCGGt > 1:1847186/1‑68 (MQ=255)
tgACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCATATGGCGCGCCCCAGGTGCGGTGGAAAAt < 1:1343804/69‑1 (MQ=255)
tgACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCATATGGCGCGCCCCAGGTGCGGTGGAAAAt < 1:824692/69‑1 (MQ=255)
tgACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCATATGGCGCGCCCCAGGTGCGGTGGAAAAt < 1:2252286/69‑1 (MQ=255)
tgACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCATATGGCGCGCCCCAGGTGCGGTGGAAAAt < 1:2347093/69‑1 (MQ=255)
tgACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCATATGGCGCGCCCCAGGTGCGGTGGAAAAt < 1:98431/69‑1 (MQ=255)
|
ACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCATATGGCGCGCCCCAGGTGCGGTGGAAAAT > minE/2612144‑2612280
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
