Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,636,937 |
A→G |
60.8% |
V220V (GTA→GTG) |
ugpA → |
glycerol‑3‑phosphate transporter subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,636,937 | 0 | A | G | 60.8%
| 25.3
/ 35.0
| 56 | V220V (GTA→GTG) | ugpA | glycerol‑3‑phosphate transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/9); new base G (11/23); total (24/32) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.86e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.91e-01 |
GCCGATTCGCCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATCGACGCCGCCAC > minE/2636871‑2636990
|
gCCGATTCGCCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAg > 1:2777344/1‑68 (MQ=255)
cGATTCGCCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGa < 1:1202846/69‑1 (MQ=255)
cGATTCGCCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGa < 1:819509/69‑1 (MQ=255)
cGATTCGCCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGa < 1:2785302/69‑1 (MQ=255)
cGATTCGCCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGa < 1:621333/69‑1 (MQ=255)
gATTCGCCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGa < 1:1851902/68‑1 (MQ=255)
ttCGCCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCATATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGAAcc > 1:3337136/1‑69 (MQ=255)
cgcTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGTTAGTGAACCTGgtg < 1:3279793/69‑1 (MQ=255)
cgcTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGAACCTGgtg < 1:1523437/69‑1 (MQ=255)
cgcTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGAACCTGgtg < 1:3173838/69‑1 (MQ=255)
ttGCGCTGCCGCTTATCGCTCCGGTGAGTTTCTTGCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCttcttc > 1:956025/1‑68 (MQ=255)
ttGCGCTGCCGCTTATCGCTCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCttcttc > 1:3262661/1‑68 (MQ=255)
ttGCGCTGCCGCTTATCGCTCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCttcttc > 1:632537/1‑68 (MQ=255)
ttGCGCTGCCGCTTATCGCTCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCttcttc > 1:659671/1‑68 (MQ=255)
ttGCGCTGCCGCTTATCGCTCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCttcttc > 1:846250/1‑68 (MQ=255)
ttGCGCTGCCGCTTATCGCTCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCttcttc > 1:1966160/1‑68 (MQ=255)
ttGCGCTGCCGCTTATCGCTCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCttcttc > 1:119774/1‑68 (MQ=255)
ttGCGCTGCCGCTTATCGCTCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCttcttc > 1:1850822/1‑68 (MQ=255)
ttGCGCTGCCGCTTATCGCTCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCttcttc > 1:1422446/1‑68 (MQ=255)
ttGCGCTGCCGCTTATCGCTCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCttcttc > 1:1617542/1‑68 (MQ=255)
ttGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGAACCTGgt > 1:1775550/1‑55 (MQ=255)
ttGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGAACCTGgt > 1:1146259/1‑55 (MQ=255)
ttGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGAACCTGgt > 1:716784/1‑55 (MQ=255)
ttGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGAACCTGgt > 1:1594800/1‑55 (MQ=255)
ttGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGAACCTGgt > 1:1638444/1‑55 (MQ=255)
ttGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGAACCTGgt > 1:1638456/1‑55 (MQ=255)
ttGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGAACCTGgt > 1:2997213/1‑55 (MQ=255)
ttGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGAACCTGgt > 1:2036211/1‑55 (MQ=255)
ttGCGCTGACGCTTATCGCTCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCttcttc > 1:3266243/1‑68 (MQ=255)
gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:2115586/66‑1 (MQ=255)
gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:1804703/66‑1 (MQ=255)
gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:1223381/66‑1 (MQ=255)
gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:134230/66‑1 (MQ=255)
gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:792718/66‑1 (MQ=255)
gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:1728227/66‑1 (MQ=255)
gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:1564825/66‑1 (MQ=255)
gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:630915/66‑1 (MQ=255)
gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:2069899/66‑1 (MQ=255)
gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:3435437/66‑1 (MQ=255)
gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:3282588/66‑1 (MQ=255)
gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:244685/66‑1 (MQ=255)
gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:3276007/66‑1 (MQ=255)
gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:1677616/66‑1 (MQ=255)
gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:2250291/66‑1 (MQ=255)
gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:285453/66‑1 (MQ=255)
gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:285121/66‑1 (MQ=255)
gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:1689918/66‑1 (MQ=255)
gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:1717576/66‑1 (MQ=255)
gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:259612/66‑1 (MQ=255)
gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:2588340/66‑1 (MQ=255)
ctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:3252891/66‑1 (MQ=255)
ctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:2773552/66‑1 (MQ=255)
gAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATCGAcgccgc > 1:2182281/1‑69 (MQ=255)
gAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATCGAcgccgc > 1:2080505/1‑69 (MQ=255)
tttCTTCCTGCTGGTAGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATCGACGCCGCCAc > 1:552417/1‑69 (MQ=255)
gctgGTAGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACAcc < 1:515481/37‑1 (MQ=255)
|
GCCGATTCGCCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATCGACGCCGCCAC > minE/2636871‑2636990
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
