Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,646,646 |
T→C |
35.0% |
L144L (TTG→CTG) |
asd → |
aspartate‑semialdehyde dehydrogenase, NAD(P)‑binding |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,646,646 | 0 | T | C | 35.0%
| 66.3
/ 56.2
| 97 | L144L (TTG→CTG) | asd | aspartate‑semialdehyde dehydrogenase, NAD(P)‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/37); new base C (18/16); total (44/53) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.93e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGATTAAATAATGGCATCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGGTGTCCGTTGCAACCTACCAGGCCGC > minE/2646580‑2646707
|
ggATTAAATAATGGCATCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTg < 1:1306985/69‑1 (MQ=255)
ggATTAAATAATGGCATCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTg < 1:1728229/69‑1 (MQ=255)
ggATTAAATAATGGCATCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTg < 1:2646120/69‑1 (MQ=255)
ggATTAAATAATGGCATCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTg < 1:3433278/69‑1 (MQ=255)
ggATTAAATAATGGCATCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTg < 1:665680/69‑1 (MQ=255)
ggATTAAATAATGGCATCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTg < 1:290367/69‑1 (MQ=255)
ggATTAAATAATGGCATCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTg < 1:1721358/69‑1 (MQ=255)
taatGGCATCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTg < 1:3185908/61‑1 (MQ=255)
atGGCATCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTg > 1:957874/1‑59 (MQ=255)
atGGCATCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTAt > 1:417030/1‑69 (MQ=255)
atGGCATCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTAt > 1:1467272/1‑69 (MQ=255)
atGGCATCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTAt > 1:994420/1‑69 (MQ=255)
aTCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGcc > 1:1117751/1‑69 (MQ=255)
aTCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGcc > 1:3402748/1‑69 (MQ=255)
aTCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGcc > 1:792532/1‑69 (MQ=255)
tCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGcc > 1:3050400/1‑68 (MQ=255)
tCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGcc > 1:1530787/1‑68 (MQ=255)
tCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGcc > 1:694463/1‑68 (MQ=255)
tCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGCCa > 1:2319391/1‑69 (MQ=255)
tCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGCCa > 1:2308147/1‑69 (MQ=255)
tCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGCCa > 1:2230879/1‑69 (MQ=255)
tCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGCCa > 1:1723831/1‑69 (MQ=255)
tCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGCCa > 1:2198028/1‑69 (MQ=255)
tCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGCCa > 1:2180540/1‑69 (MQ=255)
tCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGCCa > 1:2099965/1‑69 (MQ=255)
tCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGCCa > 1:1711284/1‑69 (MQ=255)
tCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGCCa > 1:1667108/1‑69 (MQ=255)
tCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGCCa > 1:3389894/1‑69 (MQ=255)
tCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGCCa > 1:384284/1‑69 (MQ=255)
tCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGCCa > 1:1458319/1‑69 (MQ=255)
tCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGCCa > 1:1385416/1‑69 (MQ=255)
tCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGCCa > 1:13502/1‑69 (MQ=255)
tCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGCCa > 1:1204094/1‑69 (MQ=255)
aGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAAt > 1:2843755/1‑69 (MQ=255)
aGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAAt > 1:128223/1‑69 (MQ=255)
gACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATg < 1:198918/68‑1 (MQ=255)
gACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGa < 1:1897729/69‑1 (MQ=255)
aCTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGAt < 1:249630/69‑1 (MQ=255)
aCTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGAt < 1:471180/69‑1 (MQ=255)
aCTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGAt < 1:1006819/69‑1 (MQ=255)
ttgttgGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCtt > 1:1494090/1‑68 (MQ=255)
ttgGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCttgtt < 1:1716589/68‑1 (MQ=255)
ttgGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCttgtt < 1:2742619/68‑1 (MQ=255)
ttgGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCttgtt < 1:270416/68‑1 (MQ=255)
ttgGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCttgtt < 1:2449613/68‑1 (MQ=255)
ttgGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCttgtt < 1:588943/68‑1 (MQ=255)
ttgGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCttgtt < 1:551166/68‑1 (MQ=255)
ttgGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCttgtt < 1:3333509/68‑1 (MQ=255)
ttgGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCttgtt < 1:3434885/68‑1 (MQ=255)
aaCTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGgtg < 1:1574437/69‑1 (MQ=255)
aaCTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGgtg < 1:2840142/69‑1 (MQ=255)
aaCTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGgtg < 1:2664899/69‑1 (MQ=255)
aaCTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGgtg < 1:1846908/69‑1 (MQ=255)
aaCTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGgtg < 1:1444228/69‑1 (MQ=255)
aaCTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGgtg < 1:1396353/69‑1 (MQ=255)
aaCTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGgtg < 1:1881634/69‑1 (MQ=255)
aaCTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGgtg < 1:1955654/69‑1 (MQ=255)
aaCTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGgtg < 1:1334171/69‑1 (MQ=255)
gTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGGTGTCCg > 1:3432746/1‑69 (MQ=255)
ccGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCtt < 1:324071/50‑1 (MQ=255)
ccGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCtt < 1:16111/50‑1 (MQ=255)
ccGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCtt < 1:3164008/50‑1 (MQ=255)
ccGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCtt < 1:3334262/50‑1 (MQ=255)
ccGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCtt < 1:450918/50‑1 (MQ=255)
ccGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCtt < 1:768016/50‑1 (MQ=255)
ccGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCtt < 1:935777/50‑1 (MQ=255)
ccGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCtt < 1:1006200/50‑1 (MQ=255)
ccGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCtt < 1:2053393/50‑1 (MQ=255)
ccGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCtt < 1:2270227/50‑1 (MQ=255)
ccGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCtt < 1:2459073/50‑1 (MQ=255)
ccGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCtt < 1:1722734/50‑1 (MQ=255)
ccGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCtt < 1:2461620/50‑1 (MQ=255)
ccGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCtt < 1:2611617/50‑1 (MQ=255)
ccGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGCCAACGATCtt < 1:84346/50‑1 (MQ=255)
cGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCtt < 1:1733586/49‑1 (MQ=255)
gTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGGTGTCCGTTGCa < 1:2599083/69‑1 (MQ=255)
gTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGGTGTCCGTTGCa < 1:2053034/69‑1 (MQ=255)
gTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGGTGTCCGTTGCa < 1:2505334/69‑1 (MQ=255)
gTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGGTGTCCGTTGCa < 1:3131477/69‑1 (MQ=255)
gTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGGTGTCCGTTGCa < 1:147461/69‑1 (MQ=255)
gTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGGTGTCCGTTGCa < 1:3409394/69‑1 (MQ=255)
aGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGGTGTCCGTTGCAAcc > 1:362377/1‑69 (MQ=255)
cTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGGTGTCCGTTGCAAcc > 1:1085063/1‑66 (MQ=255)
cTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGGTGTCCGTTGCAACCt > 1:196408/1‑67 (MQ=255)
cTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGGTGTCCGTTGCAACCt > 1:2075289/1‑67 (MQ=255)
cTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGGTGTCCGTTGCAACCt > 1:3046095/1‑67 (MQ=255)
cTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGGTGTCCGTTGCAACCt > 1:3260977/1‑67 (MQ=255)
cTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGGTGTCCGTTGCAACCt > 1:3298943/1‑67 (MQ=255)
cTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGGTGTCCGTTGCAACCt > 1:1113242/1‑67 (MQ=255)
cTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGGTGTCAGTTGCAACCt > 1:515355/1‑67 (MQ=255)
gatgtCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGGTGTCCGTTGCAACCTAc > 1:767081/1‑61 (MQ=255)
gatgtCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGGTGTCCGTTGCAACCTACCAGGCCGc > 1:2973551/1‑69 (MQ=255)
gatgtCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGGTGTCCGTTGCAACCTACCAGGCCGc > 1:1500576/1‑69 (MQ=255)
gatgtCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGGTGTCCGTTGCAACCTACCAGGCCGc > 1:2566720/1‑69 (MQ=255)
gatgtCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGGTGTCCGTTGCAACCTACCAGGCCGc > 1:2644460/1‑69 (MQ=255)
gatgtCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGGTGTCCGTTGCAACCTACCAGGCCGc > 1:2623399/1‑69 (MQ=255)
gTTGTGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGGTGTCCGTTGCa < 1:1112670/49‑1 (MQ=255)
|
GGATTAAATAATGGCATCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGGTGTCCGTTGCAACCTACCAGGCCGC > minE/2646580‑2646707
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
