Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,648,447 |
A→G |
33.3% |
E285E (GAA→GAG) |
glgB → |
1,4‑alpha‑glucan branching enzyme |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,648,447 | 0 | A | G | 33.3%
| 38.6
/ 27.2
| 54 | E285E (GAA→GAG) | glgB | 1,4‑alpha‑glucan branching enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (15/21); new base G (6/12); total (21/33) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.68e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 |
TGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTG > minE/2648380‑2648507
|
tGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACTTCGAac < 1:435360/69‑1 (MQ=255)
tGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAac > 1:3027514/1‑69 (MQ=255)
tGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAac > 1:1893356/1‑69 (MQ=255)
tGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAac > 1:182270/1‑69 (MQ=255)
tGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAac > 1:2521769/1‑69 (MQ=255)
tGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAac < 1:2519015/69‑1 (MQ=255)
tGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAac > 1:2354310/1‑69 (MQ=255)
tGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAac < 1:1357041/69‑1 (MQ=255)
tGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAac > 1:552754/1‑69 (MQ=255)
tGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAac > 1:1051331/1‑69 (MQ=255)
cTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAactac < 1:1009053/68‑1 (MQ=255)
aCCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAac > 1:1532309/1‑63 (MQ=255)
aCCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCATATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTg > 1:2750957/1‑68 (MQ=255)
aCCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCATATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTg > 1:784997/1‑68 (MQ=255)
aCCGCGAGCTCGCCGATCAACTGGTGCCATATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAactact > 1:2240405/1‑67 (MQ=255)
cGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAg < 1:1161464/67‑1 (MQ=255)
cTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTc < 1:2208749/69‑1 (MQ=255)
cTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTc < 1:2046223/69‑1 (MQ=255)
cTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTc < 1:2558836/69‑1 (MQ=255)
cTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTc < 1:2569682/69‑1 (MQ=255)
cTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTc < 1:2730812/69‑1 (MQ=255)
cTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTc < 1:2743540/69‑1 (MQ=255)
cTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTc < 1:1586379/69‑1 (MQ=255)
cTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTc < 1:3223849/69‑1 (MQ=255)
tGGTGCCTTATGCTAAATGGATTGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGGATCCCTTc < 1:1589817/68‑1 (MQ=255)
tGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTc < 1:1927873/68‑1 (MQ=255)
tGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTc < 1:168202/68‑1 (MQ=255)
tGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTc < 1:2059503/68‑1 (MQ=255)
ccTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCAt < 1:998065/57‑1 (MQ=255)
ttATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAg > 1:2270464/1‑69 (MQ=255)
ttATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAg > 1:3240086/1‑69 (MQ=255)
ttATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAg > 1:2438107/1‑69 (MQ=255)
ttATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAg > 1:1958128/1‑69 (MQ=255)
ttATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAg > 1:2509653/1‑69 (MQ=255)
ttATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAg > 1:2071725/1‑69 (MQ=255)
aTGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGtt > 1:15485/1‑69 (MQ=255)
aTGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGtt > 1:2914651/1‑69 (MQ=255)
aTGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGtt > 1:916888/1‑69 (MQ=255)
aTGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGtt > 1:536401/1‑69 (MQ=255)
cTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCAtt > 1:1415229/1‑41 (MQ=255)
cTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTggg > 1:2109974/1‑69 (MQ=255)
cTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTggg > 1:212233/1‑69 (MQ=255)
cTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTggg > 1:264364/1‑69 (MQ=255)
cTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTggg > 1:1683382/1‑69 (MQ=255)
cTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTggg > 1:1176829/1‑69 (MQ=255)
cTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTgg > 1:786808/1‑68 (MQ=255)
cTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCACTTCGATGGCAGTTgg > 1:2135671/1‑68 (MQ=255)
cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:742965/69‑1 (MQ=255)
cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:1158374/69‑1 (MQ=255)
cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:1347435/69‑1 (MQ=255)
cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:928276/69‑1 (MQ=255)
cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:975960/69‑1 (MQ=255)
cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:3352901/69‑1 (MQ=255)
cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:3235109/69‑1 (MQ=255)
cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:3211231/69‑1 (MQ=255)
cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:3169264/69‑1 (MQ=255)
cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:3096251/69‑1 (MQ=255)
cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:1466150/69‑1 (MQ=255)
cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:3007233/69‑1 (MQ=255)
cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:1608531/69‑1 (MQ=255)
cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:2571652/69‑1 (MQ=255)
cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:1834117/69‑1 (MQ=255)
cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:2500074/69‑1 (MQ=255)
cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:2373106/69‑1 (MQ=255)
cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:2272190/69‑1 (MQ=255)
ccTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:1452300/67‑1 (MQ=255)
tCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg > 1:2802298/1‑65 (MQ=255)
|
TGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTG > minE/2648380‑2648507
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
