Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,663,412 |
T→G |
52.3% |
A132A (GCT→GCG) |
rtcB → |
conserved hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,663,412 | 0 | T | G | 52.3%
| 10.1
/ 68.5
| 65 | A132A (GCT→GCG) | rtcB | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/13); new base G (8/26); total (26/39) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.82e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.09e-01 |
TACCACTGGCCGTTGTAAACGTGATAAAGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCAAAAATATCCCCGTTTCCTG > minE/2663349‑2663472
|
tACCACTGGCCGTTGTAAACGTGATAAAGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATg < 1:2307762/69‑1 (MQ=255)
tGTAAACGTGATAAAGGCGCATGGGAAAATCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGag < 1:234685/69‑2 (MQ=255)
tGTAAACGTGATAAAGGCGCATGGGAAAATCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGag < 1:469046/69‑2 (MQ=255)
tGTAAACGTGATAAAGGCGCATGGGAAAATCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGag < 1:1428075/69‑2 (MQ=255)
tGTAAACGTGATAAAGGCGCATGGGAAAATCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGag < 1:366303/69‑2 (MQ=255)
tGTAAACGTGATAAAGGCGCATGGGAAAATCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGag < 1:1897040/69‑2 (MQ=255)
tGTAAACGTGATAAAGGCGCATGGGAAAATCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTCAGCTGGag < 1:2112185/69‑2 (MQ=255)
gTAAACGTGATAAAGGCGCATGGGAAAATCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGag < 1:2299436/68‑2 (MQ=255)
gTAAACGTGATAAAGGCGCATGGGAAAATCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGag < 1:258261/68‑2 (MQ=255)
tAAACGTGATAAAGGCGCATGGGAAAATCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGag < 1:1405006/67‑2 (MQ=255)
aCGTGATAAAGGCGCATGGGAAAATCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGag < 1:437817/64‑2 (MQ=255)
aTAAAGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATc < 1:1047685/69‑1 (MQ=255)
aTAAAGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATc < 1:2413736/69‑1 (MQ=255)
aTAAAGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATc < 1:2548578/69‑1 (MQ=255)
aTAAAGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATc < 1:1952252/69‑1 (MQ=255)
aTAAAGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATc < 1:1864561/69‑1 (MQ=255)
aTAAAGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATc < 1:1302375/69‑1 (MQ=255)
aTAAAGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATc < 1:122997/69‑1 (MQ=255)
aTAAAGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATc < 1:721529/69‑1 (MQ=255)
aaGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATTGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGt > 1:163944/1‑69 (MQ=255)
aaGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAg > 1:3061909/1‑68 (MQ=255)
aaGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGt > 1:2856675/1‑69 (MQ=255)
aaGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGt > 1:306580/1‑69 (MQ=255)
aaGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGt > 1:3244650/1‑69 (MQ=255)
aaGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGt > 1:451811/1‑69 (MQ=255)
aaGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGt > 1:585856/1‑69 (MQ=255)
aaGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGt > 1:2534914/1‑69 (MQ=255)
aaGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGt > 1:66497/1‑69 (MQ=255)
aaGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGt > 1:824290/1‑69 (MQ=255)
aaGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGt > 1:1398951/1‑69 (MQ=255)
aaGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGt > 1:2044473/1‑69 (MQ=255)
aaGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGt > 1:2040559/1‑69 (MQ=255)
aaGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGt > 1:1408305/1‑69 (MQ=255)
tGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGTGGtt < 1:45469/69‑1 (MQ=255)
tGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGTGGtt < 1:3042300/69‑1 (MQ=255)
ggCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGTGGtt < 1:3192339/68‑1 (MQ=255)
gAAAATCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAg > 1:3178546/1‑57 (MQ=255)
gAAAATCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAg > 1:1044895/1‑57 (MQ=255)
gAAAATCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAg > 1:1079157/1‑57 (MQ=255)
gAAAATCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAg > 1:1464163/1‑57 (MQ=255)
gAAAATCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAg > 1:1471180/1‑57 (MQ=255)
gAAAATCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAg > 1:1490785/1‑57 (MQ=255)
gAAAATCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAg > 1:3207524/1‑57 (MQ=255)
gAAAATCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAg > 1:2598495/1‑57 (MQ=255)
aaaTCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCaaaa < 1:41506/69‑1 (MQ=38)
aaaTCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCaaaa < 1:2315064/69‑1 (MQ=38)
aaaTCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCaaaa < 1:1127413/69‑1 (MQ=38)
aaaTCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCaaaa < 1:578161/69‑1 (MQ=38)
aaaTCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCaaaa < 1:2344960/69‑1 (MQ=38)
aaaTCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCaaaa < 1:2099393/69‑1 (MQ=38)
aaaTCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCaaaa < 1:2556741/69‑1 (MQ=38)
aaaTCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCaaaa < 1:2961647/69‑1 (MQ=38)
aaaTCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCaaaa < 1:3434576/69‑1 (MQ=38)
aaaTCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCaaaa < 1:2765688/69‑1 (MQ=38)
aaaTCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCaaaa < 1:2810065/69‑1 (MQ=38)
aaaTCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCaaaa < 1:2196057/69‑1 (MQ=38)
aaaTCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCaaaa < 1:1587369/69‑1 (MQ=38)
aaaTCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCaaaa < 1:1638605/69‑1 (MQ=38)
aaaTCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCGGAGCTGGAGGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCaaaa < 1:1321797/69‑1 (MQ=38)
cTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCaaaa < 1:234327/61‑1 (MQ=38)
aaCGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCAAAAATATCCCCGttt > 1:503205/1‑68 (MQ=255)
aaCGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCAAAAATATCCCCGTTTc > 1:1711877/1‑69 (MQ=255)
aaCGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCAAAAATATCCCCGTTTc > 1:1972469/1‑69 (MQ=255)
aaCGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCAAAAATATCCCCGTTTc > 1:1688997/1‑69 (MQ=255)
gTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCAAAAATATCCCCGTTTCCTg < 1:3374436/69‑1 (MQ=255)
|
TACCACTGGCCGTTGTAAACGTGATAAAGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCAAAAATATCCCCGTTTCCTG > minE/2663349‑2663472
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
