Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,676,545 |
T→G |
51.9% |
R98R (CGT→CGG) |
bioH → |
carboxylesterase of pimeloyl‑CoA synthesis |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,676,545 | 0 | T | G | 51.9%
| 9.6
/ 56.0
| 56 | R98R (CGT→CGG) | bioH | carboxylesterase of pimeloyl‑CoA synthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (12/15); new base G (8/21); total (20/36) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.66e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGGTTAGGCTGGAGTCTGGGCGGGCTGGTGGCAAGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGTTTTAGTGCTCGTGACGAGTGGCCGGGGA > minE/2676483‑2676609
|
tGGTTAGGCTGGAGTCTGGGCGGGCTGGTGGCAAGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAg > 1:2510267/1‑69 (MQ=255)
tGGTTAGGCTGGAGTCTGGGCGGGCTGGTGGCAAGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAg > 1:814544/1‑69 (MQ=255)
ttAGGCTGGAGTCTGGGCGGGCTGGTGGCAAGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGgc < 1:1569367/68‑1 (MQ=255)
gAGTCTGGGCGGGCTGGTGGCAAGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCAc > 1:1406126/1‑69 (MQ=255)
gAGTCTGGGCGGGCTGGTGGCAAGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCAc > 1:2399309/1‑69 (MQ=255)
gAGTCTGGGCGGGCTGGTGGCAAGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCAc > 1:2817993/1‑69 (MQ=255)
gAGTCTGGGCGGGCTGGTGGCAAGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCAc > 1:593573/1‑69 (MQ=255)
gAGTCTGGGCGGGCTGGTGGCAAGCCAGATTGAGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCAc > 1:2633542/1‑69 (MQ=255)
tggtggCAAGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCAc < 1:721502/69‑1 (MQ=255)
tggtggCAAGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCAc < 1:2591842/69‑1 (MQ=255)
tggtggCAAGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCAc < 1:1424490/69‑1 (MQ=255)
tggtggCAAGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCAc < 1:2311266/69‑1 (MQ=255)
tggtggCAAGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCAc < 1:2138899/69‑1 (MQ=255)
tggtggCAAGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCAc < 1:525181/69‑1 (MQ=255)
aGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGtttt < 1:2829419/69‑1 (MQ=255)
aGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGtttt < 1:1494738/69‑1 (MQ=255)
aGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGtttt < 1:1878156/69‑1 (MQ=255)
aGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGtttt < 1:1864559/69‑1 (MQ=255)
tGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGttt < 1:2002/60‑1 (MQ=255)
tGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGttt > 1:3300357/1‑60 (MQ=255)
tGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGttt < 1:2221760/60‑1 (MQ=255)
tGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGttt > 1:2321382/1‑60 (MQ=255)
tGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGttt < 1:1004459/60‑1 (MQ=255)
tGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGttt > 1:56696/1‑60 (MQ=255)
tGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGttt < 1:1687856/60‑1 (MQ=255)
tGCGTTAACCCATCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:3331665/57‑1 (MQ=255)
tGCGTTAACCCATCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:2646941/57‑1 (MQ=255)
tGCGTTAACCCATCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:3179639/57‑1 (MQ=255)
tGCGTTAACCCATCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:3332908/57‑1 (MQ=255)
tGCGTTAACCCATCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:3355066/57‑1 (MQ=255)
tGCGTTAACCCATCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:3362268/57‑1 (MQ=255)
tGCGTTAACCCATCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:3435306/57‑1 (MQ=255)
tGCGTTAACCCATCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:55679/57‑1 (MQ=255)
tGCGTTAACCCATCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:816963/57‑1 (MQ=255)
tGCGTTAACCCATCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:2871556/57‑1 (MQ=255)
tGCGTTAACCCATCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:2771670/57‑1 (MQ=255)
tGCGTTAACCCATCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:2721257/57‑1 (MQ=255)
tGCGTTAACCCATCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:2369170/57‑1 (MQ=255)
tGCGTTAACCCATCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:2076787/57‑1 (MQ=255)
tGCGTTAACCCATCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:1455439/57‑1 (MQ=255)
tGCGTTAACCCATCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:1488399/57‑1 (MQ=255)
tGCGTTAACCCATCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:1732028/57‑1 (MQ=255)
tGCGTTAACCCATCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:1689837/57‑1 (MQ=255)
tGCGTTAACCCATCCAGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGttt > 1:1526903/1‑60 (MQ=255)
tGCGTTAACCCAACCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:3074085/57‑1 (MQ=255)
aaCCCATCGCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:468884/51‑1 (MQ=255)
aTCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCCCCGTGTTTTa > 1:825041/1‑51 (MQ=255)
aTCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGTTTTAGTGCTCgcg > 1:3000719/1‑58 (MQ=255)
aTCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGTTTTAGTGCTCGCGACGAGTGGc > 1:900649/1‑69 (MQ=255)
aTCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGTTTTAGTGCTCGCGACGAGTGGc > 1:630226/1‑69 (MQ=255)
aTCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGTTTTAGTGCTCGCGACGAGTGGc > 1:1942604/1‑69 (MQ=255)
aTCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGTTTTAGTGCTCGCGACGAGTGGc > 1:1947645/1‑69 (MQ=255)
aTCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGTTTTAGTGCTCGCGACGAGTGGc > 1:2062936/1‑69 (MQ=255)
aTCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGTTTTAGTGCTCGCGACGAGTGGc > 1:2324553/1‑69 (MQ=255)
aGCGGGTGCTGGCGCTGGCCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:650745/40‑1 (MQ=25)
cGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGTTTTAGTGCTCGTGACGAGTGGCCGGGGa > 1:779284/1‑67 (MQ=255)
|
TGGTTAGGCTGGAGTCTGGGCGGGCTGGTGGCAAGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGTTTTAGTGCTCGTGACGAGTGGCCGGGGA > minE/2676483‑2676609
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
