Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,733,673 |
C→T |
31.5% |
P90S (CCC→TCC) |
yheL → |
predicted intracellular sulfur oxidation protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,733,673 | 0 | C | T | 31.5%
| 105.4
/ 56.1
| 114 | P90S (CCC→TCC) | yheL | predicted intracellular sulfur oxidation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (44/34); new base T (20/16); total (64/50) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.98e-01 |
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
TGGTCAAATTTCGAACGACATCATTCTCATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGACACCTTTTCGGCATCGC > minE/2733606‑2733736
|
tGGTCAAATTTCGAACGACATCATTCTCATTGACTATACTGATTTCGTCTGACTTACGGTTAAGCA‑cc < 1:2661421/68‑1 (MQ=255)
tGGTCAAATTTCGAACGACATCATTCTCATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑cc < 1:2186732/68‑1 (MQ=255)
tGGTCAAATTTCGAACGACATCATTCTCATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑cc < 1:2287360/68‑1 (MQ=255)
tGGTCAAATTTCGAACGACATCATTCTCATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑cc < 1:1843147/68‑1 (MQ=255)
gTCAAATTTCGAACGACATCATTCTCATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCcca > 1:3337698/1‑69 (MQ=255)
atatCGAACGACATCATTCTCAATGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCccagcca < 1:743673/65‑1 (MQ=255)
aTTTCTAACGACATCATTCTCATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCccagcca < 1:572801/68‑1 (MQ=255)
aTTTCGAACGACATCATTCTCATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCccagcca < 1:1195793/68‑1 (MQ=255)
aTTTCGAACGACATCATTCTCATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCccagcca < 1:3089593/68‑1 (MQ=255)
tttCGAACGACATCATTCTCATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCccagcca < 1:1750740/67‑1 (MQ=255)
atTCTCATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCccagcca < 1:677104/53‑1 (MQ=255)
atTCTCATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCccagcca < 1:1421216/53‑1 (MQ=255)
atTCTCATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCccagcca < 1:641976/53‑1 (MQ=255)
atTCTCATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCccagcca < 1:1328933/53‑1 (MQ=255)
atTCTCATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCccagcca < 1:412983/53‑1 (MQ=255)
atTCTCATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCccagcca < 1:335883/53‑1 (MQ=255)
atTCTCATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCccagcca < 1:1072249/53‑1 (MQ=255)
atTCTCATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCccagcca < 1:740934/53‑1 (MQ=255)
atTCTCATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCccagcca < 1:838110/53‑1 (MQ=255)
atTCTCATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATgg > 1:931649/1‑69 (MQ=255)
atTCTCATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATgg > 1:2309196/1‑69 (MQ=255)
atTCTCATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATgg > 1:2916439/1‑69 (MQ=255)
atTCTCATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATgg > 1:2910773/1‑69 (MQ=255)
atTCTCATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATg > 1:1970172/1‑68 (MQ=255)
tcccATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CTCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGc < 1:2894487/65‑1 (MQ=255)
tcccATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CTCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGc < 1:3199689/65‑1 (MQ=255)
tcccATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CTCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGc < 1:906781/65‑1 (MQ=255)
tcccATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CTCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGc < 1:2563160/65‑1 (MQ=255)
tcccATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CTCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGc < 1:2512831/65‑1 (MQ=255)
tcccATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CTCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGc < 1:2509060/65‑1 (MQ=255)
tcccATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CTCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGc < 1:2819004/65‑1 (MQ=255)
tcccATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CTCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGc < 1:3348391/65‑1 (MQ=255)
tcccATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CTCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGc < 1:967662/65‑1 (MQ=255)
tcccATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CTCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGc < 1:1081599/65‑1 (MQ=255)
tcccATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CTCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGc < 1:1575001/65‑1 (MQ=255)
tcccATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CTCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGc < 1:1900832/65‑1 (MQ=255)
tcccATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CTCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGc < 1:149598/65‑1 (MQ=255)
tcccATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CTCCAGCCAGATGGCCTGGCGATGGc < 1:2180207/65‑1 (MQ=255)
ctcATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCgg > 1:1814551/1‑69 (MQ=255)
gACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATcat > 1:500557/1‑67 (MQ=255)
gACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGt > 1:2509559/1‑69 (MQ=255)
gACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGt > 1:514435/1‑69 (MQ=255)
gACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGt > 1:818758/1‑69 (MQ=255)
ataCTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGta < 1:1301977/69‑1 (MQ=255)
taCTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGtat > 1:504640/1‑69 (MQ=255)
taCTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGtat > 1:1853993/1‑69 (MQ=255)
aCTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGta < 1:3065899/67‑1 (MQ=255)
cTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGtata > 1:225185/1‑68 (MQ=255)
cTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGtata > 1:3386104/1‑68 (MQ=255)
cTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGtata > 1:693766/1‑68 (MQ=255)
cTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGtata > 1:2087296/1‑68 (MQ=255)
cTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTatat > 1:3049854/1‑69 (MQ=255)
cTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTatat > 1:1671473/1‑69 (MQ=255)
cTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTatat > 1:165728/1‑69 (MQ=255)
aTTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTc > 1:367709/1‑69 (MQ=255)
ttCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCtt < 1:1732909/69‑1 (MQ=255)
ttCGTCAGACTTACGGTTAAGAA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCtt < 1:590375/69‑1 (MQ=255)
cAGACTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCTTTGTATATTTCTTGacac < 1:878939/69‑1 (MQ=255)
cAGACTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGacac < 1:349133/69‑1 (MQ=255)
cAGACTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGacac < 1:3375325/69‑1 (MQ=255)
cAGACTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGacac < 1:3418632/69‑1 (MQ=255)
cAGACTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGacac < 1:2142694/69‑1 (MQ=255)
cAGACTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGacac < 1:1274035/69‑1 (MQ=255)
cAGACTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGacac < 1:1134881/69‑1 (MQ=255)
cAGACTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGacac < 1:2863671/69‑1 (MQ=255)
aGACTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGacac < 1:3156651/68‑1 (MQ=255)
aGACTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGacac < 1:2753449/68‑1 (MQ=255)
aCTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGACACCtt > 1:3184484/1‑69 (MQ=255)
aCTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGACACCtt > 1:24277/1‑69 (MQ=255)
aCTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGACACCtt > 1:1472448/1‑69 (MQ=255)
aCTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGACACCt > 1:2945250/1‑68 (MQ=255)
cTTACGGTTAAGCACCCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCTTTGTATATTTCTTGACACCtt < 1:3273924/69‑1 (MQ=255)
cTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGa > 1:598991/1‑62 (MQ=255)
cTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGa > 1:2206832/1‑62 (MQ=255)
cTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGa > 1:1221081/1‑62 (MQ=255)
cTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGa > 1:2518216/1‑62 (MQ=255)
cTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGa > 1:425526/1‑62 (MQ=255)
cTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGa > 1:1947033/1‑62 (MQ=255)
tAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGACACCTTTTCGGCAt > 1:2703901/1‑68 (MQ=255)
tAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGACACCTTTTCGGCATc > 1:376687/1‑69 (MQ=255)
aaGCA‑CTCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTatat > 1:2100476/1‑46 (MQ=255)
aaGCA‑CTCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCtt > 1:2727684/1‑51 (MQ=255)
aaGCA‑CTCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCt > 1:771512/1‑50 (MQ=255)
aaGCA‑CTCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGACACCtt > 1:2688178/1‑59 (MQ=255)
aaGCA‑CTCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGACACCTTTTCGGCATCg > 1:1513959/1‑69 (MQ=255)
aaGCA‑CTCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGACACCTTTTCGGCATCg > 1:1528803/1‑69 (MQ=255)
aaGCA‑CTCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGACACCTTTTCGGCATCg > 1:1116579/1‑69 (MQ=255)
aaGCA‑CTCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGACACCTTTTCGGCATCg > 1:1802713/1‑69 (MQ=255)
aaGCA‑CTCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGACACCTTTTCGGCATCg > 1:885645/1‑69 (MQ=255)
aaGCA‑CTCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGACACCTTTTCGGCATCg > 1:516410/1‑69 (MQ=255)
aaGCA‑CTCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGACACCTTTTCGGCATCg > 1:3099633/1‑69 (MQ=255)
aaGCA‑CTCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGACACCTTTTCGGCATCg > 1:2304440/1‑69 (MQ=255)
aaGCA‑CTCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGACACCTTTTCGGCATCg > 1:3142810/1‑69 (MQ=255)
aaGCA‑CTCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGACACCTTTTCGGCATCg > 1:3149577/1‑69 (MQ=255)
aaGCA‑CTCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGACACCTTTTCGGCATCg > 1:2337506/1‑69 (MQ=255)
aaGCA‑CTCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGACACCTTTTCGGCATCg > 1:1407635/1‑69 (MQ=255)
aaGCA‑CTCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGACACCTTTTCGGCATCg > 1:3233214/1‑69 (MQ=255)
aaGCA‑CTCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGACACCTTTTCGGCATCg > 1:1602315/1‑69 (MQ=255)
aaGCA‑CTCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGAGGGATCGTTGTATATTTCTTGACACCTTTTCGGCATCg > 1:727864/1‑69 (MQ=255)
gCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGACACCTTTTCGGCATCGc < 1:754088/68‑1 (MQ=255)
|
TGGTCAAATTTCGAACGACATCATTCTCATTGACTATACTGATTTCGTCAGACTTACGGTTAAGCA‑CCCCAGCCAGATGGCCTGGTGATGGCGGGATCGTTGTATATTTCTTGACACCTTTTCGGCATCGC > minE/2733606‑2733736
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
