Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,759,842 |
G→A |
26.4% |
Q94Q (CAG→CAA) |
smg → |
conserved hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,759,842 | 0 | G | A | 26.4%
| 72.6
/ 22.5
| 64 | Q94Q (CAG→CAA) | smg | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/6); new base A (13/4); total (54/10) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.35e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 |
TATACACCGGAAGAGTGTGAACGACTGGATGCCAGCTGCCGT‑GGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGC > minE/2759777‑2759897
|
tataCACCGGAAGAGTGTGAACGACTGGATGCCAGCTGCCGTGGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGa > 1:1270551/1‑68 (MQ=255)
tataCACCGGAAGAGTGTGAACGACTGGATGCCAGCTGCCGTGGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGa > 1:1396260/1‑68 (MQ=255)
tataCACCGGAAGAGTGTGAACGACTGGATGCCAGCTGCCGTGGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGa > 1:578924/1‑68 (MQ=255)
tataCACCGGAAGAGTGTGAACGACTGGATGCCAGCTGCCGTGGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGa > 1:2951947/1‑68 (MQ=255)
tataCACCGGAAGAGTGTGAACGACTGGATGCCAGCTGCCGTGGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGa > 1:1770846/1‑68 (MQ=255)
tgtgAACGACTGGATGCCAGCTGCCGT‑GGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAgg < 1:1662369/58‑1 (MQ=255)
tgtgAACGACTGGATGCCAGCTGCCGT‑GGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAgg < 1:3240818/58‑1 (MQ=255)
tgAACGACTGGATGCCAGCTGCCGT‑GGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAgg < 1:68530/56‑1 (MQ=255)
tgAACGACTGGATGCCAGCTGCCGT‑GGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGa > 1:626551/1‑69 (MQ=255)
aaagACTGGATGCCAGCTGCCGT‑GGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGaaa > 1:3293107/4‑69 (MQ=255)
aaCGACTGGATGCCAGCTGCCGT‑GGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGaaa > 1:972833/1‑69 (MQ=255)
aaCGACTGGATGCCAGCTGCCGT‑GGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGaaa > 1:903879/1‑69 (MQ=255)
aaCGACTGGATGCCAGCTGCCGT‑GGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGaaa > 1:337257/1‑69 (MQ=255)
aaCGACTGGATGCCAGCTGCCGT‑GGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGaaa > 1:2166710/1‑69 (MQ=255)
aaCGACTGGATGCCAGCTGCCGT‑GGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGaa > 1:2700973/1‑68 (MQ=255)
aaCGACTGGATGCCAGCTGCCGT‑GGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGaa > 1:176939/1‑68 (MQ=255)
aCTGGATGCCAGCTGCCGT‑GGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACt > 1:257288/1‑67 (MQ=255)
aCTGGATGCCAGCTGCCGT‑GGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTc > 1:1279677/1‑68 (MQ=255)
aCTGGATGCCAGCTGCCGT‑GGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTc > 1:1453759/1‑68 (MQ=255)
aCTGGATGCCAGCTGCCGT‑GGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTc > 1:2463365/1‑68 (MQ=255)
aCTGGATGCCAGCTGCCGT‑GGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTc > 1:2263112/1‑68 (MQ=255)
aCTGGATGCCAGCTGCCGT‑GGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTc > 1:1813808/1‑68 (MQ=255)
aCTGGATGCCAGCTGCCGT‑GGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCACGTGCTCAACCTTGAAACTc > 1:2654051/1‑68 (MQ=255)
gATGCCAGCTGCCGT‑GTGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGaa > 1:3221758/1‑69 (MQ=255)
gATGCCAGCTGCCGT‑GGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCt > 1:2688271/1‑50 (MQ=255)
gATGCCAGCTGCCGT‑GGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGaaa > 1:2534467/1‑61 (MQ=255)
gATGCCAGCTGCCGT‑GGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGaa > 1:3061628/1‑69 (MQ=255)
gATGCCAGCTGCCGT‑GGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGaa > 1:1746743/1‑69 (MQ=255)
gATGCCAGCTGCCGT‑GGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGaa > 1:1599572/1‑69 (MQ=255)
aGCTGTCGT‑GGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATgg > 1:1959298/1‑67 (MQ=255)
aGCTGTCGT‑GGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATTGt > 1:3378190/1‑68 (MQ=255)
aGCTGTCGT‑GGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:3393276/1‑68 (MQ=255)
aGCTGTCGT‑GGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:1494657/1‑68 (MQ=255)
aGCTGTCGT‑GGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:3143663/1‑68 (MQ=255)
aGCTGTCGT‑GGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:3134509/1‑68 (MQ=255)
aGCTGTCGT‑GGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:888069/1‑68 (MQ=255)
aGCTGTCGT‑GGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:1273290/1‑68 (MQ=255)
aGCTGTCGT‑GGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:2235242/1‑68 (MQ=255)
aGCTGTCGT‑GGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:1846463/1‑68 (MQ=255)
aGCTGTCGT‑GGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:2103864/1‑68 (MQ=255)
aGCTGTCGT‑GGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:2759781/1‑68 (MQ=255)
aGCTGTCGT‑GGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:289756/1‑68 (MQ=255)
gCCGT‑GGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATag > 1:2887856/1‑69 (MQ=255)
gT‑GGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGc < 1:677303/69‑1 (MQ=255)
gT‑GGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTAAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGc < 1:3051129/69‑1 (MQ=255)
ttCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGc < 1:2018727/69‑1 (MQ=255)
ttCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGc < 1:1588190/69‑1 (MQ=255)
ttCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGc < 1:2356514/69‑1 (MQ=255)
ttCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGc < 1:411909/69‑1 (MQ=255)
tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGaaa > 1:3111575/1‑50 (MQ=255)
tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGa > 1:709709/1‑56 (MQ=255)
tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGa > 1:2417749/1‑56 (MQ=255)
tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGa > 1:419356/1‑56 (MQ=255)
tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGc < 1:917910/62‑1 (MQ=255)
tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGc > 1:3361434/1‑68 (MQ=255)
tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCt > 1:1165704/1‑69 (MQ=255)
tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCt > 1:95377/1‑69 (MQ=255)
tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCt > 1:1825799/1‑69 (MQ=255)
tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCt > 1:3188863/1‑69 (MQ=255)
tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCt > 1:3123933/1‑69 (MQ=255)
tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCt > 1:1161432/1‑69 (MQ=255)
tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCt > 1:2359166/1‑69 (MQ=255)
tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCt > 1:1780765/1‑69 (MQ=255)
ttttCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCgcgc > 1:310072/1‑69 (MQ=255)
|
TATACACCGGAAGAGTGTGAACGACTGGATGCCAGCTGCCGT‑GGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGC > minE/2759777‑2759897
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
