Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,759,854 |
C→T |
21.9% |
L98L (CTC→CTT) |
smg → |
conserved hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,759,854 | 0 | C | T | 21.9%
| 106.7
/ 20.6
| 77 | L98L (CTC→CTT) | smg | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (50/10); new base T (13/4); total (63/14) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.21e-02 |
TGAACGACTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAAC > minE/2759794‑2759918
|
tgAACGACTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGa > 1:626551/1‑69 (MQ=255)
aaagACTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGaaa > 1:3293107/4‑69 (MQ=255)
aaCGACTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGaaa > 1:972833/1‑69 (MQ=255)
aaCGACTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGaaa > 1:903879/1‑69 (MQ=255)
aaCGACTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGaaa > 1:2166710/1‑69 (MQ=255)
aaCGACTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGaaa > 1:337257/1‑69 (MQ=255)
aaCGACTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGaa > 1:2700973/1‑68 (MQ=255)
aaCGACTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGaa > 1:176939/1‑68 (MQ=255)
aCTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACt > 1:257288/1‑67 (MQ=255)
aCTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTc > 1:1813808/1‑68 (MQ=255)
aCTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTc > 1:2463365/1‑68 (MQ=255)
aCTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTc > 1:2263112/1‑68 (MQ=255)
aCTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTc > 1:1279677/1‑68 (MQ=255)
aCTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTc > 1:1453759/1‑68 (MQ=255)
aCTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCACGTGCTCAACCTTGAAACTc > 1:2654051/1‑68 (MQ=255)
gATGCCAGCTGCCGTGTGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGaa > 1:3221758/1‑69 (MQ=255)
gATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGaaa > 1:2534467/1‑61 (MQ=255)
gATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGaa > 1:1599572/1‑69 (MQ=255)
gATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGaa > 1:3061628/1‑69 (MQ=255)
gATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGaa > 1:1746743/1‑69 (MQ=255)
aGCTGTCGTGGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATgg > 1:1959298/1‑67 (MQ=255)
aGCTGTCGTGGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATTGt > 1:3378190/1‑68 (MQ=255)
aGCTGTCGTGGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:3134509/1‑68 (MQ=255)
aGCTGTCGTGGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:2103864/1‑68 (MQ=255)
aGCTGTCGTGGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:1846463/1‑68 (MQ=255)
aGCTGTCGTGGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:2235242/1‑68 (MQ=255)
aGCTGTCGTGGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:3393276/1‑68 (MQ=255)
aGCTGTCGTGGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:3143663/1‑68 (MQ=255)
aGCTGTCGTGGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:289756/1‑68 (MQ=255)
aGCTGTCGTGGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:2759781/1‑68 (MQ=255)
aGCTGTCGTGGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:1273290/1‑68 (MQ=255)
aGCTGTCGTGGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:888069/1‑68 (MQ=255)
aGCTGTCGTGGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:1494657/1‑68 (MQ=255)
gCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATag > 1:2887856/1‑69 (MQ=255)
gTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGc < 1:677303/69‑1 (MQ=255)
gTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTAAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGc < 1:3051129/69‑1 (MQ=255)
ttCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGc < 1:2356514/69‑1 (MQ=255)
ttCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGc < 1:411909/69‑1 (MQ=255)
ttCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGc < 1:1588190/69‑1 (MQ=255)
ttCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGc < 1:2018727/69‑1 (MQ=255)
tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGaaa > 1:3111575/1‑50 (MQ=255)
tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGa > 1:2417749/1‑56 (MQ=255)
tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGa > 1:709709/1‑56 (MQ=255)
tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGa > 1:419356/1‑56 (MQ=255)
tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGc < 1:917910/62‑1 (MQ=255)
tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGc > 1:3361434/1‑68 (MQ=255)
tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCt > 1:1165704/1‑69 (MQ=255)
tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCt > 1:95377/1‑69 (MQ=255)
tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCt > 1:1780765/1‑69 (MQ=255)
tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCt > 1:3188863/1‑69 (MQ=255)
tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCt > 1:1825799/1‑69 (MQ=255)
tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCt > 1:1161432/1‑69 (MQ=255)
tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCt > 1:2359166/1‑69 (MQ=255)
tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCt > 1:3123933/1‑69 (MQ=255)
ttttCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCgcgc > 1:310072/1‑69 (MQ=255)
tCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGt > 1:517752/1‑68 (MQ=255)
tCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGt > 1:1249710/1‑68 (MQ=255)
tCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGt > 1:659377/1‑68 (MQ=255)
tCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGt > 1:3160170/1‑68 (MQ=255)
tCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGCATAACGCagag > 1:2854326/1‑67 (MQ=255)
cAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGtt > 1:3112725/1‑68 (MQ=255)
cAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGtt > 1:548476/1‑68 (MQ=255)
cAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGt > 1:3124735/1‑67 (MQ=255)
ggTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCg < 1:1674412/68‑1 (MQ=255)
ggTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCg < 1:478591/68‑1 (MQ=255)
ggTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCg < 1:334555/68‑1 (MQ=255)
ggTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCg < 1:706346/68‑1 (MQ=255)
ggTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCg < 1:1189832/68‑1 (MQ=255)
ggTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCg < 1:2597154/68‑1 (MQ=255)
gTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCg < 1:1729673/67‑1 (MQ=255)
tGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAAc > 1:1360535/1‑69 (MQ=255)
tGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAAc > 1:650410/1‑69 (MQ=255)
tGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAAc > 1:1389383/1‑69 (MQ=255)
tGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAAc > 1:2481414/1‑69 (MQ=255)
gCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAAc > 1:524823/1‑68 (MQ=255)
gCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAAc > 1:368506/1‑68 (MQ=255)
gCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTAGAAc > 1:3314883/1‑68 (MQ=255)
|
TGAACGACTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAAC > minE/2759794‑2759918
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
