Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,783,591 |
T→C |
40.7% |
G221G (GGT→GGC) |
yjbB → |
predicted transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,783,591 | 0 | T | C | 40.7%
| 17.3
/ 36.7
| 54 | G221G (GGT→GGC) | yjbB | predicted transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/18); new base C (13/9); total (27/27) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.06e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.91e-01 |
AGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCGCGCTGGGTAGTCTG > minE/2783531‑2783657
|
aGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGc < 1:108181/69‑1 (MQ=255)
aGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGc < 1:320423/69‑1 (MQ=255)
aGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGc < 1:2349238/69‑1 (MQ=255)
aGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGc < 1:2109735/69‑1 (MQ=255)
ggCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGc < 1:3142780/68‑1 (MQ=255)
gCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCaa < 1:901524/69‑1 (MQ=255)
gCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCaa < 1:778230/69‑1 (MQ=255)
gCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCaa < 1:624872/69‑1 (MQ=255)
aTCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGc > 1:811102/1‑62 (MQ=255)
aTCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGc > 1:3244585/1‑62 (MQ=255)
aTCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGc > 1:2564039/1‑62 (MQ=255)
aTCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGc > 1:2402256/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTctgct > 1:2547984/1‑59 (MQ=255)
tCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTcaacaa < 1:288364/67‑1 (MQ=255)
tCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTCaacaac < 1:985115/68‑1 (MQ=255)
tCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTCaacaac < 1:1214842/68‑1 (MQ=255)
tCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTCaacaac < 1:1326973/68‑1 (MQ=255)
tCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTCaacaac < 1:3194477/68‑1 (MQ=255)
tCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTCaacaac < 1:2722338/68‑1 (MQ=255)
ccagTGGCGCTTTGTCTGGTGATT‑GTGCAAACCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGt < 1:144259/65‑1 (MQ=255)
cagTGGCGCTTTGTCTGGTGATTGGTGCAAACCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGt < 1:2239864/66‑1 (MQ=255)
cagTGGCGCTTTGTCTGGTGATTGGTGCAAACCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGt < 1:1138270/66‑1 (MQ=255)
cagTGGCGCTTTGTCTGGTGATTGGTGCAAACCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGt < 1:1897841/66‑1 (MQ=255)
cagTGGCGCTTTGTCTGGTGATTGGTGCAAACCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGt < 1:1444025/66‑1 (MQ=255)
cagTGGCGCTTTGTCTGGTGATTGGTGCAAACCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGt < 1:1923784/66‑1 (MQ=255)
cagTGGCGCTTTGTCTGGTGATTGGTGCAAACCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGt < 1:346088/66‑1 (MQ=255)
cagTGGCGCTTTGTCTGGTGATTGGTGCAAACCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGt < 1:3175105/66‑1 (MQ=255)
cagTGGCGCTTTGTCTGGTGATTGGTGCAAACCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGt < 1:2130326/66‑1 (MQ=255)
ggCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTCAACAACAGt > 1:1972414/1‑64 (MQ=255)
ggCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTCAACAACAGTgccg > 1:3122965/1‑68 (MQ=255)
ggCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTCAACAACAGTgccg > 1:959569/1‑68 (MQ=255)
ggCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTCAACAACAGTgccg > 1:649405/1‑68 (MQ=255)
ggCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTCAACAACAGTgccg > 1:2149940/1‑68 (MQ=255)
ggCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTCAACAACAGTgccg > 1:2967612/1‑68 (MQ=255)
ggCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTCAACAACAGTgccg > 1:2255268/1‑68 (MQ=255)
ggCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTCAACAACAGTgccg > 1:2625003/1‑68 (MQ=255)
gcgcTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTAGGTTCCGGTCTGCTGGc < 1:133873/47‑1 (MQ=255)
ggTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTCAACAACAGTGCCGACAATGCCGCAGCCCGCCgt > 1:777279/1‑69 (MQ=255)
aCCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGt > 1:168117/1‑38 (MQ=37)
aCCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTcgcg > 1:2261460/1‑68 (MQ=255)
aCCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCgcgc > 1:2595775/1‑69 (MQ=255)
aCCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCgcgc > 1:1328671/1‑69 (MQ=255)
aCCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCgcgc > 1:1040154/1‑69 (MQ=255)
aCCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCgcgc > 1:1386568/1‑69 (MQ=255)
aCCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCgcgc > 1:279283/1‑69 (MQ=255)
aCCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCgcgc > 1:2473/1‑69 (MQ=255)
aCCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCgcgc > 1:766414/1‑69 (MQ=255)
aCCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCgcgc > 1:1809815/1‑69 (MQ=255)
aCCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCgcgc > 1:1609625/1‑69 (MQ=255)
aCCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCgcgc > 1:1152474/1‑69 (MQ=255)
aCCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCgcgc > 1:866697/1‑69 (MQ=255)
gTCTGCTGGCAATGCTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCGCGCTGGGTAGTctg < 1:2545003/68‑1 (MQ=255)
gTCTGCTGGCAATGCTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCGCGCTGGGTAGTctg < 1:406328/68‑1 (MQ=255)
gTCTGCTGGCAATGCTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCGCGCTGGGTAGTctg < 1:3114969/68‑1 (MQ=255)
|
AGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCGCGCTGGGTAGTCTG > minE/2783531‑2783657
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
