Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,784,954 |
A→G |
78.3% |
T129T (ACT→ACC) |
pepE ← |
(alpha)‑aspartyl dipeptidase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,784,954 | 0 | A | G | 78.3%
| 137.0
/ 26.8
| 96 | T129T (ACT→ACC) | pepE | (alpha)‑aspartyl dipeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/8); new base G (16/59); total (29/67) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.29e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 |
GAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGAGCGCCACGTTTAACCAC > minE/2784891‑2785016
|
gAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTgg < 1:2773676/69‑1 (MQ=255)
gAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTgg < 1:3126269/69‑1 (MQ=255)
gAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTgg < 1:1677478/69‑1 (MQ=255)
gAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTgg < 1:1592423/69‑1 (MQ=255)
gAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTgg < 1:2832456/69‑1 (MQ=255)
gAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTgg < 1:1179461/69‑1 (MQ=255)
gAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTgg < 1:2431452/69‑1 (MQ=255)
gAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTgg < 1:260331/69‑1 (MQ=255)
aaCAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTgg < 1:2360240/68‑1 (MQ=255)
aaCAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTgg < 1:420132/68‑1 (MQ=255)
gATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGgcaa > 1:3222845/1‑68 (MQ=255)
tAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGt > 1:3375888/1‑57 (MQ=255)
tAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTggg > 1:1634734/1‑61 (MQ=255)
tAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGcaagcaag > 1:821900/1‑69 (MQ=255)
tAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGcaagcaag > 1:270547/1‑69 (MQ=255)
tAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGcaagcaag > 1:3153720/1‑69 (MQ=255)
tAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGcaagcaag > 1:2070460/1‑69 (MQ=255)
tAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGcaagcaag > 1:603603/1‑69 (MQ=255)
tAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGcaagcaag > 1:1413225/1‑69 (MQ=255)
tAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGcaagcaag > 1:2102614/1‑69 (MQ=255)
tAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGcaagcaag > 1:2969544/1‑69 (MQ=255)
tAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGcaagcaag > 1:1333582/1‑69 (MQ=255)
tAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGcaagcaag > 1:12924/1‑69 (MQ=255)
tAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGcaagcaag > 1:2339508/1‑69 (MQ=255)
tAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGcaagcaag > 1:68580/1‑69 (MQ=255)
tAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGcaagcaag > 1:835332/1‑69 (MQ=255)
tAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATAGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGcaagcaag > 1:152475/1‑69 (MQ=255)
cGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAgcgc < 1:2273924/69‑1 (MQ=255)
cGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAgcgc < 1:2969768/69‑1 (MQ=255)
cGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAgcgc < 1:298977/69‑1 (MQ=255)
cGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAgcgc < 1:3017049/69‑1 (MQ=255)
cGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAgcgc < 1:2875099/69‑1 (MQ=255)
cGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAgcgc < 1:3285516/69‑1 (MQ=255)
cGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAgcgc < 1:1284321/69‑1 (MQ=255)
cGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAgcgc < 1:1076763/69‑1 (MQ=255)
cGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAgcgc < 1:1059352/69‑1 (MQ=255)
cGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAgcgc < 1:901023/69‑1 (MQ=255)
cGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAgcgc < 1:1142854/69‑1 (MQ=255)
cGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAgcgc < 1:1263953/69‑1 (MQ=255)
cGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAgcgc < 1:3082790/69‑1 (MQ=255)
cGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAgcgc < 1:1317942/69‑1 (MQ=255)
cGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAgcgc < 1:626125/69‑1 (MQ=255)
cGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAgcgc < 1:3286760/69‑1 (MQ=255)
cGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAgcgc < 1:1554918/69‑1 (MQ=255)
cGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAgcgc < 1:1623496/69‑1 (MQ=255)
gATCGACAATCGGCATATCGTTGGT‑GTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:669273/69‑1 (MQ=255)
aTCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:2939259/69‑1 (MQ=255)
aTCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:656367/69‑1 (MQ=255)
aTCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:76570/69‑1 (MQ=255)
aTCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:2810794/69‑1 (MQ=255)
aTCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:99801/69‑1 (MQ=255)
aTCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:1090095/69‑1 (MQ=255)
aTCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:261479/69‑1 (MQ=255)
aTCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:1363061/69‑1 (MQ=255)
aTCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:1556306/69‑1 (MQ=255)
aTCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:2381782/69‑1 (MQ=255)
aTCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:2046574/69‑1 (MQ=255)
aTCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:1867563/69‑1 (MQ=255)
aTCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:1744892/69‑1 (MQ=255)
aTCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:683343/69‑1 (MQ=255)
aTCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:1282861/69‑1 (MQ=255)
aTCGACAATCGGCATATCGGTGGGGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:642/69‑1 (MQ=255)
tCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:3203657/68‑1 (MQ=255)
tCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:2981352/68‑1 (MQ=255)
tCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:2021791/68‑1 (MQ=255)
cgtcATATCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACa > 1:792953/4‑68 (MQ=255)
cGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACag > 1:3271790/1‑69 (MQ=255)
cGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACag > 1:510510/1‑69 (MQ=255)
cGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACag > 1:346185/1‑69 (MQ=255)
cGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACag > 1:1548067/1‑69 (MQ=255)
cGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACag > 1:1092469/1‑69 (MQ=255)
tCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACATCGCGCCa < 1:2740720/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGCGCGCCa < 1:1360500/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGCGCGCCa < 1:1252500/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGCGCGCCa < 1:1237702/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGCGCGCCa < 1:871211/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGCGCGCCa < 1:1080576/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGCGCGCCa < 1:6223/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGCGCGCCa < 1:1471735/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGCGCGCCa < 1:1554787/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGCGCGCCa < 1:515341/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGCGCGCCa < 1:1549124/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGCGCGCCa < 1:1626160/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGCGCGCCa < 1:1665863/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGCGCGCCa < 1:1766543/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGCGCGCCa < 1:2810990/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGGTGGTACGAATGATTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGCGCGCCa < 1:48909/69‑1 (MQ=255)
tCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAAtata < 1:2978930/59‑1 (MQ=255)
tCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAAtata < 1:2861875/59‑1 (MQ=255)
tCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGAGCGCCa > 1:2183019/1‑69 (MQ=255)
tCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGAGCGCCa > 1:2392085/1‑69 (MQ=255)
tCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGAGCGCCa > 1:2785640/1‑69 (MQ=255)
gTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGAGCGCCACg > 1:433061/1‑69 (MQ=255)
gTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGAGCGCCACg > 1:1274766/1‑69 (MQ=255)
ggtACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:2793979/45‑1 (MQ=255)
cGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGAGCGCCACGTTTAACCAc > 1:2254201/1‑68 (MQ=255)
|
GAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGAGCGCCACGTTTAACCAC > minE/2784891‑2785016
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
