Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,805,450 |
C→T |
40.4% |
T265T (ACC→ACT) |
alr → |
alanine racemase 1, PLP‑binding, biosynthetic |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,805,450 | 0 | C | T | 40.4%
| 18.1
/ 29.8
| 47 | T265T (ACC→ACT) | alr | alanine racemase 1, PLP‑binding, biosynthetic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/9); new base T (11/8); total (30/17) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.46e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.85e-01 |
AAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTC > minE/2805398‑2805506
|
aaGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGTACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTc > 1:316865/1‑68 (MQ=255)
aaGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGTTACCCGTCTTGGCGTAGTc > 1:2373622/1‑68 (MQ=255)
aaGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTc > 1:1160820/1‑68 (MQ=255)
aaGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTc > 1:2370230/1‑68 (MQ=255)
aaGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTc > 1:2428354/1‑68 (MQ=255)
aaGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTc > 1:3418852/1‑68 (MQ=255)
aaGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTc > 1:650674/1‑68 (MQ=255)
aaGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTc > 1:1907941/1‑68 (MQ=255)
aGCCGGAGAGCCTGTCGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTcgc > 1:3372910/1‑69 (MQ=255)
aGCCGGAGAGCCTGTCGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTcgc > 1:2468549/1‑69 (MQ=255)
aGCCGGAGAGCCTGTCGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTcgc > 1:611261/1‑69 (MQ=255)
aGCCGGAGAGCCTGTCGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTcgc > 1:1807869/1‑69 (MQ=255)
aGCCGGAGAGCCTGTCGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTcgc > 1:2871582/1‑69 (MQ=255)
aGCCGGAGAGCCTGTCGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTcgc > 1:3371831/1‑69 (MQ=255)
aGCCGGAGAGCCTGTCGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTcgc > 1:3257262/1‑69 (MQ=255)
aGCCGGAGAGCCTGTCGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTcgc > 1:1410845/1‑69 (MQ=255)
aGCCGGAGAGCCTGTCGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTcgc > 1:1221359/1‑69 (MQ=255)
aGCCGGAGAGCCTGTCGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTcgc > 1:3232681/1‑69 (MQ=255)
aGCCGGAGAGCCTGTCGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTcg > 1:2214745/1‑68 (MQ=255)
gCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTcgc < 1:2636848/68‑1 (MQ=255)
gCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTcgc < 1:725969/68‑1 (MQ=255)
gCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTcgc < 1:1564085/68‑1 (MQ=255)
gCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTcgc < 1:2989243/68‑1 (MQ=255)
gCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTcgc < 1:751293/68‑1 (MQ=255)
gCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTcgc < 1:148062/68‑1 (MQ=255)
gCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTcgc < 1:1032275/68‑1 (MQ=255)
gagCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGc < 1:3376448/69‑1 (MQ=255)
gagCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGc < 1:2796486/69‑1 (MQ=255)
aGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGcgcgccgcgca > 1:903141/1‑67 (MQ=255)
aGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGcgcgccg > 1:979635/1‑64 (MQ=255)
aGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGcgccgcgccg > 1:405934/1‑69 (MQ=255)
aGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGcgccgcgccg > 1:1076064/1‑69 (MQ=255)
aGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGcgccgcgccg > 1:1760876/1‑69 (MQ=255)
aGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGcgccgcgccg > 1:1914234/1‑69 (MQ=255)
aGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGcgccgcgccg > 1:474804/1‑69 (MQ=255)
aGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGcgccgcgccg > 1:3203358/1‑69 (MQ=255)
aGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGcgccgcgccg > 1:3404211/1‑69 (MQ=255)
aGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGcgccgcgccg > 1:269590/1‑69 (MQ=255)
aGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGcgccgcgccg > 1:3027275/1‑69 (MQ=255)
cGAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTc < 1:1942249/69‑1 (MQ=255)
cGAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTc < 1:2320930/69‑1 (MQ=255)
cGAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTc < 1:3332911/69‑1 (MQ=255)
cGAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTc < 1:1142721/69‑1 (MQ=255)
cGAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTc < 1:961812/69‑1 (MQ=255)
cGAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTc < 1:3119640/69‑1 (MQ=255)
agAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTc < 1:1562801/68‑1 (MQ=255)
gAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTc < 1:1932938/68‑1 (MQ=255)
|
AAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTC > minE/2805398‑2805506
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
