Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,845,871 |
G→A |
28.8% |
R124H (CGT→CAT) |
yjeM → |
predicted transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,845,871 | 0 | G | A | 28.8%
| 79.3
/ 31.1
| 76 | R124H (CGT→CAT) | yjeM | predicted transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (39/15); new base A (5/17); total (44/32) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.03e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CTCCGCGAAAGTTTGGGTACCGTTCTCAACATTCCTCTATGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGTGGTTGGTCTGCTGGCTGTGGCATGGATGATTCTGGTC > minE/2845806‑2845935
|
cTCCGCGAAAGTTTGGGTACCGTTCTCAACATTCCTCTATGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCGTAt > 1:2179564/1‑69 (MQ=255)
cTCCGCGAAAGTTTGGGTACCGTTCTCAACATTCCTCTATGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCGTAt > 1:2978694/1‑69 (MQ=255)
cTCCGCGAAAGTTTGGGTACCGTTCTCAACATTCCTCTATGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCGTAt > 1:2977106/1‑69 (MQ=255)
cTCCGCGAAAGTTTGGGTACCGTTCTCAACATTCCTCTATGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCGTAt > 1:753063/1‑69 (MQ=255)
cTCCGCGAAAGTTTGGGTACCGTTCTCAACATTCCTCTATGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCGTAt > 1:197774/1‑69 (MQ=255)
cTCCGCGAAAGTTTGGGTACCGTTCTCAACATTCCTCTATGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCGTAt > 1:1337565/1‑69 (MQ=255)
tCCGCGAAAGTTTGGGTACCGTTCTCAACATTCCTCTATGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCGTAtt > 1:841482/1‑69 (MQ=255)
tCCGCGAAAGTTTGGGTACCGTTCTCAACATTCCTCTATGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCGTAtt > 1:3224203/1‑69 (MQ=255)
tCCGCGAAAGTTTGGGTACCGTTCTCAACATTCCTCTATGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCGTAtt > 1:3056100/1‑69 (MQ=255)
tCCGCGAAAGTTTGGGTACCGTTCTCAACATTCCTCTATGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCGTAtt > 1:945400/1‑69 (MQ=255)
tCCGCGAAAGTTTGGGTACCGTTCTCAACATTCCTCTATGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCGTAtt > 1:1156990/1‑69 (MQ=255)
tCCGCGAAAGTTTGGGTACCGTTCTCAACATTCCTCTATGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCGTAtt > 1:959716/1‑69 (MQ=255)
tCCGCGAAAGTTTGGGTACCGTTCTCAACATTCCTCTATGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCGTAtt > 1:611088/1‑69 (MQ=255)
tCCGCGAAAGTTTGGGTACCGTTCTCAACATTCCTCTATGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCGTAt > 1:3200898/1‑68 (MQ=255)
ccGCGAAAGTTTGGGTACCGTTCTCAACATTCCTCTACGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCATATTg > 1:3188613/1‑69 (MQ=255)
ccGCGAAAGTTTGGGTACCGTTCTCAACATTCCTCTACGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCATATTg > 1:2366409/1‑69 (MQ=255)
ccGCGAAAGTTTGGGTACCGTTCTCAACATTCCTCTACGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCATATTg > 1:1092812/1‑69 (MQ=255)
ccGCGAAAGTTTGGGTACCGTTCTCAACATTCCTCTACGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCATATTg > 1:2662136/1‑69 (MQ=255)
ccGCGAAAGTTTGGGTACCGTTCTCAACATTCCTCTACGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCATATTg > 1:2676380/1‑69 (MQ=255)
tACCGTTCTCAACATTCCTCTACGGTAGCGACATGACCCAGCACT‑GCATATTGCCGGACTGGAGCCTAc < 1:1585976/69‑1 (MQ=255)
aCCGTTCTCAACATTCCTCTACGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCATATTGCCGGACTGGAGCCTAc < 1:2932393/69‑1 (MQ=255)
aCCGTTCTCAACATTCCTCTACGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCATATTGCCGGACTGGAGCCTAc < 1:274391/69‑1 (MQ=255)
aCCGTTCTCAACATTCCTCTACGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCATATTGCCGGACTGGAGCCTAc < 1:26926/69‑1 (MQ=255)
aCCGTTCTCAACATTCCTCTACGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCATATTGCCGGACTGGAGCCTAc < 1:31009/69‑1 (MQ=255)
aCCGTTCTCAACATTCCTCTACGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCATATTGCCGGACTGGAGCCTAc < 1:2731393/69‑1 (MQ=255)
aCCGTTCTCAACATTCCTCTACGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCATATTGCCGGACTGGAGCCTAc < 1:2094125/69‑1 (MQ=255)
aCCGTTCTCAACATTCCTCTACGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCATATTGCCGGACTGGAGCCTAc < 1:499300/69‑1 (MQ=255)
aCCGTTCTCAACATTCCTCTACGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCATATTGCCGGACTGGAGCCTAc < 1:1967745/69‑1 (MQ=255)
aCCGTTCTCAACATTCCTCTACGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCATATTGCCGGACTGGAGCCTAc < 1:1527320/69‑1 (MQ=255)
aCCGTTCTCAACATTCCTCTACGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCATATTGCCGGACTGGAGCCTAc < 1:755544/69‑1 (MQ=255)
aCCGTTCTCAACATTCCTCTACGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCATATTGCCGGACTGGAGCCTAc < 1:763808/69‑1 (MQ=255)
gTTCTCAACATTCCTCTACGGTAGCGACATGTCCCAGCACTGGCATATTGCCGGACTGGAGCCTAc < 1:719417/66‑1 (MQ=255)
cATTCCTCTATGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGtggttg < 1:2985877/69‑1 (MQ=255)
cATTCCTCTATGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGtggttg < 1:1379444/69‑1 (MQ=255)
aTTCCTCTATGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGtggttgg < 1:1188770/69‑1 (MQ=255)
ttCCTCTATGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGtggttggt > 1:539756/1‑69 (MQ=255)
ttCCTCTATGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGtggttggt > 1:2818107/1‑69 (MQ=255)
ttCCTCTATGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGtggttggt > 1:1134005/1‑69 (MQ=255)
ttCCTCTATGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGtggttggt > 1:1171275/1‑69 (MQ=255)
ttCCTCTATGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGtggttggt > 1:1244319/1‑69 (MQ=255)
ttCCTCTATGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGtggttggt > 1:145979/1‑69 (MQ=255)
ttCCTCTATGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGtggttggt > 1:2090173/1‑69 (MQ=255)
ccTCTATGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGtggttg < 1:115046/65‑1 (MQ=255)
ccTCTATGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGtggttg < 1:2686242/65‑1 (MQ=255)
ccTCTATGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGtggttg < 1:472175/65‑1 (MQ=255)
ctACGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCATATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGTGGTTGGTctgct < 1:603570/69‑1 (MQ=255)
ctACGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCATATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGTGGTTGGTctgct < 1:2994119/69‑1 (MQ=255)
ctACGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCATATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGTGGTTGGTctgct < 1:3134408/69‑1 (MQ=255)
gTAGCGACATGACCCAGCACTGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGTGGTTGGTCTgctgtctg > 1:2838906/1‑69 (MQ=255)
gTAGCGACATGACCCAGCACTGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGTGGTTGGTCTgctggctg > 1:2056379/1‑69 (MQ=255)
gTAGCGACATGACCCAGCACTGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGTGGTTGGTCTgctggctg > 1:617078/1‑69 (MQ=255)
gTAGCGACATGACCCAGCACTGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGTGGTTGGTCTgctggctg > 1:1718223/1‑69 (MQ=255)
gTAGCGACATGACCCAGCACTGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGTGGTTGGTCTgctggctg > 1:2009169/1‑69 (MQ=255)
gTAGCGACATGACCCAGCACTGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGTGGTTGGTCTgctggctg > 1:267290/1‑69 (MQ=255)
gTAGCGACATGACCCAGCACTGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGTGGTTGGTCTgctggctg > 1:2499367/1‑69 (MQ=255)
gTAGCGACATGACCCAGCACTGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGTGGTTGGTCTgctggct > 1:1671229/1‑68 (MQ=255)
cGACATGACCCAGCACTGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGtggttg < 1:3131433/53‑1 (MQ=255)
aTGACCCAGCACTGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGTGGTTGGTCTGCTGGCTGTGGCATgg > 1:238923/1‑69 (MQ=255)
aTGACCCAGCACTGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGTGGTTGGTCTGCTGGCTGTGGCATgg > 1:27996/1‑69 (MQ=255)
aTGACCCAGCACTGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGTGGTTGGTCTGCTGGCTGTGGCATgg > 1:2361449/1‑69 (MQ=255)
aTGACCCAGCACTGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGTGGTTGGTCTGCTGGCTGTGGCATgg > 1:2860598/1‑69 (MQ=255)
aTGACCCAGCACTGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGTGGTTGGTCTGCTGGCTGTGGCATgg > 1:2631817/1‑69 (MQ=255)
aTGACCCAGCACTGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGTGGTTGGTCTGCTGGCTGTGGCATgg > 1:455245/1‑69 (MQ=255)
aTGACCCAGCACTGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGTGGTTGGTCTGCTGGCTGTGGCATgg > 1:3364502/1‑69 (MQ=255)
aCCCAGCACTGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGtggttt < 1:2303347/46‑2 (MQ=255)
aCCCAGCACTGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGTGGTTGGTCTGCTGGCTGTGGCATGgatg > 1:1351570/1‑69 (MQ=255)
aCCCAGCACTGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGTGGTTGGTCTGCTGGCTGTGGCATGgatg > 1:2694358/1‑69 (MQ=255)
aGCACTGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGTGGTTGGTCTGCTGGCTGTGGCATGGATGATTc > 1:2433503/1‑69 (MQ=255)
gCACTGGCATATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGTGTTTGGTctgct < 1:1991046/48‑1 (MQ=255)
tGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGTGGTTGGTCTGCTGGCTGTGGCATGGATGATTCTGGTc < 1:1990532/69‑1 (MQ=255)
tGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGTGGTTGGTCTGCTGGCTGTGGCATGGATGATTCTGGTc < 1:3007754/69‑1 (MQ=255)
tGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGTGGTTGGTCTGCTGGCTGTGGCATGGATGATTCTGGTc < 1:731335/69‑1 (MQ=255)
tGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGTGGTTGGTCTGCTGGCTGTGGCATGGATGATTCTGGTc < 1:163247/69‑1 (MQ=255)
tGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGTGGTTGGTCTGCTGGCTGTGGCATGGATGATTCTGGTc < 1:2802759/69‑1 (MQ=255)
tGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGTGGTTGGTCTGCTGGCTGTGGCATGGATGATTCTGGTc < 1:865434/69‑1 (MQ=255)
tGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGTGGTTGGTCTGCTGGCTGTGGCATGGATGATTCTGGTc < 1:2698779/69‑1 (MQ=255)
|
CTCCGCGAAAGTTTGGGTACCGTTCTCAACATTCCTCTATGGTAGCGACATGACCCAGCACTGGCGTATTGCCGGACTGGAGCCTACGCAGGTGGTTGGTCTGCTGGCTGTGGCATGGATGATTCTGGTC > minE/2845806‑2845935
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
