Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,894,125 |
A→C |
45.3% |
I56I (ATA→ATC) |
ytfT → |
predicted sugar transporter subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,894,125 | 0 | A | C | 45.3%
| 0.5
/ 64.1
| 59 | I56I (ATA→ATC) | ytfT | predicted sugar transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/7); new base C (18/8); total (44/15) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.50e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.23e-01 |
TAGCCTGGTAGCCCCGCATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCATGACGCTGGTGATCGCCACCG > minE/2894059‑2894192
|
tAGCCTGGTAGCCCCGCATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGa < 1:2014240/69‑1 (MQ=255)
tAGCCTGGTAGCCCCGCATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGa < 1:2263952/69‑1 (MQ=255)
gCCTGGTAGCCCCGCATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGa < 1:1622114/67‑1 (MQ=255)
gCCTGGTAGCCCCGCATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGAc > 1:1871322/1‑68 (MQ=255)
gCCTGGTAGCCCCGCATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGAc > 1:1611536/1‑68 (MQ=255)
gCCTGGTAGCCCCGCATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGAc > 1:2706389/1‑68 (MQ=255)
gCCTGGTAGCCCCGCATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACa > 1:1006946/1‑69 (MQ=255)
gCCTGGTAGCCCCGCATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACa > 1:2465265/1‑69 (MQ=255)
gCCTGGTAGCCCCGCATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACa > 1:2699849/1‑69 (MQ=255)
cATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGcg < 1:2704275/69‑2 (MQ=255)
cATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGcg < 1:1494866/69‑2 (MQ=255)
cATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGcg < 1:2477918/69‑2 (MQ=255)
cATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGcg < 1:1207841/69‑2 (MQ=255)
cATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGcg < 1:2345200/69‑2 (MQ=255)
cATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGcg < 1:337061/69‑2 (MQ=255)
cATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGcg < 1:2340150/69‑2 (MQ=255)
cATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGcg < 1:1942150/69‑2 (MQ=255)
tCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATa > 1:1382040/1‑47 (MQ=255)
tCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATa > 1:3347683/1‑47 (MQ=255)
tCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATa > 1:1634691/1‑47 (MQ=255)
tCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGccc > 1:2783178/1‑67 (MQ=255)
tCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTc > 1:2917902/1‑69 (MQ=255)
tCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTc > 1:1208387/1‑69 (MQ=255)
tCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTc > 1:3372189/1‑69 (MQ=255)
tCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGACCCATa > 1:1084516/1‑47 (MQ=255)
gCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAAGCGTGCGGCcccc > 1:631407/1‑67 (MQ=255)
gCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGCGGCCCCCGt > 1:71112/1‑69 (MQ=255)
gCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGCGGCCCCCGt > 1:3327291/1‑69 (MQ=255)
gCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGCGGCCCCCGt > 1:883414/1‑69 (MQ=255)
gCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGCGGCCCCCGt > 1:350671/1‑69 (MQ=255)
gCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGCGGCCCCCGt > 1:375552/1‑69 (MQ=255)
gCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGCGGCCCCCGt > 1:1434948/1‑69 (MQ=255)
gCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGCGGCCCCCGt > 1:2767019/1‑69 (MQ=255)
gCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGCGGCCCCCGt > 1:2723486/1‑69 (MQ=255)
gCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGCGGCCCCCGt > 1:1436308/1‑69 (MQ=255)
gCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGCGGCCCCCGt > 1:410308/1‑69 (MQ=255)
gCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGCGGCCCCCGt > 1:514776/1‑69 (MQ=255)
gCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGCGGCCCCCGt > 1:5173/1‑69 (MQ=255)
gCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGCGGCCCCCGt > 1:1549773/1‑69 (MQ=255)
gCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGCGGCCCCCGt > 1:1686272/1‑69 (MQ=255)
gCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGCGGCCCCCGt > 1:1934706/1‑69 (MQ=255)
gCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTCTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGCGGCCCCCGt > 1:1104598/1‑69 (MQ=255)
gCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGCTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGCGGCCCCCGt > 1:2431907/1‑69 (MQ=255)
tggtgCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCg > 1:2450529/1‑68 (MQ=255)
tggtgCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGt > 1:841008/1‑69 (MQ=255)
ggtgCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGtt > 1:2518551/1‑69 (MQ=255)
gtgCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGTCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTa > 1:2042719/1‑69 (MQ=255)
gtgCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTa > 1:964316/1‑69 (MQ=255)
cTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGtt > 1:3343511/1‑65 (MQ=255)
cTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGtt > 1:3189361/1‑65 (MQ=255)
cTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGtt > 1:1424904/1‑65 (MQ=255)
cTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGtt > 1:2891832/1‑65 (MQ=255)
cTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGtt > 1:2705621/1‑65 (MQ=255)
cTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGtt > 1:1479105/1‑65 (MQ=255)
cTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGtt > 1:1531134/1‑65 (MQ=255)
cTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGtt > 1:184492/1‑65 (MQ=255)
cTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCAT‑‑ACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGtt > 1:1281886/1‑63 (MQ=255)
cGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCAt < 1:3181096/68‑1 (MQ=255)
cGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCAt < 1:711990/68‑1 (MQ=255)
cGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCAt < 1:1123215/68‑1 (MQ=255)
cGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCAt < 1:2973952/68‑1 (MQ=255)
tAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCATGACGCTGGTGATCGCCACCg > 1:957788/1‑69 (MQ=255)
tAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCATGACGCTGGTGATCGCCACCg > 1:197326/1‑69 (MQ=255)
|
TAGCCTGGTAGCCCCGCATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCATGACGCTGGTGATCGCCACCG > minE/2894059‑2894192
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
