Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,894,752 |
C→T |
37.2% |
L265L (CTC→CTT) |
ytfT → |
predicted sugar transporter subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,894,752 | 0 | C | T | 37.2%
| 33.1
/ 34.8
| 59 | L265L (CTC→CTT) | ytfT | predicted sugar transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/35); new base T (17/5); total (19/40) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.27e-08 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GTGGCGGCGGATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGG > minE/2894684‑2894818
|
gTGGCGGCGGATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATtctc > 1:2413083/1‑69 (MQ=255)
gTGGCGGCGGATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATtctc > 1:1869877/1‑69 (MQ=255)
gTGGCGGCGGATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATtctc > 1:1723702/1‑69 (MQ=255)
ggATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGTggtggt < 1:437361/69‑1 (MQ=255)
ggATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCgttggt < 1:3001843/69‑1 (MQ=255)
ggATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCggtggt < 1:997555/69‑1 (MQ=255)
ggATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCggtggt < 1:2335640/69‑1 (MQ=255)
ggATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCggtggt < 1:2558162/69‑1 (MQ=255)
ggATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCggtggt < 1:2057490/69‑1 (MQ=255)
ggATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCggtggt < 1:198350/69‑1 (MQ=255)
ggATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCggtggt < 1:3306235/69‑1 (MQ=255)
ggATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCggtggt < 1:368106/69‑1 (MQ=255)
ggATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCggtggt < 1:581998/69‑1 (MQ=255)
ggATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCggtggt < 1:1572996/69‑1 (MQ=255)
ggATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCggtggt < 1:1231523/69‑1 (MQ=255)
ggATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCggtggt < 1:1081802/69‑1 (MQ=255)
ggATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCAGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCggtggt < 1:1736058/69‑1 (MQ=255)
atatTCGCGGTGCCGATGCCAACAATGCCGGATTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTTGCAgtggtg > 1:1121707/1‑68 (MQ=255)
atatTCGCGGTGCCGATGCCAACAATGCCGGATTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTTGCAGTGGTGa > 1:332549/1‑69 (MQ=255)
atatTCGCGGTGCCGATGCCAACAATGCCGGATTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTTGCAGTGGTGa > 1:3200264/1‑69 (MQ=255)
atatTCGCGGTGCCGATGCCAACAATGCCGGATTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTTGCAGTGGTGa > 1:794272/1‑69 (MQ=255)
atatTCGCGGTGCCGATGCCAACAATGCCGGATTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTTGCAGTGGTGa > 1:3137143/1‑69 (MQ=255)
atatTCGCGGTGCCGATGCCAACAATGCCGGATTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTTGCAGTGGTGa > 1:865822/1‑69 (MQ=255)
atatTCGCGGTGCCGATGCCAACAATGCCGGATTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTTGCAGTGGTGa > 1:2815803/1‑69 (MQ=255)
atatTCGCGGTGCCGATGCCAACAATGCCGGATTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTTGCAGTGGTGa > 1:1023118/1‑69 (MQ=255)
atatTCGCGGTGCCGATGCCAACAATGCCGGATTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTTGCAGTGGTGa > 1:977336/1‑69 (MQ=255)
atatTCGCGGTGCCGATGCCAACAATGCCGGATTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTTGCAGTGGTGa > 1:2352204/1‑69 (MQ=255)
atatTCGCGGTGCCGATGCCAACAATGCCGGATTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTTGCAGTGGTGa > 1:2471152/1‑69 (MQ=255)
atatTCGCGGTGCCGATGCCAACAATGCCGGATTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTTGCAGTGGTGa > 1:2253770/1‑69 (MQ=255)
atatTCGCGGTGCCGATGCCAACAATGCCGGATTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTTGCAGTGGTGa > 1:106766/1‑69 (MQ=255)
atatTCGCGGTGCCGATGCCAACAATGCCGGATTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTTGCAGTGGTGa > 1:1609118/1‑69 (MQ=255)
atatTCGCGGTGCCGATGCCAACAATGCCGGATTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTTGCAGTGGTGa > 1:1730366/1‑69 (MQ=255)
atatTCGCGGTGCCGATGCCAACAATGCCGGATTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTTGCAGTGGTGa > 1:1910130/1‑69 (MQ=255)
atatTCGCGGTGCCGATGCCAACAATGCCGGATTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTTGCAGTGGTGa > 1:2093381/1‑69 (MQ=255)
tGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGcggcgg < 1:957527/69‑1 (MQ=255)
tGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGcggcgg < 1:150184/69‑1 (MQ=255)
gCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCggtggt < 1:2304190/56‑1 (MQ=255)
gCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCggtggt < 1:2649065/56‑1 (MQ=255)
gCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCggtggt < 1:956958/56‑1 (MQ=255)
gCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCggtggt < 1:656250/56‑1 (MQ=255)
gCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCggtggt < 1:1951427/56‑1 (MQ=255)
aTGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGG‑GGATCGCt < 1:2670426/69‑1 (MQ=255)
tGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCt < 1:1801296/69‑1 (MQ=255)
tGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCt < 1:1075581/69‑1 (MQ=255)
tGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCt < 1:772444/69‑1 (MQ=255)
tGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCt < 1:1696983/69‑1 (MQ=255)
tGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCt < 1:3291065/69‑1 (MQ=255)
tGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCt < 1:2122661/69‑1 (MQ=255)
tGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCt < 1:2093315/69‑1 (MQ=255)
tGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCt < 1:2782526/69‑1 (MQ=255)
tGCCAACAACGCTGCGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCt < 1:3025831/69‑1 (MQ=255)
aacGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATgggc > 1:2537674/1‑69 (MQ=255)
aacGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATgggc > 1:1271174/1‑69 (MQ=255)
aTGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTaa < 1:668065/69‑1 (MQ=255)
aTGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTaa < 1:2920490/69‑1 (MQ=255)
ctggaCGCCATTCTTGCAGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTGCtt < 1:302599/69‑1 (MQ=255)
ctggaCGCCATTCTTGCAGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTGCtt < 1:3365155/69‑1 (MQ=255)
ctggaCGCCATTCTTGCAGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTGCtt < 1:2020629/69‑1 (MQ=255)
ctggaCGCCATTCTTGCAGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTGCtt < 1:2943426/69‑1 (MQ=255)
tggaCGCCATTCTTGCAGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTGCtt < 1:1772031/68‑1 (MQ=255)
cGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCggt < 1:3249630/69‑1 (MQ=255)
cGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCggt < 1:1820347/69‑1 (MQ=255)
ctcGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCttt > 1:524913/1‑45 (MQ=255)
ctcGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCttt > 1:2644203/1‑45 (MQ=255)
ctcGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCttt > 1:2369292/1‑45 (MQ=255)
ctcGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGgtggtgtg > 1:236154/1‑66 (MQ=255)
ctcGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTgggg > 1:487790/1‑69 (MQ=255)
|
GTGGCGGCGGATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGG > minE/2894684‑2894818
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
