Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,902,131 |
A→G |
31.7% |
N638N (AAT→AAC) |
nrdD ← |
anaerobic ribonucleoside‑triphosphate reductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,902,131 | 0 | A | G | 31.7%
| 53.1
/ 32.2
| 66 | N638N (AAT→AAC) | nrdD | anaerobic ribonucleoside‑triphosphate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/32); new base G (5/16); total (18/48) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.72e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 |
GAAGCCTTTGCTGGTGCACTCGAACTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTCCAGCGCCTTC > minE/2902065‑2902191
|
gAAGCCTTTGCTGGTGCACTCGAACTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTAtt < 1:2082920/69‑1 (MQ=255)
gAAGCCTTTGCTGGTGCACTCGAACTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTAtt < 1:519974/69‑1 (MQ=255)
cTCGAACTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTa < 1:1147278/68‑1 (MQ=255)
cTCGAACTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTa < 1:2488360/68‑1 (MQ=255)
cTCGAACTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTa < 1:1694753/68‑1 (MQ=255)
cTCGAACTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTa < 1:1487634/68‑1 (MQ=255)
cTCGAACTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTa < 1:425417/68‑1 (MQ=255)
tCGAACTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTa < 1:2233331/67‑1 (MQ=255)
aCTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCt < 1:112824/69‑1 (MQ=255)
aCTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCt < 1:2474506/69‑1 (MQ=255)
aCTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCt < 1:2800466/69‑1 (MQ=255)
aCTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCt < 1:2963621/69‑1 (MQ=255)
aCTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCt < 1:3375602/69‑1 (MQ=255)
aCTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCt < 1:1261619/69‑1 (MQ=255)
aCTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCt < 1:797486/69‑1 (MQ=255)
aCTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCt < 1:866672/69‑1 (MQ=255)
cTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCATTCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCt < 1:2065652/68‑1 (MQ=255)
aaaGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTaa > 1:1808790/1‑46 (MQ=255)
aaaGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTa > 1:749971/1‑69 (MQ=255)
acacTCGTAGCATTCATCGATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCa > 1:2200114/1‑69 (MQ=255)
cTCGTAGCATTCATCGATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACTGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGAc > 1:1180976/1‑69 (MQ=255)
cTCGTAGCATTCATCGATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGAc > 1:3266682/1‑69 (MQ=255)
cTCGTAGCATTCATCGATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCACAGAc > 1:286978/1‑69 (MQ=255)
cTCGTAGCATTCATCGATCGGTCTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATa > 1:1370999/1‑54 (MQ=255)
cGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACAt > 1:3116715/1‑69 (MQ=255)
cGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACAt > 1:673303/1‑69 (MQ=255)
cGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACAt > 1:2741589/1‑69 (MQ=255)
cGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACAt > 1:2440940/1‑69 (MQ=255)
cGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACAt > 1:1869188/1‑69 (MQ=255)
cGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACAt > 1:1712631/1‑69 (MQ=255)
cGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACAt > 1:1508728/1‑69 (MQ=255)
cGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACAt > 1:1651057/1‑69 (MQ=255)
cGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTCGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACa > 1:2368133/1‑68 (MQ=255)
attcatcgATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTcc < 1:1325150/66‑1 (MQ=255)
catcgATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTcc < 1:2057047/65‑1 (MQ=255)
catcgATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTcc < 1:1132411/65‑1 (MQ=255)
catcgATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTcc < 1:837597/65‑1 (MQ=255)
catcgATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTcc < 1:782439/65‑1 (MQ=255)
catcgATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTcc < 1:76121/65‑1 (MQ=255)
catcgATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTcc < 1:73934/65‑1 (MQ=255)
catcgATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTcc < 1:128656/65‑1 (MQ=255)
catcgATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTcc < 1:603926/65‑1 (MQ=255)
catcgATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTcc < 1:525983/65‑1 (MQ=255)
catcgATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTcc < 1:212743/65‑1 (MQ=255)
catcgATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTcc < 1:2365409/65‑1 (MQ=255)
catcgATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTcc < 1:1027896/65‑1 (MQ=255)
catcgATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTcc < 1:1811683/65‑1 (MQ=255)
catcgATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTcc < 1:251452/65‑1 (MQ=255)
catcgATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTCATAGCTGTAATCCCAGACATCTTcc < 1:3319320/65‑1 (MQ=255)
catcaATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCtat < 1:1202471/48‑3 (MQ=255)
catcaATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGt < 1:3011441/48‑1 (MQ=255)
catcaATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGt < 1:860681/48‑1 (MQ=255)
catcaATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGt < 1:1204112/48‑1 (MQ=255)
catcaATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGt < 1:1889718/48‑1 (MQ=255)
catcaATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGt < 1:2497242/48‑1 (MQ=255)
catcaATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGt < 1:632263/48‑1 (MQ=255)
catcaATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGt < 1:2563801/48‑1 (MQ=255)
catcaATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGt < 1:1498424/48‑1 (MQ=255)
catcaATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGt < 1:3288026/48‑1 (MQ=255)
catcaATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGt < 1:3256715/48‑1 (MQ=255)
catcaATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGt < 1:1650756/48‑1 (MQ=255)
catcaATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGt < 1:1662477/48‑1 (MQ=255)
atcaATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTCCAgcgc > 1:1497474/1‑69 (MQ=255)
atcaATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTCCAgcgc > 1:898768/1‑69 (MQ=255)
tCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTCCAACGCCTTc < 1:2850979/68‑1 (MQ=255)
gtgtATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGt < 1:1943770/39‑1 (MQ=255)
|
GAAGCCTTTGCTGGTGCACTCGAACTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTCCAGCGCCTTC > minE/2902065‑2902191
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
