Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,905,981 |
T→C |
23.2% |
H38R (CAC→CGC) |
treC ← |
trehalose‑6‑P hydrolase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,905,981 | 0 | T | C | 23.2%
| 97.1
/ 23.7
| 78 | H38R (CAC→CGC) | treC | trehalose‑6‑P hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/42); new base C (11/7); total (28/50) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.33e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.99e-01 |
ACATAAAAGGGGGTTAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCGTGGTGTCCTGAAAACTCTTTGGATAAA > minE/2905924‑2906047
|
aCATAAAAGGGGGTTAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAAc > 1:2090494/1‑68 (MQ=255)
aTAAAAGGGGGTTAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGcc < 1:3042061/69‑1 (MQ=255)
aTAAAAGGGGGTTAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGcc < 1:3136129/69‑1 (MQ=255)
aTAAAAGGGGGTTAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGcc < 1:3367407/69‑1 (MQ=255)
tAAAAGGGGGTTAGCCAGATGTCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGCCa < 1:1765641/69‑1 (MQ=255)
tAAAAGGGGGTTAGCCAGATGGCATCAACGCCCATTTTATGCAGATAGTCCAGTTGTTGGATAACGcc < 1:1149280/68‑1 (MQ=255)
tAAAAGGGGGTTAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGCCa < 1:271319/69‑1 (MQ=255)
tAAAAGGGGGTTAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGCCa < 1:360569/69‑1 (MQ=255)
ttAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGCCACGTAAATCGc < 1:1450757/69‑1 (MQ=255)
ttAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGCCACGTAAATCGc < 1:2032717/69‑1 (MQ=255)
ttAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGCCACGTAAATCGc < 1:2042436/69‑1 (MQ=255)
ttAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGCCACGTAAATCGc < 1:3427514/69‑1 (MQ=255)
ttAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGCCACGTAAATCGc < 1:1373170/69‑1 (MQ=255)
ttAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGCCACGTAAATCGc < 1:2570612/69‑1 (MQ=255)
ttAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGCCACGTAAATCGc < 1:307118/69‑1 (MQ=255)
cAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGTGTTGTATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCg < 1:1374939/69‑1 (MQ=255)
cAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCg < 1:3299199/69‑1 (MQ=255)
cAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCg < 1:1341151/69‑1 (MQ=255)
cAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCg < 1:1629055/69‑1 (MQ=255)
cAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCg < 1:548416/69‑1 (MQ=255)
cAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCg < 1:169820/69‑1 (MQ=255)
cAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCg < 1:282971/69‑1 (MQ=255)
aaCGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAATGCCACGTAAATCGCCGGTACCTCTACCCg > 1:1942647/1‑68 (MQ=255)
aaCGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCgt > 1:2344593/1‑69 (MQ=255)
aaCGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCgt < 1:2816480/69‑1 (MQ=255)
gCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCTTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTGCCGCTACCCgtggt > 1:1817602/1‑69 (MQ=255)
gCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTGCCGCTACCCgtggt > 1:448887/1‑69 (MQ=255)
gCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTGCCGCTACCCgtggt > 1:947780/1‑69 (MQ=255)
gCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTGCCGCTACCCgtggt > 1:1766434/1‑69 (MQ=255)
gCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTGCCGCTACCCgtggt > 1:1148436/1‑69 (MQ=255)
gCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTGCCGCTACCCgtggt > 1:2117763/1‑69 (MQ=255)
gCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTGCCGCTACCCgtggt > 1:1210490/1‑69 (MQ=255)
gCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTGCCGCTACCCgtggt > 1:1289150/1‑69 (MQ=255)
gCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTGCCGCTACCCgtggt > 1:2350168/1‑69 (MQ=255)
gCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTGCCGCTACCCgtgg > 1:1645795/1‑68 (MQ=255)
gCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGCATAACGCCACGTAAATCGCCGGTGCCGCTACCTgtggt > 1:2852944/1‑69 (MQ=255)
ttATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGCCACGTAAATCTCCgg < 1:2279297/46‑1 (MQ=255)
ttATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCgg < 1:1102626/46‑1 (MQ=255)
ttATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCgg < 1:112191/46‑1 (MQ=255)
ttATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCgg < 1:94421/46‑1 (MQ=255)
ttATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCgg < 1:2588007/46‑1 (MQ=255)
ttATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCgg < 1:760017/46‑1 (MQ=255)
ttATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCgg < 1:1571945/46‑1 (MQ=255)
ttATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCgg < 1:2102825/46‑1 (MQ=255)
ttATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCgg < 1:598105/46‑1 (MQ=255)
ttATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCgg < 1:2007610/46‑1 (MQ=255)
ttATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCgg < 1:528080/46‑1 (MQ=255)
tATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACTCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCGTGGTGTCCTGaa > 1:2257598/1‑69 (MQ=255)
tATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCGTGGTGTCCTGaa > 1:910162/1‑69 (MQ=255)
tATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCGTGGTGTCCTGaa > 1:907058/1‑69 (MQ=255)
tATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCGTGGTGTCCTGaa > 1:686452/1‑69 (MQ=255)
tATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCGTGGTGTCCTGaa < 1:979138/69‑1 (MQ=255)
tATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCGTGGTGTCCTGaa > 1:2367100/1‑69 (MQ=255)
tATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCGTGGTGTCCTGaa > 1:1600374/1‑69 (MQ=255)
tATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCGTGGTGTCCTGaa > 1:2327692/1‑69 (MQ=255)
tATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCGTGGTGTCCTGaa > 1:1621883/1‑69 (MQ=255)
tATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCGTGGTGTCCTGaa > 1:212586/1‑69 (MQ=255)
tATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCGTGGTGTCCTGa > 1:3202650/1‑68 (MQ=255)
tATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCGTGGTGTCCTGa > 1:3022403/1‑68 (MQ=255)
gATAGGCCAGGGGTT‑GATAACGCCACGTAAATCGCCgg < 1:2287496/38‑1 (MQ=21)
tAGTCCAGGTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGcc > 1:1817467/1‑35 (MQ=255)
cAGGTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCGTGGTGTCCTGAAAACTCTTTGGAt > 1:164171/1‑68 (MQ=255)
cAGGTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCGTGGTGTCCTGAAAACTCTTTGGATa < 1:1530944/69‑1 (MQ=255)
cAGGTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCGTGGTGTCCTGAAAACTCTTTGGATa > 1:2342793/1‑69 (MQ=255)
cAGGTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCGTGGTGTCCTGAAAACTCTTTGGATa < 1:341685/69‑1 (MQ=255)
ggTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCGTGGTGTCCTGAAAACTCTTTGGATaaa < 1:136009/69‑1 (MQ=255)
ggTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCGTGGTGTCCTGAAAACTCTTTGGATaaa < 1:1475975/69‑1 (MQ=255)
ggTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCGTGGTGTCCTGAAAACTCTTTGGATaaa < 1:922760/69‑1 (MQ=255)
ggTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCGTGGTGTCCTGAAAACTCTTTGGATaaa < 1:3378162/69‑1 (MQ=255)
ggTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCGTGGTGTCCTGAAAACTCTTTGGATaaa < 1:3326846/69‑1 (MQ=255)
ggTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCGTGGTGTCCTGAAAACTCTTTGGATaaa < 1:322111/69‑1 (MQ=255)
ggTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCGTGGTGTCCTGAAAACTCTTTGGATaa < 1:1183296/68‑1 (MQ=255)
ggTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCGTGGTGTCCTGAAAACTCTTTGGATaa < 1:1119465/68‑1 (MQ=255)
ggTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCGTGGTGTCCTGAAAACTCTTTGGATaa < 1:102009/68‑1 (MQ=255)
ggTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCGTGGTGTCCTGAAAACTCTTTGGATaa < 1:1828176/68‑1 (MQ=255)
ggTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCGTGGTGTCCTGAAAACTCTTTGGATaa < 1:656485/68‑1 (MQ=255)
ggTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCGTGGTGTCCTGAAAACTCTTTGGATaa < 1:600083/68‑1 (MQ=255)
ggTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCGTGGTGTCCTGAAAACTCTTTGGATaa < 1:3206660/68‑1 (MQ=255)
tgtTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCGTGGTGTCCTGAAAACTCTTTGGATaaa < 1:2944916/67‑1 (MQ=255)
|
ACATAAAAGGGGGTTAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGCCACGTAAATCGCCGGTACCGCTACCCGTGGTGTCCTGAAAACTCTTTGGATAAA > minE/2905924‑2906047
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
