Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,911,190 |
T→C |
32.6% |
L728L (TTA→CTA) |
mgtA → |
magnesium transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,911,190 | 0 | T | C | 32.6%
| 121.8
/ 84.6
| 153 | L728L (TTA→CTA) | mgtA | magnesium transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/72); new base C (23/27); total (54/99) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.10e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.37e-01 |
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
TTCGGTAATGTGTTCAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTCACAGGTGGCGAT > minE/2911127‑2911239
|
ttCGGTAATGTGTTCAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTa < 1:501158/66‑1 (MQ=255)
tCGGTAATGTGTTCAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACt > 1:1253420/1‑69 (MQ=255)
tCGGTAATGTGTTCAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACt > 1:1762630/1‑69 (MQ=255)
tCGGTAATGTGTTCAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACt > 1:1778448/1‑69 (MQ=255)
tCGGTAATGTGTTCAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACt > 1:2036657/1‑69 (MQ=255)
tCGGTAATGTGTTCAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACt > 1:1336754/1‑69 (MQ=255)
tCGGTAATGTGTTCAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACt > 1:298268/1‑69 (MQ=255)
tCGGTAATGTGTTCAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACt > 1:268426/1‑69 (MQ=255)
tgtgTTCAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGGCGTTACACTTGCTTa > 1:912419/1‑68 (MQ=255)
tgtgTTCAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTa > 1:3097530/1‑68 (MQ=255)
tgtgTTCAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTa > 1:3163963/1‑68 (MQ=255)
tgtgTTCAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTa > 1:234541/1‑68 (MQ=255)
tgtgTTCAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTa > 1:759234/1‑68 (MQ=255)
tgtgTTCAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTa > 1:2483691/1‑68 (MQ=255)
tgtgTTCAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGATGCCGTTACACTTGCTTa > 1:1180746/1‑68 (MQ=255)
tgtTCAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCTATGTTGCCGTTACACTTGCt < 1:3146616/64‑1 (MQ=255)
tgtTCAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCt < 1:22511/64‑1 (MQ=255)
tgtTCAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCt < 1:2202743/64‑1 (MQ=255)
tgtTCAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCt < 1:2859853/64‑1 (MQ=255)
tgtTCAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCt < 1:207532/64‑1 (MQ=255)
tgtTCAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCt < 1:1975763/64‑1 (MQ=255)
tgtTCAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCt < 1:3342777/64‑1 (MQ=255)
tgtTCAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCt < 1:1195674/64‑1 (MQ=255)
tgtTCAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCt < 1:834316/64‑1 (MQ=255)
gtTCAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCt < 1:80014/63‑1 (MQ=255)
ttCAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAg < 1:3000355/69‑1 (MQ=255)
ttCAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAg < 1:2929084/69‑1 (MQ=255)
ttCAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAg < 1:1101344/69‑1 (MQ=255)
cAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGa < 1:83903/68‑1 (MQ=255)
cAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGa < 1:27810/68‑1 (MQ=255)
cAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGa < 1:462112/68‑1 (MQ=255)
cAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGa < 1:2771051/68‑1 (MQ=255)
cTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACctgctg > 1:785235/1‑69 (MQ=255)
ggTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGa < 1:2901522/59‑1 (MQ=255)
ggTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGa < 1:106910/59‑1 (MQ=255)
gTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGa < 1:2011649/58‑1 (MQ=255)
aGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTAc < 1:145394/67‑1 (MQ=255)
aGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTAc < 1:1299877/67‑1 (MQ=255)
aGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTAc < 1:292117/67‑1 (MQ=255)
aGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTAc < 1:2298884/67‑1 (MQ=255)
aGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTAc < 1:1793268/67‑1 (MQ=255)
aGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAg < 1:1121932/51‑1 (MQ=255)
gTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATgtgt < 1:1287995/69‑1 (MQ=255)
gTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATgtgt < 1:2418282/69‑1 (MQ=255)
gTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATgtgt < 1:2407710/69‑1 (MQ=255)
gTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATgtgt < 1:2684975/69‑1 (MQ=255)
gTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATgtgt < 1:1044032/69‑1 (MQ=255)
gTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATgtgt < 1:2110055/69‑1 (MQ=255)
gTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATgtgt < 1:2070080/69‑1 (MQ=255)
gTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATgtgt < 1:388506/69‑1 (MQ=255)
gTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATgtgt < 1:431016/69‑1 (MQ=255)
gTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATgtgt < 1:566303/69‑1 (MQ=255)
gTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATgtgt < 1:2877902/69‑1 (MQ=255)
tGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATgtgt < 1:231220/68‑1 (MQ=255)
cTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTcac > 1:69370/1‑69 (MQ=255)
cTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTcac > 1:2819312/1‑69 (MQ=255)
cTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTcac > 1:870716/1‑69 (MQ=255)
cTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTcac > 1:1855866/1‑69 (MQ=255)
cTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTcac > 1:1791736/1‑69 (MQ=255)
cTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTcac > 1:1500311/1‑69 (MQ=255)
cTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTcac > 1:707430/1‑69 (MQ=255)
cTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTca > 1:2095117/1‑68 (MQ=255)
ttCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTcaca < 1:5824/68‑1 (MQ=255)
ttCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTcaca < 1:958111/68‑1 (MQ=255)
ttCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTcaca < 1:1112619/68‑1 (MQ=255)
ttCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTcaca < 1:2709133/68‑1 (MQ=255)
ttCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTcaca < 1:1132515/68‑1 (MQ=255)
ttCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTcaca < 1:1348891/68‑1 (MQ=255)
ttCTTGACCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTcaca < 1:511774/68‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:2775765/49‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:1397676/49‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:1521783/49‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:1570722/49‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:1773902/49‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:1790449/49‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:1817658/49‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:1819607/49‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:3429415/49‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:2824068/49‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:2548887/49‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:3326842/49‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:3216403/49‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:2201018/49‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:2438116/49‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:3117193/49‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATctgctg < 1:229608/49‑1 (MQ=255)
ccTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATCTGCTGTACGATGTGTCCCAGGTGGCGa > 1:225912/1‑69 (MQ=255)
ccTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATCTGCTGTACGATGTGTCACAGGTGGCg > 1:746513/1‑68 (MQ=255)
ccTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATCTGCTGTACGATGTGTCACAGGTGGCGa > 1:377009/1‑69 (MQ=255)
ccTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATCTGCTGTACGATGTGTCACAGGTGGCGa > 1:1015452/1‑69 (MQ=255)
ccTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATCTGCTGTACGATGTGTCACAGGTGGCGa > 1:1248333/1‑69 (MQ=255)
ccTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATCTGCTGTACGATGTGTCACAGGTGGCGa > 1:1339169/1‑69 (MQ=255)
ccTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATCTGCTGTACGATGTGTCACAGGTGGCGa > 1:579286/1‑69 (MQ=255)
ccTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATCTGCTGTACGATGTGTCACAGGTGGCGa > 1:2050423/1‑69 (MQ=255)
ccTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATCTGCTGTACGATGTGTCACAGGTGGCGa > 1:3251581/1‑69 (MQ=255)
ccTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATCTGCTGTACGATGTGTCACAGGTGGCGa > 1:403426/1‑69 (MQ=255)
ccTTCCTGCCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATCTGCTGTACGATGTGTCACAGGTGGCGa > 1:1878740/1‑69 (MQ=255)
ccTTCCT‑CCGATGTTGCCGCTACACTTGCTTATTCAAAATCTGCTGTACGATGTGTCACAGGTGGCGAt > 1:1507199/1‑69 (MQ=255)
cTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTAc < 1:1954877/45‑1 (MQ=255)
tGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTAc < 1:1012320/38‑1 (MQ=255)
|
TTCGGTAATGTGTTCAGCGTGCTGGTAGCGAGTGCTTTCTTGCCCTTCCTGCCGATGTTGCCGTTACACTTGCTTATTCAGAACCTGCTGTACGATGTGTCACAGGTGGCGAT > minE/2911127‑2911239
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
