Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,920,691 |
T→A |
24.3% |
I77I (ATA→ATT) |
yjgM ← |
predicted acetyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,920,691 | 0 | T | A | 24.3%
| 109.0
/ 33.8
| 70 | I77I (ATA→ATT) | yjgM | predicted acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/27); new base A (11/6); total (37/33) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.82e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 |
GATAGCCGGAAGAAAATACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTCAACGACCCAATATGCATGGCC > minE/2920625‑2920747
|
gATAGCCGGAAGAAAATACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTAt < 1:947671/69‑1 (MQ=255)
gATAGCCGGAAGAAAATACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTAt < 1:819613/69‑1 (MQ=255)
gATAGCCGGAAGAAAATACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTAt < 1:760194/69‑1 (MQ=255)
gATAGCCGGAAGAAAATACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTAt < 1:331498/69‑1 (MQ=255)
gATAGCCGGAAGAAAATACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTAt < 1:288985/69‑1 (MQ=255)
gATAGCCGGAAGAAAATACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTAt < 1:1403872/69‑1 (MQ=255)
gATAGCCGGAAGAAAATACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTAt < 1:2839765/69‑1 (MQ=255)
gATAGCCGGAAGAAAATACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTAt < 1:220283/69‑1 (MQ=255)
tAGCCGGAAGAAAATACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATcc < 1:1130603/69‑1 (MQ=255)
tAGCCGGAAGAAAATACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATcc < 1:3325680/69‑1 (MQ=255)
tAGCCGGAAGAAAATACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATcc < 1:249736/69‑1 (MQ=255)
tAGCCGGAAGAAAATACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATcc < 1:2154955/69‑1 (MQ=255)
tAGCCGGAAGAAAATACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATcc < 1:1613686/69‑1 (MQ=255)
aGCCGGAAGAAAATACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATccc < 1:2616847/69‑1 (MQ=255)
aaaaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATGTCTGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCAATCCCAccgccgcc < 1:832718/69‑1 (MQ=255)
aaaaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATGTCTGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCAATCCCAccgccgcc < 1:77863/69‑1 (MQ=255)
aaaaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATGTCTGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCAATCCCAccgccgcc < 1:2912978/69‑1 (MQ=255)
aaaaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATGTCTGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCAATCCCAccgccgcc < 1:457397/69‑1 (MQ=255)
aaaaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCAccgccgcc < 1:1289418/69‑1 (MQ=255)
aaaaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCAccgccgcc < 1:2296839/69‑1 (MQ=255)
aaaaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGGTAATGGCGCTATCCCAccgccgcc < 1:1932054/69‑1 (MQ=255)
aaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATcc > 1:2112335/1‑57 (MQ=255)
aaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCCccgccgccg > 1:505772/1‑68 (MQ=255)
aaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCAccgccgccg > 1:1830377/1‑68 (MQ=255)
aaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCAccgccgccg > 1:563402/1‑68 (MQ=255)
aaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCAccgccgccg > 1:595937/1‑68 (MQ=255)
aaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCAccgccgccg > 1:62093/1‑68 (MQ=255)
aaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCAccgccgccg > 1:2894454/1‑68 (MQ=255)
aaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCAccgccgccg > 1:1310853/1‑68 (MQ=255)
aaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCAccgccgccg > 1:2879263/1‑68 (MQ=255)
aaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCAccgccgccg > 1:1131162/1‑68 (MQ=255)
aaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCAccgccgccg > 1:2605216/1‑68 (MQ=255)
aaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCAccgccgccg > 1:2277087/1‑68 (MQ=255)
aaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCAccgccgccg > 1:2134821/1‑68 (MQ=255)
aaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCAccgccgccg > 1:1950173/1‑68 (MQ=255)
aaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCAccgccgccg > 1:1716688/1‑68 (MQ=255)
cATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCAc > 1:3134187/1‑69 (MQ=255)
ttttGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCa > 1:2174066/1‑69 (MQ=255)
ttttGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCa > 1:787017/1‑69 (MQ=255)
ttttGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCa > 1:1225261/1‑69 (MQ=255)
ttttGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCa > 1:2438028/1‑69 (MQ=255)
ttttGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCa > 1:1472643/1‑69 (MQ=255)
ttttGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCa > 1:2637134/1‑69 (MQ=255)
gCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCAca < 1:262911/67‑2 (MQ=255)
cGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTAc > 1:313215/1‑68 (MQ=255)
cAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTc < 1:2421602/68‑1 (MQ=255)
cAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTc < 1:2247263/68‑1 (MQ=255)
cAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTc < 1:83786/68‑1 (MQ=255)
cAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTc < 1:3056499/68‑1 (MQ=255)
cAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTc < 1:3213282/68‑1 (MQ=255)
cAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTc < 1:476781/68‑1 (MQ=255)
cAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTc < 1:289213/68‑1 (MQ=255)
aaaTGTCTGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCAATCCCAccgccgcc < 1:237189/46‑1 (MQ=37)
aaaTGTCTGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCAATCCCAccgccgcc < 1:3430952/46‑1 (MQ=37)
actcactcCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTCAACGACCCaa < 1:3270510/68‑1 (MQ=255)
ccGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTCAAc > 1:528796/1‑53 (MQ=255)
ccGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTCAAc > 1:1475872/1‑53 (MQ=255)
ccGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTACACCCTCGTACTCAAc > 1:566153/1‑53 (MQ=255)
ggTTAATGGCGCAATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTCAACCACCCAATATGCGTGGcc > 1:1022888/1‑69 (MQ=255)
ggTTAATGGCGCAATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTCAACCACCCAATATGCGTGGcc > 1:1188519/1‑69 (MQ=255)
ggTTAATGGCGCAATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTCAACCACCCAATATGCGTGGcc > 1:2571532/1‑69 (MQ=255)
ggTTAATGGCGCAATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTCAACCACCCAATATGCGTGGcc > 1:887168/1‑69 (MQ=255)
ggTTAATGGCGCAATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTCAACCACCCAATATGCGTGGcc > 1:1575114/1‑69 (MQ=255)
ggTTAATGGCGCAATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTCAACCACCCAATATGCGTGGcc > 1:2358961/1‑69 (MQ=255)
ggTTAATGGCGCAATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTCAACCACCCAATATGCGTGGcc > 1:338165/1‑69 (MQ=255)
ggTTAATGGCGCAATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTCAACCACCCAATATGCGTGGcc > 1:3035355/1‑69 (MQ=255)
ggTTAATGGCGCAATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTCAACCACCCAATATGCGTGGcc > 1:2529219/1‑69 (MQ=255)
ggTTAATGGCGCAATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTCAACCACCCAATATGCGTGGcc > 1:2739557/1‑69 (MQ=255)
ggTTAATGGCGCAATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTCAACCACCCAATATGCGTGGcc > 1:2538009/1‑69 (MQ=255)
cTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTCAACGACCCaa < 1:2921766/47‑1 (MQ=255)
|
GATAGCCGGAAGAAAATACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTCAACGACCCAATATGCATGGCC > minE/2920625‑2920747
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
