Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F8 I0 R1
|
82 |
77.9 |
2158605 |
86.8% |
1873669 |
62.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,496,561 |
C→T |
100% |
M327I (ATG→ATA) |
nuoF ← |
NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain F |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,496,561 | 0 | C | T | 95.9%
| 256.1
/ 1.1
| 73 | M327I (ATG→ATA) | nuoF | NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain F |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/3); new base T (70/0); total (70/3) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.61e-05 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
CTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCG > minE/1496512‑1496619
|
ctTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTAcc < 1:40483/67‑1 (MQ=255)
ctTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTAcc < 1:1733871/67‑1 (MQ=255)
ctTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTAcc < 1:1911982/67‑1 (MQ=255)
ctaCCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:621202/3‑62 (MQ=255)
cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTGCCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:1757089/1‑62 (MQ=255)
cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGaa > 1:1679151/1‑58 (MQ=255)
cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:1707263/1‑62 (MQ=255)
cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:1067841/1‑62 (MQ=255)
cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:760292/1‑62 (MQ=255)
cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:736602/1‑62 (MQ=255)
cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:1804731/1‑62 (MQ=255)
cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:1848736/1‑62 (MQ=255)
cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:1880815/1‑62 (MQ=255)
cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:2054143/1‑62 (MQ=255)
cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:2070931/1‑62 (MQ=255)
cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:225919/1‑62 (MQ=255)
cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:242044/1‑62 (MQ=255)
cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:313149/1‑62 (MQ=255)
cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:343993/1‑62 (MQ=255)
cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:354720/1‑62 (MQ=255)
cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:405756/1‑62 (MQ=255)
cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:405951/1‑62 (MQ=255)
cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:1043230/1‑62 (MQ=255)
cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:1208490/1‑62 (MQ=255)
cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:990739/1‑62 (MQ=255)
cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:971630/1‑62 (MQ=255)
cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:1298446/1‑62 (MQ=255)
cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:969265/1‑62 (MQ=255)
cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:1318228/1‑62 (MQ=255)
cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:1114105/1‑62 (MQ=255)
cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:1427194/1‑62 (MQ=255)
cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:1443033/1‑62 (MQ=255)
cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:794068/1‑62 (MQ=255)
cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:1498027/1‑62 (MQ=255)
cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:1579643/1‑62 (MQ=255)
cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:769719/1‑62 (MQ=255)
cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATca > 1:214727/1‑65 (MQ=255)
ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTa > 1:394035/1‑41 (MQ=255)
ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCg > 1:767381/1‑44 (MQ=255)
ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:511763/1‑62 (MQ=255)
ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:994693/1‑62 (MQ=255)
ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:492082/1‑62 (MQ=255)
ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:444591/1‑62 (MQ=255)
ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:979214/1‑62 (MQ=255)
ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:503258/1‑62 (MQ=255)
ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:5035/1‑62 (MQ=255)
ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:523797/1‑62 (MQ=255)
ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:958823/1‑62 (MQ=255)
ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:925524/1‑62 (MQ=255)
ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:787112/1‑62 (MQ=255)
ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:762155/1‑62 (MQ=255)
ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:1704432/1‑62 (MQ=255)
ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:1128039/1‑62 (MQ=255)
ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:1176336/1‑62 (MQ=255)
ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:120751/1‑62 (MQ=255)
ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:1273224/1‑62 (MQ=255)
ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:1301538/1‑62 (MQ=255)
ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:1334094/1‑62 (MQ=255)
ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:1341575/1‑62 (MQ=255)
ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:1462770/1‑62 (MQ=255)
ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:1629459/1‑62 (MQ=255)
ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:163764/1‑62 (MQ=255)
ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:43423/1‑62 (MQ=255)
ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:171018/1‑62 (MQ=255)
ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:1744318/1‑62 (MQ=255)
ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:1752645/1‑62 (MQ=255)
ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:1923331/1‑62 (MQ=255)
ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:2049861/1‑62 (MQ=255)
ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:2106353/1‑62 (MQ=255)
ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:270076/1‑62 (MQ=255)
ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:271985/1‑62 (MQ=255)
ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:354642/1‑62 (MQ=255)
ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:415838/1‑62 (MQ=255)
|
CTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCG > minE/1496512‑1496619
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
