Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F200 I1 R1
|
100 |
75.0 |
3643689 |
96.7% |
3523447 |
99.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,154,207 |
(A)9→8 |
coding (645/660 nt) |
yghB → |
general envelope maintenance protein; DedA family inner membrane protein; putative multidrug efflux transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,154,199 | 0 | A | . | 91.5%
| 265.4
/ 23.4
| 72 | coding (637/660 nt) | yghB | general envelope maintenance protein; DedA family inner membrane protein; putative multidrug efflux transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/4); new base . (32/33); total (35/37) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.75e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.37e-01 |
ACGCCATGAAGATCAGGTAATGACGTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCG > NC_000913/3154108‑3154293
|
aCGCCATGAAGATCAGGTAATGACGTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTaaaaaaaat < 1:184094/100‑2 (MQ=255)
ccATGAAGATCAGGTAATGACGTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGTCACGCTGTTTGTGGTGATTaaaaaaaatact > 1:1581779/1‑96 (MQ=255)
cATGAAGATCAGGTAATGACGTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTg < 1:1219844/100‑1 (MQ=255)
aTGAAGATCAGGTAATGACGTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGt < 2:1140220/100‑1 (MQ=255)
tGAAGATCAGGTAATGACGTTCCTGATGATCCTGCCAATTGTCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGt > 1:993752/1‑99 (MQ=255)
tGAAGATCAGGTAATGACGTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTa > 1:130654/1‑100 (MQ=255)
gAAGATCAGGTAATGACGTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTaaaaaaagatcggaag > 1:1232532/1‑91 (MQ=255)
aaGATCAGGTAATGACGTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTTATT‑AAAAAAAATACTGTaa < 1:273796/99‑1 (MQ=255)
aGATCAGGTAATGACGTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACg < 1:1318891/100‑1 (MQ=255)
gATCAGGTAATGACGTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGc > 1:412962/1‑100 (MQ=255)
aTCAGGTAATGACGTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACTTTGTTTGTAATGATT‑AAAAAAAATACTGTaa < 1:274073/96‑1 (MQ=255)
tCAGGTAATGACGTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAAcccc > 2:1100170/1‑100 (MQ=255)
cAGGTAATGACGTTCCTGATGATCCTGCCAATTACGTTGTTAACCGCTGGCGGGTTAGGGACGCTGTTGGTGGTGA‑TGAAAAAGAATACTGTatc > 1:1516645/1‑93 (MQ=255)
ggTAATGACGTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGAc > 2:753695/1‑100 (MQ=255)
ggTAATGACGTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGAc < 1:568370/100‑1 (MQ=255)
ggTAATGACGTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGAc < 1:1388714/100‑1 (MQ=255)
ggTAATGACGTTCCTGATGATCCCGCCAATTACCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑ACAAAAAATACTGTAACGCCTGAc > 1:535950/1‑100 (MQ=255)
aaTGACGTTCATGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCACTGGTCTGTTTGGCATGTTTTTTCTGGTGATTAACAAAATATACTGTAACGCCTGACGa > 1:1690948/1‑100 (MQ=255)
tGACGTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACACCTGACGAttt > 2:171826/1‑100 (MQ=255)
gTTCCTGATGATCTTGCCAATTGCCTTTTTAACCGCCGGCTTGTTAGGTACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAATATACTGTTTCGCCTGACGATTTTcc < 1:547997/99‑1 (MQ=255)
gTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTcc < 1:85066/100‑1 (MQ=255)
gTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTccc < 1:107444/100‑1 (MQ=255)
gTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTccc < 2:1178297/100‑1 (MQ=255)
gTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTccc < 1:1679587/100‑1 (MQ=255)
ttCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑CAAAAAAATACTGTACCGCCTGACGATTTTcccc < 1:82011/100‑1 (MQ=255)
ttCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTcccc < 2:429322/100‑1 (MQ=255)
tCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCg < 1:1199153/100‑1 (MQ=255)
tgatgaTCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCg > 1:578245/1‑97 (MQ=255)
atgatCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTccc < 1:481794/100‑1 (MQ=255)
atCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCgg > 2:43974/1‑99 (MQ=255)
cTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTg > 2:1264127/1‑99 (MQ=255)
cTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGc > 2:1422275/1‑100 (MQ=255)
tGCCAATTGCGTTGTTAACCACTGGATTGTTAGGCACGCTTTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTcccggttcccggtt > 1:1297361/1‑97 (MQ=255)
cAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCATGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGc > 1:880053/1‑96 (MQ=255)
aaTTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTAAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTAc > 2:1103360/1‑100 (MQ=255)
aTTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTAcc < 2:1779062/100‑1 (MQ=255)
aTTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTAc > 1:255607/1‑99 (MQ=255)
ttGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCg > 1:1402229/1‑100 (MQ=255)
ttGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCg > 1:23521/1‑100 (MQ=255)
tGCCTTGTTAAACGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCgg < 2:415138/100‑1 (MQ=255)
cTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGaa > 2:1292162/1‑100 (MQ=255)
ttGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAAc < 2:110834/100‑1 (MQ=255)
ttGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTAATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAAc < 1:1512746/100‑1 (MQ=255)
tGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAAc < 1:864378/100‑1 (MQ=255)
tGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACg > 1:1576924/1‑100 (MQ=255)
tGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACg < 2:1577610/100‑1 (MQ=255)
gTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGt > 2:371896/1‑100 (MQ=255)
tAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTAt < 2:883173/100‑1 (MQ=255)
tctgCTGGCTTGTTAAGCACGCTGTTTGTAGTGATT‑AAAAAAAATACTGTCACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTAttt < 1:717300/97‑1 (MQ=255)
ccGCTGGCTTGTTCGGCACGCTGTTTGTTGTTCTT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTAtt < 1:219424/98‑1 (MQ=255)
ccGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTAttt < 1:1130417/100‑1 (MQ=255)
gCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTaga > 2:717304/1‑98 (MQ=255)
gCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAAt < 2:179590/100‑1 (MQ=255)
gCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAAt < 1:1353287/100‑1 (MQ=255)
cTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAAtt > 2:497273/1‑100 (MQ=255)
ggCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTcc > 2:1679640/1‑100 (MQ=255)
ggCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGAGAACGTATTTAATTcc > 2:37417/1‑100 (MQ=255)
ggCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCAGGAACGTATTTAATTcc > 2:96469/1‑100 (MQ=255)
ttGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCt < 1:1323693/100‑1 (MQ=255)
tGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑ATAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTg < 2:1158508/100‑1 (MQ=255)
tGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTg > 2:1396818/1‑100 (MQ=255)
tGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTg > 1:555629/1‑100 (MQ=255)
tGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACAGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTg > 1:966625/1‑100 (MQ=255)
gTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCACGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGc > 2:579397/1‑100 (MQ=255)
ggCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATc > 2:118293/1‑99 (MQ=255)
cGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGccc < 1:451937/99‑1 (MQ=255)
cTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCTCCATTACCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCa > 1:115935/1‑100 (MQ=255)
ttGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCt < 2:806156/100‑1 (MQ=255)
ttGTGGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCt < 1:171826/100‑1 (MQ=255)
tgtgGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCt < 1:1100160/100‑1 (MQ=255)
tgtgGTGATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCtt < 1:1553676/100‑1 (MQ=255)
gtggtgATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTg < 1:1745963/100‑1 (MQ=255)
ggtgATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGcc > 1:1348514/1‑100 (MQ=255)
ggtgATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGcc > 1:338623/1‑100 (MQ=255)
gtgATT‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCg < 1:681973/100‑1 (MQ=255)
|
ACGCCATGAAGATCAGGTAATGACGTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCG > NC_000913/3154108‑3154293
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
