Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F200 I1 R1
|
100 |
75.0 |
3643689 |
96.7% |
3523447 |
99.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,379,266 |
(C)7→8 |
coding (732/1128 nt) |
zapE ← |
divisome ATPase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,379,259 | 1 | . | C | 92.2%
| 204.7
/ 12.2
| 64 | coding (739/1128 nt) | zapE | divisome ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/2); new base C (28/31); total (31/33) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.67e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCACAGCGTAGTAAAAGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTT‑‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGCCTGAGTGAGTGTA > NC_000913/3379161‑3379350
|
gCACAGCGTAGTAAAAGAGTCCGCCAGCGTCTTGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTT‑‑c < 2:1621008/100‑1 (MQ=255)
gCACAGCGTAGTAAAAGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTT‑‑c > 1:910951/1‑100 (MQ=255)
cacaGCGTAGTAAAAGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTT‑‑cc > 1:407761/1‑100 (MQ=255)
acaGCGTAGTAAAAGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTT‑‑cc‑c < 1:720710/100‑1 (MQ=255)
caGCGTAGTAAAAGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTT‑‑cc‑cc < 2:320005/100‑1 (MQ=255)
gtagtaAAAGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTT‑‑cc‑cc‑cccc < 2:1654128/100‑2 (MQ=255)
tagtaAAAGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTT‑‑cc‑cc‑ccccg > 2:1157782/1‑98 (MQ=255)
aaGAGACCGTCAGCGTCTGGTTTTCGACGCTCATTGTTTCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAgcg < 2:1500504/100‑1 (MQ=255)
aaGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAgcg > 2:1427451/1‑100 (MQ=255)
aaGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTT‑‑cc‑cc‑ccccaccagc > 2:491246/1‑92 (MQ=255)
agagACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAgcgc > 2:160924/1‑100 (MQ=255)
agagACCGCCAGCCTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAgcgc > 2:1221138/1‑100 (MQ=255)
gagaCCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGCTGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGcc > 2:394020/1‑100 (MQ=255)
agaCCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCa < 1:56524/100‑1 (MQ=255)
gaCCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCaa > 1:488746/1‑100 (MQ=255)
tccGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAAc < 2:243914/99‑1 (MQ=255)
ccGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAAca > 1:243913/1‑99 (MQ=255)
ccGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAAc > 2:357695/1‑99 (MQ=255)
cGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCa > 1:1724006/1‑100 (MQ=255)
gCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCAt < 1:1241155/100‑1 (MQ=255)
gCCAGCGTCTGGTTCTCGAAGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAACTTTCTGCTTTC‑‑CC‑CC‑CCCCCCAGCCCCAACCa > 1:869382/1‑99 (MQ=255)
aGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGt < 1:157894/100‑1 (MQ=255)
gTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTa < 1:1078556/100‑1 (MQ=255)
gTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTa < 2:426388/100‑1 (MQ=255)
tGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGtt < 1:1514941/95‑1 (MQ=255)
tGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATcc < 1:16151/100‑1 (MQ=255)
tGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATcc > 2:1602327/1‑100 (MQ=255)
ggTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCa < 2:896883/100‑1 (MQ=255)
ggTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAAAGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCa > 1:1007309/1‑100 (MQ=255)
gTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCAt > 2:1816033/1‑100 (MQ=255)
tctcGACGCCCATTGTTGCTCATCGCCGATGTTTGATTTCTACCGTCGGTGAGTTTTCT‑GGTTT‑‑CCGCC‑GACGAGAGCGCCAACCATCGTTTATcc > 1:536835/1‑96 (MQ=255)
cccATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCgg > 1:380444/1‑100 (MQ=255)
ccATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCCTTTGCGCCCggg > 1:1048022/1‑100 (MQ=255)
ccATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCggg > 2:998767/1‑100 (MQ=255)
cATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGt > 1:1134315/1‑100 (MQ=255)
cATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGt > 1:1337551/1‑100 (MQ=255)
gttgCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTc > 2:396643/1‑99 (MQ=255)
cTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGt > 2:880327/1‑100 (MQ=255)
cTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGt > 1:1625038/1‑100 (MQ=255)
tAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACAATAGTTTATAAATTTGAGAAAGGGTTTCAtag > 2:1432555/1‑96 (MQ=255)
tAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTT‑‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGa < 1:709444/100‑1 (MQ=255)
aaTGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGa < 2:1459921/100‑1 (MQ=255)
aaTGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATACATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGa > 2:1102418/1‑100 (MQ=255)
tGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGATGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAg < 2:925957/100‑1 (MQ=255)
ggCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGt < 1:93930/100‑1 (MQ=255)
ggCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGt < 2:832937/100‑1 (MQ=255)
cGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGc > 2:1089064/1‑100 (MQ=255)
cGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGc < 2:1337561/100‑1 (MQ=255)
tGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGaa > 2:100092/1‑100 (MQ=255)
ttGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGc < 2:1199673/100‑1 (MQ=255)
aTTTCTAACGTCGGTGATTTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCcac < 2:553530/100‑1 (MQ=255)
cTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGAt < 1:1157771/100‑1 (MQ=255)
cTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGAt < 1:1268333/100‑1 (MQ=255)
tAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTCCCC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCTCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGc < 1:813799/93‑1 (MQ=255)
aCGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATgcg < 1:1201227/100‑1 (MQ=255)
gTCGGTGAATTTTCT‑CGTTT‑‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGCCt < 2:958683/100‑1 (MQ=255)
tCGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGCCt < 1:1594176/100‑1 (MQ=255)
cGGTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATTCGCCtg > 2:545279/1‑100 (MQ=255)
ggTGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGCCtga < 1:307670/100‑1 (MQ=255)
gTGAATTTTCT‑CGTTT‑‑CC‑CCGCCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGCCtga > 1:520230/1‑99 (MQ=255)
tGAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGCCtgagt < 2:456291/100‑1 (MQ=255)
gAATTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATCGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGCCtgagtg < 1:1221127/100‑1 (MQ=255)
aTTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCTATCCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGCCtgagtgag < 2:343792/100‑1 (MQ=255)
aTTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGCCtgagtgag < 2:1569059/100‑1 (MQ=255)
aTTTTCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGCCtgagtgag < 1:1786773/100‑1 (MQ=255)
aTTTGCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCTACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGAGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGCCtgagtgag < 1:1460768/100‑1 (MQ=255)
ttttCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGACAGCCACAGATGCGCCTgagtgagt > 1:183276/1‑100 (MQ=255)
ttCT‑CGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGCCTGAGTGAgtgt > 2:1600845/1‑100 (MQ=255)
tct‑cGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGCCTGAGTGAGTGTa < 2:38875/100‑1 (MQ=255)
tct‑cGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGCCTGAGTGAGTGTa < 2:1531037/100‑1 (MQ=255)
tct‑cGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGCCTGAGTGAGTGTa > 2:740014/1‑100 (MQ=255)
tct‑cGTTTC‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGAGAAAGCCACAGATGCGCCTGAGTGAGTGTa > 1:644623/1‑100 (MQ=255)
|
GCACAGCGTAGTAAAAGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCT‑CGTTT‑‑CC‑CC‑CCCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGCCTGAGTGAGTGTA > NC_000913/3379161‑3379350
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
