Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F244 I1 R1
|
118 |
120.6 |
6073099 |
93.5% |
5678347 |
99.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,379,266 |
(C)7→9 |
coding (732/1128 nt) |
zapE ← |
divisome ATPase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,379,259 | 1 | . | C | 95.9%
| 332.9
/ 6.6
| 97 | coding (739/1128 nt) | zapE | divisome ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/2); new base C (47/46); total (49/48) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | NC_000913 | 3,379,259 | 2 | . | C | 92.8%
| 320.9
/ 17.9
| 97 | coding (739/1128 nt) | zapE | divisome ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/3); new base C (45/45); total (49/48) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
CGCACAGCGTAGTAAAAGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGCCTGAGTGAGTG > NC_000913/3379160‑3379348
||
gCACAGCGTAGTAAAAGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑c < 1:796954/100‑1 (MQ=255)
ctgtgCGTAGTAAAAGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑c‑‑c > 1:1254919/5‑100 (MQ=255)
caGCGTAGTAAAAGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑c‑‑ccc > 1:2186667/1‑100 (MQ=255)
caGCGTAGTAAAAGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTCT‑‑‑c‑‑ccc > 2:748744/1‑100 (MQ=255)
gCGTAGTAAAAGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑c‑‑ccccc < 1:1745034/100‑1 (MQ=255)
cGTAGTAAAAGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑c‑‑ccccc‑‑c < 1:52168/100‑1 (MQ=255)
cGTAGTAAAAGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑c‑‑ccccc‑‑c < 2:2135431/100‑1 (MQ=255)
cGTAGTAAAAGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑c‑‑ccccc‑‑c < 1:115490/100‑1 (MQ=255)
tagtaAAAGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑c‑‑ccccc‑‑ccc > 1:1012834/1‑98 (MQ=255)
tagtaAAAGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑c‑‑ccccc‑‑ccc > 1:1731463/1‑98 (MQ=255)
agtaAAAGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑c‑‑ccccc‑‑cccg > 2:347461/1‑97 (MQ=255)
agtaAAAGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑c‑‑ccccc‑‑cccg < 1:2511792/100‑4 (MQ=255)
gtaAAAGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑c‑‑ccccc‑‑cccgc > 1:2371780/1‑96 (MQ=255)
gtaAAAGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑c‑‑ccccc‑‑cccgc > 1:1834401/1‑96 (MQ=255)
aaaaGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑c‑‑ccccc‑‑cccgcca > 2:1854269/1‑94 (MQ=255)
aaaaGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑c‑‑ccccc‑‑cccgcca > 1:2148477/1‑94 (MQ=255)
aaaaGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑c‑‑ccccc‑‑ccccgcc > 2:1682313/1‑94 (MQ=255)
aaaaGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑c‑‑ccccc‑‑cccccca > 1:1356967/1‑97 (MQ=255)
aaaGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGCCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑c‑‑ccccc‑‑ccgcca > 2:1687520/1‑93 (MQ=255)
agagACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑c‑‑ccccc‑‑cccgccagcg < 1:2173314/100‑10 (MQ=255)
agagACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑c‑‑ccccc‑‑cccgccagcg < 1:2175201/100‑10 (MQ=255)
agagACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑c‑‑ccccc‑‑cccgccagc > 2:1422292/1‑91 (MQ=255)
agaCCGCCAGCGTCTGGTTCTCTACGCCCATTGTTGCCAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGcc < 2:2049925/100‑1 (MQ=255)
gaCCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCa > 1:2737923/1‑100 (MQ=255)
gaCCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑c‑‑ccccc‑‑ccccccggcccc > 1:1354434/1‑91 (MQ=255)
ccGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAAc < 1:1530887/100‑1 (MQ=255)
ccGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAAc < 1:2833483/100‑1 (MQ=255)
cGCCAGCGTCTGGTTCTCGCCGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTACCGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAAcc < 2:2211871/100‑1 (MQ=255)
cGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAAcc < 1:238835/100‑1 (MQ=255)
cGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAAc > 2:2260283/1‑99 (MQ=255)
gCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAAcc > 2:2723969/1‑99 (MQ=255)
ccAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCAt < 2:2927210/100‑1 (MQ=255)
gCGTCTGGTTCTCCGCGGCCCTTGGTGGTAATGGCCGATGGTTTATTTATAACGGCGGTGAATTTTTTCGTTTCCCC‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAg < 1:2824841/100‑1 (MQ=255)
cGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTACCGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGtt < 1:1439704/100‑1 (MQ=255)
cGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGtt < 1:630893/100‑1 (MQ=255)
tCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCAGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCGGCGCCAACCATAGt > 2:1504474/1‑97 (MQ=255)
tGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATc > 1:2002898/1‑100 (MQ=255)
ggTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATcc > 1:2218992/1‑100 (MQ=255)
gTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCa < 2:283598/100‑1 (MQ=255)
cGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCCGCGCCAACCATAGTTTATCCCTTTgc > 2:1633862/1‑100 (MQ=255)
cGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTgc > 2:2281309/1‑100 (MQ=255)
cGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTgc > 2:806001/1‑100 (MQ=255)
cGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTgc > 2:588302/1‑100 (MQ=255)
cGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑CCACCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTgc > 2:178283/1‑100 (MQ=255)
gACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTgcg > 1:559421/1‑100 (MQ=255)
gACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTgc > 2:2433827/1‑99 (MQ=255)
aCGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTC‑‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGcc < 1:1372204/100‑1 (MQ=255)
cGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGcc > 2:2394867/1‑100 (MQ=255)
gCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTC‑‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCg > 1:1984471/1‑100 (MQ=255)
cccATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTATCGTTT‑‑‑CTTGACCC‑‑CGCCAGCGCCAAGCATAGTTTATCCATTTGCGCCCg > 2:1002554/1‑100 (MQ=255)
ccATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCgg > 2:2809008/1‑100 (MQ=255)
ccATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCgg < 2:807076/100‑1 (MQ=255)
cATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCggg > 2:2800066/1‑100 (MQ=255)
gttgCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCCCC‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGttt > 1:2990457/1‑100 (MQ=255)
ttgCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGGCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCa < 2:2625290/100‑1 (MQ=255)
tgCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCAt < 2:2371759/100‑1 (MQ=255)
gCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGTAAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATc > 2:1746148/1‑100 (MQ=255)
cTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATc > 1:1116093/1‑99 (MQ=255)
aaTGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTTTCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTg > 2:2654861/1‑100 (MQ=255)
aaTGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTg < 2:2639281/100‑1 (MQ=255)
aaTGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTg > 1:2896330/1‑100 (MQ=255)
aTGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGa < 2:716765/100‑1 (MQ=255)
tGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGaa < 1:2534004/100‑1 (MQ=255)
ggCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAg < 1:2990477/100‑1 (MQ=255)
ccGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATTGTTTATCCATTTGCGCCCCGGTTTCATCGTGAAGTg > 2:1344841/1‑100 (MQ=255)
cGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTgg > 2:2109937/1‑100 (MQ=255)
aTGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCg > 2:1302784/1‑100 (MQ=255)
tGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGa > 1:194696/1‑100 (MQ=255)
tGGTTGATTTCTAACGGCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑C‑‑CCCCCCTCGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCg < 2:1935207/99‑1 (MQ=255)
gTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGaaa > 1:62563/1‑100 (MQ=255)
ttGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAg < 1:990529/100‑1 (MQ=255)
ttGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAg < 2:337705/100‑1 (MQ=255)
ttGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAg < 1:1622919/100‑1 (MQ=255)
tGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCCTTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTTGCGAAAg > 2:539062/1‑99 (MQ=255)
tGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGc < 1:1755842/100‑1 (MQ=255)
tttCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCcac < 1:2723993/100‑1 (MQ=255)
tttCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCcac > 1:1241440/1‑100 (MQ=255)
tttCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCca > 1:2583460/1‑99 (MQ=255)
cTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCCTTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGa > 2:2787060/1‑100 (MQ=255)
cTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGa > 1:1903400/1‑100 (MQ=255)
cTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGa < 1:1172327/100‑1 (MQ=255)
tAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCCCC‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGagatcggaaga > 1:1481868/1‑90 (MQ=255)
cGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATgcg > 1:1734638/1‑100 (MQ=255)
cGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATgcg < 2:2812995/100‑1 (MQ=255)
tCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGcc < 2:2166929/100‑1 (MQ=255)
cGGTGAATTTTCTCGTTCCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATgcgc < 2:1378002/98‑1 (MQ=255)
gTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGCCtga > 2:2367438/1‑100 (MQ=255)
gAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGCCtgagt < 1:2326742/100‑1 (MQ=255)
gAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGCCtgagt > 1:570090/1‑100 (MQ=255)
gAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGCCtgagt < 1:1299758/100‑1 (MQ=255)
gAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGCCtgagt > 1:1183352/1‑100 (MQ=255)
aTTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGTGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGCCtgagtgn < 2:1116954/100‑2 (MQ=255)
ttttCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGCCtgagtgag < 1:1070323/100‑1 (MQ=255)
ttttCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCAGTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGCCtgagtgag < 2:931031/100‑1 (MQ=255)
tttCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGCCTgagtgagt > 2:79282/1‑100 (MQ=255)
tttCTCGTTTC‑‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGCCTGagtgagtg > 1:2300094/1‑100 (MQ=255)
ttCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATGGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGCCTGtgtgagtg > 1:2028973/1‑100 (MQ=255)
ttCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGCCTGagtgagtg < 2:2299871/100‑1 (MQ=255)
ttCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGCCTGagtgagtg < 1:429372/100‑1 (MQ=255)
ttCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGCCTGagtgagtg < 1:196067/100‑1 (MQ=255)
||
CGCACAGCGTAGTAAAAGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGCCTGAGTGAGTG > NC_000913/3379160‑3379348
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
