Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F200 I1 R1
|
100 |
75.0 |
3643689 |
96.7% |
3523447 |
99.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,597,846 |
(T)5→4 |
intergenic (‑286/‑138) |
livK ← / → panM |
leucine transporter subunit/PanD autocleavage accelerator, panothenate synthesis |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,597,842 | 0 | T | . | 100.0%
| 312.1
/ NA
| 67 | intergenic (‑282/‑142) | livK/panM | leucine transporter subunit/PanD autocleavage accelerator, panothenate synthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base . (31/36); total (31/36) |
TTATTGATAGATAAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACATTTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTA > NC_000913/3597744‑3597934
|
ttATTGATAGATAAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACAtt > 2:458015/1‑100 (MQ=255)
ttGATAGATAAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACAttttc < 2:810135/100‑2 (MQ=255)
gatagataAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACAttttcat < 2:1488196/100‑4 (MQ=255)
gatagataAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACAttttcat > 2:457911/1‑97 (MQ=255)
gatagataAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGACGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACAtttt > 2:1424789/1‑97 (MQ=255)
agataAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACTGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATtct < 2:24765/100‑1 (MQ=255)
ataAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTctct > 1:1522954/1‑100 (MQ=255)
taAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTa > 1:1801849/1‑100 (MQ=255)
taAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTa > 1:1631544/1‑100 (MQ=255)
aaaCAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTaa > 1:1465015/1‑100 (MQ=255)
aaCAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAAt > 2:463026/1‑100 (MQ=255)
aaCAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAAt > 1:583802/1‑100 (MQ=255)
cAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGt > 2:745105/1‑100 (MQ=255)
gAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGttt > 1:869163/1‑100 (MQ=255)
aaaaaaGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGtttt > 2:538531/1‑100 (MQ=255)
aaaaGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTaa < 2:588460/100‑1 (MQ=255)
tGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTg < 1:1330910/100‑1 (MQ=255)
tGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTg < 2:1765846/100‑1 (MQ=255)
tGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTg < 2:499654/100‑1 (MQ=255)
tGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTg < 2:489535/100‑1 (MQ=255)
gCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGt > 2:627183/1‑100 (MQ=255)
gCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGt > 2:236382/1‑100 (MQ=255)
cTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTaa > 2:1694490/1‑100 (MQ=255)
tatGTCAGCATAAAACAACGGCAAAAAGGTCTGAATAATTCACTATCATTTAGGGGAATACGCTGGACA‑TTTTCAATCTCTTATGTTTTAATCTTATAat < 1:1083105/98‑1 (MQ=255)
tCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAattatt > 2:1250998/1‑100 (MQ=255)
cAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTg < 2:995614/100‑1 (MQ=255)
aGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGc > 2:1299625/1‑100 (MQ=255)
gCATAAAATAACTGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCt < 2:503959/100‑1 (MQ=255)
cATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTg < 2:1256411/100‑1 (MQ=255)
aTAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGt < 2:1087128/100‑1 (MQ=255)
tAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGtt < 1:1687119/100‑1 (MQ=255)
aaCGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTaaaaaa < 2:497702/100‑1 (MQ=255)
aaCGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTaaaaaa > 1:1465141/1‑100 (MQ=255)
aCGGCACAAATGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAAGGTCTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAAt < 1:1193796/100‑1 (MQ=255)
aCGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAAt < 1:1817354/100‑1 (MQ=255)
cGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAAtt < 2:1066021/100‑1 (MQ=255)
cGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAAtt < 1:447509/100‑1 (MQ=255)
ggCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTa > 1:949012/1‑100 (MQ=255)
ggCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTa > 1:1317963/1‑100 (MQ=255)
ggCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTAAAGTTAAAAAATTa > 2:1475352/1‑100 (MQ=255)
gCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTTAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAAt < 1:891487/97‑1 (MQ=255)
gCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTaa > 2:1501342/1‑100 (MQ=255)
cacaAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAAt > 1:1026978/1‑100 (MQ=255)
cacaAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAAt < 1:961958/100‑1 (MQ=255)
acaAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAAt < 1:53111/99‑1 (MQ=255)
aaaGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCAc < 1:1170114/100‑1 (MQ=255)
aaGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCAcc < 2:1249249/100‑1 (MQ=255)
ggCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGc > 1:1385413/1‑100 (MQ=255)
ggCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGc < 1:745101/100‑1 (MQ=255)
ggCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAACTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGc > 1:1003382/1‑100 (MQ=255)
ataatTCACTATCATTCAGGTGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGTTGTTAAAAAATTAATCAACTGCCAAAAg < 1:632984/100‑1 (MQ=255)
atTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGaaa < 2:1505117/100‑1 (MQ=255)
ttCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAAt < 2:344218/100‑1 (MQ=255)
aCTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATaaa < 1:986419/100‑1 (MQ=255)
cTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATaaaa > 2:1791603/1‑100 (MQ=255)
tATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATaaaaa < 2:882172/100‑1 (MQ=255)
aTCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATaaaaaa > 2:832760/1‑100 (MQ=255)
ttattttggggATTATGTTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAag < 2:1202664/93‑1 (MQ=255)
tCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAag < 1:464693/100‑1 (MQ=255)
tCATTCAGGGGATTACGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAag < 2:1794691/100‑1 (MQ=255)
cATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAaga < 2:1016527/100‑1 (MQ=255)
tCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGaa < 2:869169/100‑1 (MQ=255)
cAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGaaa < 1:458013/100‑1 (MQ=255)
aGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTACTCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAg > 1:1225438/1‑100 (MQ=255)
aGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAg > 1:764533/1‑100 (MQ=255)
gtggATTCTGCTGGATA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAATAAgaga > 1:38850/3‑96 (MQ=255)
ggggATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGc > 1:195617/1‑100 (MQ=255)
gggATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGcc < 2:523075/100‑1 (MQ=255)
aTTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTcc < 2:1522965/100‑1 (MQ=255)
ttATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCg > 2:1468915/1‑100 (MQ=255)
aTGCTGGACA‑TTTTCATTCTATAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGAt > 1:1108283/1‑100 (MQ=255)
gCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTa > 1:684175/1‑100 (MQ=255)
|
TTATTGATAGATAAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACATTTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTA > NC_000913/3597744‑3597934
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
