Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A11 F56 I0 R1 215 141.2 6785521 95.3% 6466601 99.8

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_000913 1,650,904 T→C 51.1% pseudogene (60/693 nt) insD1 → IS2 transposase TnpB;IS, phage, Tn; Transposon‑related functions; extrachromosomal; transposon related

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_0009131,650,9040TC51.1% ‑1.7 / 60.7 49pseudogene (60/693 nt)insD1IS2 transposase TnpB;IS, phage, Tn; Transposon‑related functions; extrachromosomal; transposon related
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (15/9);  new base C (12/13);  total (27/22)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.93e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

AGCAGACATGGAAAACACTGGATGACGAACTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGTGTTTACCGGATCATGCGCCAGAATGCGCTGTTGCTTG  >  NC_000913/1650808‑1650941
                                                                                                |                                     
aGCAGACATGGAAAACACTGGATGACGAACTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGCGtt                                    <  2:3323625/100‑1 (MQ=255)
    gACATGGAAAACACTGGATGACGAACTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGTGTTTAcc                                >  1:2481731/1‑100 (MQ=255)
    gACATGGAAAACACTGGATGACGAACTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGTGTTTAcc                                >  1:58245/1‑100 (MQ=255)
    gACATGGAAAACACTGGATGACGAACTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGCGTTTAcc                                <  2:216898/100‑1 (MQ=255)
      cATGGAAAACACTGGATGACGAACTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAATCGTGTTTACCgn                              <  1:2857810/100‑2 (MQ=255)
      cATGGAAAACACTGGATGACGAACTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGTGTTTACCgg                              >  2:129205/1‑100 (MQ=255)
        tGGAAAACACTGGATGGCGAACTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGCGTTTACCGGAt                            >  1:934425/1‑100 (MQ=255)
         ggAAAACACTGGATGACGAACTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGCGTTTACCGGATc                           <  2:1677396/100‑1 (MQ=255)
         ggAAAACACTGGATGACGAACTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGCGTTTACCGGATc                           >  2:1325634/1‑100 (MQ=255)
         ggAAAACACTGGATGACGAACTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGCGTTTACCGGATc                           <  2:1119901/100‑1 (MQ=255)
         ggAAAACACTGGATGACGAACTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGCGTTTACCGGATc                           >  1:8651/1‑100 (MQ=255)
          gAAAACACTGGATGACGAACTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGCTCAATGCCAAACGTGTTTACCGGATc                           >  2:1621792/1‑99 (MQ=255)
          gAAAACACTGGATGACGAACTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGTGTTTACCGGATCa                          >  2:989732/1‑100 (MQ=255)
          gAAAACACTGGATGACGAACTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGTGTTTACCGGATCa                          <  1:2648291/100‑1 (MQ=255)
          gAAAACACTGGATGACGAACTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGCGTTTACCGGATCa                          >  2:1947627/1‑100 (MQ=255)
            aaaCACTGGATGACGAACTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGCGTTTACCGGATCATg                        <  1:2201235/100‑1 (MQ=255)
                   ggATGACGAACTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGAGAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGTGTTTACCGGATCATGCGCCAGa                 >  1:2368562/1‑100 (MQ=255)
                   ggATGACGAACTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGTGTTTACCGGATCATGCGCCAGa                 >  2:2118609/1‑100 (MQ=255)
                   ggATGACGAACTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGTGTTTACCGGATCATGCGCCAGa                 >  1:2755615/1‑100 (MQ=255)
                   ggATGACGAACTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGCGTTTACCGGATCATGCGCCAGa                 >  1:210764/1‑100 (MQ=255)
                   ggATGACGAACTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGCGTTTACCGGATCATGCGCCAGa                 >  2:2825739/1‑100 (MQ=255)
                    gATGACGAACTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGTGTTTACCGGATCATGCGCCAGaa                <  2:1223116/100‑1 (MQ=255)
                     aTGACGAACTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGCGTTTACCGGATCATGCGCCAGAAt               >  2:2213560/1‑100 (MQ=255)
                       gACGAACTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGTGTTTACCGGATCATGCGCCAGAATgc             <  1:398504/100‑1 (MQ=255)
                        aCGAACTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGTTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGTGTTTACCGGATCATGCGCCAGAATgcg            <  1:321472/100‑1 (MQ=255)
                        aCGAACTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGTGTTTACCGGATCATGCGCCAGAATgcg            >  1:2873582/1‑100 (MQ=255)
                        aCGAACTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGCGTTTACCGGATCATGCGCCAGAATgcg            >  1:1485900/1‑100 (MQ=255)
                         cGAACTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGTGTTTACCGGATCATGCGCCAGAATgcg            >  1:2672022/1‑99 (MQ=40)
                         cGAACTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGCGTTTACCGGATCATGCGCCAGAATgcgc           <  1:308429/100‑1 (MQ=255)
                          taaCTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGTGTTTACCGGATCATGCGCCAGAATGCGCt          <  2:671868/99‑1 (MQ=38)
                          gAACTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGCGTTTACCGGATCATGCGCCAGAATGCGCt          <  1:2825716/100‑1 (MQ=255)
                           aaCTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAGTGCCAAACGTGTTTACCGGATCATGCGCCAGAATGCGCTg         >  2:2082340/1‑100 (MQ=255)
                           aaCTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGTGTTTACCGGATCATGCGCCAGAATGCGCta         >  1:671865/1‑99 (MQ=38)
                           aaCTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGCGTTTACCGGATCATGCGCCAGAATGCGCTg         <  1:1626602/100‑1 (MQ=255)
                            aCTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGTGTTTACCGGATCATGCGCCAGAATGCGCTGt        >  2:138149/1‑100 (MQ=38)
                            aCTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGCGTTTACCGGATCATGCGCCAGAATGCGCTGt        <  2:2893108/100‑1 (MQ=255)
                             cTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGTGTTTACCGGATCATGCGCCAGAATGCGCTGtt       <  2:742747/100‑1 (MQ=35)
                              tGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGTGTTTACCGGATCATGCGCCAGAATGCGCTGTTg      >  2:2248112/1‑100 (MQ=35)
                              tGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGCGTTTACCGGATCATGCGCCAGAATGCGCTGTTg      <  2:1295881/100‑1 (MQ=25)
                              tGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATCCCTGCGATCAATGCCAAACGCGTTTACCGGATCATGCGCCAGAATGCGCTGt        >  1:477919/1‑98 (MQ=255)
                               ggCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGTGTTTACCGGATCATGCGCCAGAATGCGCTGTTGc     >  1:1758742/1‑100 (MQ=33)
                               ggCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGTGTTTACCGGATCATGCGCCAGAATGCGCTGTTGc     <  2:2988425/100‑1 (MQ=33)
                                gCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGCGTTTACCGGATCATGCGCCAGAATGCGCTGTTGCt    <  2:1578515/100‑1 (MQ=17)
                                gCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGCGTTTACCGGATCATGCGCCAGAATGCGCTGTTGCt    <  1:2365756/100‑1 (MQ=17)
                                gCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGCGTTTACCGGATCATGCGCCAGAATGCGCTGTTGCt    >  1:2673596/1‑100 (MQ=17)
                                 ccTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGCGTTTACCGGATCATGCGCCAGAATGCGCTGTTGCtt   >  1:1828608/1‑100 (MQ=14)
                                 ccTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGCGTTTACCGGATCATGCGCCAGAATGCGCTGTTGCtt   >  2:75060/1‑100 (MQ=14)
                                  cTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGTGTTTACCGGATCATGCGCCAGAATGCGCTGTTGCTTg  <  1:1257537/100‑1 (MQ=11)
                                  cTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGCGTTTACCGGATCATGCGCCAGAATGCGCTGTTGCTTg  <  2:408889/100‑1 (MQ=11)
                                                                                                |                                     
AGCAGACATGGAAAACACTGGATGACGAACTGGCCTATGGGCGCTGCTTCGCAGACAGGCAGAACTTGATGGTATGCCTGCGATCAATGCCAAACGTGTTTACCGGATCATGCGCCAGAATGCGCTGTTGCTTG  >  NC_000913/1650808‑1650941

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A