Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F142 I1 R1
|
99 |
64.8 |
3148104 |
96.3% |
3031624 |
99.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,434,437 |
T→A |
W109R (TGG→AGG) |
ytfH → |
DUF24 family HxlR‑type putative transcriptional regulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,434,437 | 0 | T | A | 96.5%
| 193.3
/ ‑1.4
| 58 | W109R (TGG→AGG) | ytfH | DUF24 family HxlR‑type putative transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (24/31); total (25/33) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 |
ACCGTATCGCGTATCCGGTGGTGCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACTGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTGCGGGATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGATGCGCTGAGCTTATCTGGTCTACGGTGCAT > NC_000913/4434342‑4434531
|
aCCGTATCGCGTATCCGGTGGTGCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGAt < 1:166079/100‑1 (MQ=255)
ccGTATCGCGTATCCGGTGGTGCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGAtt > 2:436760/1‑100 (MQ=255)
tATCGCGTATCCGGTGGTGCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAg < 1:1030636/100‑1 (MQ=255)
cgcgTATCCGGTGGTGCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTg < 1:913964/100‑1 (MQ=255)
cgcgTATCCGGTGGTGCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTg < 2:1433536/100‑1 (MQ=255)
gcgTATCCGGTGGTGCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGa < 2:876586/100‑1 (MQ=255)
gcgTATCCGGTGGTGCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGa > 1:218376/1‑100 (MQ=255)
gcgTATCCGGTGGTGCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGa < 1:888601/100‑1 (MQ=255)
tATCCGGTGGTGCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAAtt < 1:1337289/100‑1 (MQ=255)
tATCCGGTGGTGCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAAtt < 1:923871/100‑1 (MQ=255)
tCCGGTGGTGCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTg < 1:370949/100‑1 (MQ=255)
ggtggtGCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGccc < 2:934454/100‑1 (MQ=255)
gtggtgCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCg < 2:298757/100‑1 (MQ=255)
gtggtgCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCg < 2:1434045/100‑1 (MQ=255)
tgCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGgt > 2:9036/1‑100 (MQ=255)
tgCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGgt > 1:491347/1‑100 (MQ=255)
gccgccGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGgtg > 1:744292/1‑100 (MQ=255)
cgccgcATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGgtgt < 1:260345/99‑1 (MQ=255)
gccgcATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTg > 2:875599/1‑100 (MQ=255)
cgcATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGc < 1:700442/100‑1 (MQ=255)
aTGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGt > 1:48075/1‑100 (MQ=255)
tgtgGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACGGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTg > 2:1005661/1‑100 (MQ=255)
gtgGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTg > 2:765974/1‑99 (MQ=255)
tgGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTGCg < 1:291816/100‑1 (MQ=255)
aaTATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTGCGGGa < 1:162581/100‑1 (MQ=255)
atatAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTGCGGGAt > 2:433888/1‑100 (MQ=255)
tataGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTGCGGGATg < 2:450052/100‑1 (MQ=255)
tataGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTGCGGGATg < 2:1236394/100‑1 (MQ=255)
ataGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTGCGGGATGa < 1:495677/100‑1 (MQ=255)
gCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAACAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTGCGGGATGAACg > 1:590856/1‑100 (MQ=255)
gCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTGCGGGATGAACg > 1:543707/1‑100 (MQ=255)
gCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTGCGGGATGAACg < 2:529406/100‑1 (MQ=255)
tCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTGCGGGATGAACGTGc > 1:326476/1‑100 (MQ=255)
cgccgcTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACTGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTGCGGGATGAACGTGCGGc > 1:448637/1‑100 (MQ=255)
gcggggCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGAGTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTGCGGGATGAACGTGCGGCATaa < 1:476712/97‑1 (MQ=255)
gcTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTGCGGGATGAACGTGCGGCATaa < 1:1238716/100‑1 (MQ=255)
cTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTGCGGGATGAACGTGCGGCATAAc > 2:589697/1‑100 (MQ=255)
cTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTGCGGGATGAACGTGCGGCATAAc < 1:436762/100‑1 (MQ=255)
tGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACCTGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTGCGGGATGAACGTGCGGCATAACt < 1:226177/100‑1 (MQ=255)
tGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTGCGGGATGAACGTGCGGCATAACt < 1:898852/100‑1 (MQ=255)
gCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTGCGGGATGAACGTGCGGCATAACTGcc > 2:704333/1‑100 (MQ=255)
gCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTAGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTGCGGGATGAACGTGCGGCATAACTGcc > 2:551710/1‑100 (MQ=255)
cGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTGCGGGATGAACGTGCGGCATAACTGCCg < 1:568624/100‑1 (MQ=255)
ggTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTGCGGGATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGATgcg > 2:217179/1‑100 (MQ=255)
tGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTGCGGGATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGATGCGCt > 1:69847/1‑100 (MQ=255)
tGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTGCGGGATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGATGCGCt > 1:1394092/1‑100 (MQ=255)
aGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTGCGGGATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGATGCGCTGa < 2:977438/100‑1 (MQ=255)
gCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTGCGGGATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGATGCGCTGAg > 1:1355295/1‑100 (MQ=255)
cGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTGCGGGATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGATGCGCTGAGc < 2:48075/100‑1 (MQ=255)
cGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTGCGGGATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGATGCGCTGAGc < 1:457690/100‑1 (MQ=255)
aaaGGTTGCTGCACTGGCGGACTGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTGCGGGATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGATGCGCTGAGCTTa < 2:204884/100‑1 (MQ=255)
aGGTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTGCGGGATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGATGCGCTGAGCTTATc < 1:658455/100‑1 (MQ=255)
gTTGCTGCACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTGCGGGATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGATGCGCTGAGCTTATCTg > 1:645759/1‑100 (MQ=255)
tgctgcACTGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTGCGGGATGAACATGCGGCATAACTGCCGGATGCGCTGAGCTTATCTGGt > 1:1241356/1‑100 (MQ=255)
tGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTGCGGGATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGATGCGCTGAGCTTATCTGGTCTACGGTg > 1:187588/1‑100 (MQ=255)
tGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTGCGGGATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGATGCGCTGAGCTTATCTGGTCTACGGTg < 1:1541493/100‑1 (MQ=255)
tGGCGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTGCGGGATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGATGCGCTGAGCTTATCTGGTCTACGGTg < 2:876736/100‑1 (MQ=255)
cGGACAGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTGCGGGATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGATGCGCTGAGCTTATCTGGTCTACGGTGCAt > 2:339748/1‑100 (MQ=255)
|
ACCGTATCGCGTATCCGGTGGTGCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACTGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGTGCGGGATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGATGCGCTGAGCTTATCTGGTCTACGGTGCAT > NC_000913/4434342‑4434531
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
