Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F212 I1 R1
|
174 |
80.0 |
3892211 |
96.7% |
3763768 |
99.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,058,585 |
C→T |
intergenic (‑175/+81) |
serA ← / ← rpiA |
D‑3‑phosphoglycerate dehydrogenase/ribose 5‑phosphate isomerase, constitutive |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,058,585 | 0 | C | T | 81.6%
| 167.1
/ 32.8
| 76 | intergenic (‑175/+81) | serA/rpiA | D‑3‑phosphoglycerate dehydrogenase/ribose 5‑phosphate isomerase, constitutive |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/8); new base T (24/38); total (30/46) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.72e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.55e-01 |
TATGAACGTTTGCGTCGCGATGTTGAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGACAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGATCATTTCACAATGGTTTTG > NC_000913/3058491‑3058684
|
tatGAACGTTTGCGTCGCGATGTTGAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATACGCTGTTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTg < 1:1199652/100‑1 (MQ=255)
tGAACGTTTGCGTCGCGATGTTGAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGcc < 1:1435980/100‑1 (MQ=255)
tGAACGTTTGCGTCGCGATGTTGAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGACAATTGcc < 2:1837848/100‑1 (MQ=255)
gAACGTTTGCGTCGCGATGTTGAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCt > 2:568516/1‑100 (MQ=255)
aaCGTTTGCGTCGCGATGTTGAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTg < 1:872711/100‑1 (MQ=255)
aCGTTTGCGTCGCGATGTTGAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGACAATTGCCTgg < 1:443410/100‑1 (MQ=255)
gTCGCGATGTTGAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCg > 2:1889155/1‑100 (MQ=255)
tCGCGATGTTGAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGt > 2:1322710/1‑100 (MQ=255)
tCGCGATGTTGAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGt < 2:330156/100‑1 (MQ=255)
cgcgATGTTGAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTg < 1:1611794/100‑1 (MQ=255)
gATGTTGAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGACAATTGCCTGGTAAAAGCGTGaca < 2:1614161/100‑1 (MQ=255)
tGTTGAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGACAATTGCCTGGTAAAAGCGTGAcaca < 1:485064/100‑1 (MQ=255)
gTTGAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACAt > 2:1345525/1‑100 (MQ=255)
ttGAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATg < 2:1944865/100‑1 (MQ=255)
ttGAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATg < 2:214021/100‑1 (MQ=255)
gAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTc < 1:1333079/100‑1 (MQ=255)
aGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCa > 2:1711320/1‑100 (MQ=255)
gAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCAcc > 1:123051/1‑100 (MQ=255)
gAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCAcc > 2:1001237/1‑100 (MQ=255)
aaaTATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCa > 2:296384/1‑100 (MQ=255)
aaaTATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCa < 1:464857/100‑1 (MQ=255)
aaTATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCaa < 2:650003/100‑1 (MQ=255)
tatCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAAt > 2:749487/1‑100 (MQ=255)
tCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAAttt < 2:1687499/100‑1 (MQ=255)
cACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTa < 1:1521934/100‑1 (MQ=255)
cGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAAt > 1:208217/1‑100 (MQ=255)
cGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAAt < 2:1733848/100‑1 (MQ=255)
cGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGACAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAAt > 2:744622/1‑100 (MQ=255)
gCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATg < 2:80882/100‑1 (MQ=255)
aGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAaga > 2:900720/1‑100 (MQ=255)
ggTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAagag > 2:409898/1‑100 (MQ=255)
ggTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGACAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAagag > 1:443030/1‑100 (MQ=255)
tAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGaa > 1:527671/1‑100 (MQ=255)
aTTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGACAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAAtn < 1:1342101/100‑2 (MQ=255)
tCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAAtttt > 1:1839201/1‑100 (MQ=255)
cTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGACAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAAttttt < 2:1870513/100‑1 (MQ=255)
cTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGACAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAAttttt > 1:662992/1‑100 (MQ=255)
ttGGATGAATATGCTGGTTTTGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAAtttttt > 1:1185266/1‑100 (MQ=255)
ttGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAAtttttt < 1:1571571/100‑1 (MQ=255)
ttGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAAtttttt < 2:379258/100‑1 (MQ=255)
ttGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAAtttttt < 2:1609181/100‑1 (MQ=255)
ttGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAAtttttt < 2:315902/100‑1 (MQ=255)
tGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGACAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAAttttttt < 2:1651925/100‑1 (MQ=255)
ggATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTa < 1:1110697/100‑1 (MQ=255)
tGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTATAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACg < 2:176680/100‑1 (MQ=255)
aaTATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACggg > 2:1649540/1‑100 (MQ=255)
aaTATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACggg < 2:1887987/100‑1 (MQ=255)
aaTATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGACAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACggg > 2:272476/1‑100 (MQ=255)
atatGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACgggg < 1:1930384/100‑1 (MQ=255)
atatGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACgggg < 2:11485/100‑1 (MQ=255)
gCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAgg < 2:1879281/100‑1 (MQ=255)
gCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAgg > 1:278686/1‑100 (MQ=255)
cTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAg > 1:155285/1‑98 (MQ=255)
ggTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGACAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTc > 2:580536/1‑100 (MQ=255)
ttAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTcccc < 1:191162/100‑1 (MQ=255)
agagGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCg < 2:352187/100‑1 (MQ=255)
ggATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCa > 2:716928/1‑100 (MQ=255)
ggATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCa < 2:1683567/100‑1 (MQ=255)
ggATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCa < 2:775592/100‑1 (MQ=255)
gATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAg > 2:636737/1‑100 (MQ=255)
atttatttAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGa > 1:958485/1‑100 (MQ=255)
tttatttaGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGAt < 2:1839213/100‑1 (MQ=255)
tatttaGAGCAATCGACAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGATCa < 2:443032/100‑1 (MQ=255)
atttaGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGATCAt > 1:1632446/1‑100 (MQ=255)
atttaGAGCAATCGACAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGATCAt > 1:1267649/1‑100 (MQ=255)
taGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGATCATTTc < 1:1582664/100‑1 (MQ=255)
taGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGATCATTTc > 2:502051/1‑100 (MQ=255)
taGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGATCATTTc < 1:749486/100‑1 (MQ=255)
taGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGATCATTTc < 2:1036238/100‑1 (MQ=255)
agagCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGATCATTTca < 2:815948/100‑1 (MQ=255)
gagCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGATCATTTcac < 1:1396760/100‑1 (MQ=255)
gagCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGATCATTTcac > 2:774355/1‑100 (MQ=255)
gagCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGATCATTTcac < 1:1233889/100‑1 (MQ=255)
gagCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGATCATTTcac < 2:952697/100‑1 (MQ=255)
gagCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGATCATTTcac < 2:958486/100‑1 (MQ=255)
aTCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGATCATTTCACAATgg < 2:1184311/100‑1 (MQ=255)
cAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGATCATTTCACAATGGTTTTg < 1:1347648/100‑1 (MQ=255)
|
TATGAACGTTTGCGTCGCGATGTTGAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGACAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGATCATTTCACAATGGTTTTG > NC_000913/3058491‑3058684
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
