Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F212 I1 R1
|
174 |
80.0 |
3892211 |
96.7% |
3763768 |
99.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,597,846 |
(T)5→4 |
intergenic (‑286/‑138) |
livK ← / → panM |
leucine transporter subunit/PanD autocleavage accelerator, panothenate synthesis |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,597,842 | 0 | T | . | 85.3%
| 216.1
/ 39.3
| 68 | intergenic (‑282/‑142) | livK/panM | leucine transporter subunit/PanD autocleavage accelerator, panothenate synthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (7/3); new base . (34/24); total (41/27) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.29e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 |
ATTGATAGATAAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACATTTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAAT > NC_000913/3597746‑3597937
|
aTTAATAGATAAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACAtttt < 1:88306/100‑1 (MQ=255)
ttGATAGATAAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACAttttc < 1:1223968/100‑2 (MQ=255)
ttGATAGATAAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACAttttc > 2:863616/1‑99 (MQ=255)
tGATAAATAAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACAttttca < 1:429859/100‑3 (MQ=255)
gatagataAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACAttttcat > 2:130/1‑97 (MQ=255)
gataAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACATTTTTCATtc > 1:1637206/1‑99 (MQ=255)
gataAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATtctc > 1:844062/1‑100 (MQ=255)
gataAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATtctc > 2:1107577/1‑100 (MQ=255)
gataAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATtctc > 2:745090/1‑100 (MQ=255)
ataAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACATTTTTCATtctc > 2:343341/1‑100 (MQ=255)
ataAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTctct < 2:1204743/100‑1 (MQ=255)
aaaCAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTaa < 1:1338751/100‑1 (MQ=255)
cAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACATTTTTCATTCTCTAAt > 1:952135/1‑99 (MQ=255)
cAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGt > 2:1891518/1‑100 (MQ=255)
cAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGt > 2:1891746/1‑100 (MQ=255)
gAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGttt > 2:1004773/1‑100 (MQ=255)
aaaaaGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTa > 2:1631412/1‑100 (MQ=255)
aGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACATTTTTCATTCTCTAATGTTTTAAtt < 2:851610/100‑1 (MQ=255)
gTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCAGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAAtttt < 2:1909652/100‑1 (MQ=255)
tGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTg < 2:1177013/100‑1 (MQ=255)
gCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGt > 2:1019321/1‑100 (MQ=255)
gCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGt > 1:418080/1‑100 (MQ=255)
cTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATCATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTaa > 2:1682829/1‑100 (MQ=255)
tttGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAat < 2:773776/100‑1 (MQ=255)
tttGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTCGTAat < 2:1477072/100‑1 (MQ=255)
ttGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAatt > 1:1237228/1‑100 (MQ=255)
aGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGc < 1:1401837/100‑1 (MQ=255)
gCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCt > 2:219714/1‑100 (MQ=255)
gCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCt > 2:494697/1‑100 (MQ=255)
cATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACATTTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCt > 1:1288322/1‑100 (MQ=255)
aTAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGt > 1:824044/1‑100 (MQ=255)
tAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGtt > 1:584194/1‑100 (MQ=255)
aaaTAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTaa < 1:418331/100‑1 (MQ=255)
tAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTaaaaa > 2:963243/1‑100 (MQ=255)
tAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTaaaaa < 1:1697574/100‑1 (MQ=255)
cGGCACAAAGTGCGGAATAATTCACTATCATTCATTTGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTTCTGTTAAAAAAtt < 1:1549264/100‑1 (MQ=255)
cGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACATTTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAAt > 2:1396474/1‑100 (MQ=255)
cGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAAtt > 1:1220540/1‑100 (MQ=255)
ggCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTa < 1:1682819/100‑1 (MQ=255)
gCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGTGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTaa < 1:1565310/100‑1 (MQ=255)
gCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTaa < 1:1399379/100‑1 (MQ=255)
cacaAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAAt < 2:1125534/100‑1 (MQ=255)
acaAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACATTTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAAt > 2:900110/1‑100 (MQ=255)
caAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCa > 1:1143918/1‑100 (MQ=255)
caAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCa < 2:1039621/100‑1 (MQ=255)
caAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCa > 1:240291/1‑100 (MQ=255)
gggCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTg > 1:17312/1‑100 (MQ=255)
ggCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGc > 1:595067/1‑100 (MQ=255)
ggAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACATTTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCa > 1:533972/1‑100 (MQ=255)
aataatTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCaaaa < 1:1913760/100‑1 (MQ=255)
taatTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTATTCACATGCCaaaat > 1:474007/1‑98 (MQ=255)
atTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGaaa < 1:1891733/100‑1 (MQ=255)
atTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGaaa < 1:1891505/100‑1 (MQ=255)
ntCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAATAGAAAt > 1:1568668/2‑100 (MQ=255)
cACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATaa > 1:922734/1‑100 (MQ=255)
aCTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATaaa < 2:437278/100‑1 (MQ=255)
cTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACATTTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATa < 1:642769/98‑1 (MQ=255)
cTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACTTGCTAAAAGAAATaaaa > 1:1788335/1‑100 (MQ=255)
tCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAag < 1:136934/100‑1 (MQ=255)
aTTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAagag > 2:193814/1‑100 (MQ=255)
aTTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAagag < 2:279309/100‑1 (MQ=255)
cAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGaaa < 2:1033159/100‑1 (MQ=255)
cAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGaaa > 2:328097/1‑100 (MQ=255)
cAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGaaa > 2:1031029/1‑100 (MQ=255)
aGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAg > 1:1226737/1‑100 (MQ=255)
ggggATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGc > 2:1472948/1‑100 (MQ=255)
tATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGa > 1:949757/1‑100 (MQ=255)
aTGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGAt > 1:1821172/1‑100 (MQ=255)
gCTGGACA‑TTTTAATTCTCTAATGTTTTAATTTTCTAACTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTa > 1:944144/1‑100 (MQ=255)
cTGGACATTTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTa < 2:1288329/100‑1 (MQ=255)
cTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTaa > 1:1544100/1‑100 (MQ=255)
ggACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAat < 2:1394302/100‑1 (MQ=255)
ggACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTGTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCCCCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAat < 1:1933335/100‑1 (MQ=255)
|
ATTGATAGATAAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACATTTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAAT > NC_000913/3597746‑3597937
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
