Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A12 F56 I0 R1
|
312 |
170.3 |
8276235 |
93.7% |
7754832 |
99.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,524,413 |
A→G |
29.9% |
I515V (ATT→GTT) |
mrcA → |
penicillin‑binding protein 1a, murein transglycosylase and transpeptidase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,524,413 | 0 | A | G | 29.9%
| 249.8
/ 155.1
| 208 | I515V (ATT→GTT) | mrcA | penicillin‑binding protein 1a, murein transglycosylase and transpeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (70/74); new base G (36/26); total (108/100) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.27e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.37e-01 |
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
CTGGCAAGTATGTTGAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCAGAATATCTGCAACGC > NC_000913/3524314‑3524511
|
cacgTATGTTGAACGATGTGCCAATTTCTCGCTCGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGACGAACTCACCACCGCAGTCTGCTGGTCCAAt > 2:3498173/4‑97 (MQ=255)
cAAGTATGTTGAACGATGTGCCAATGTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCAGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCaa < 2:2437674/96‑1 (MQ=255)
aGTATGTTGAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCt < 1:229230/100‑1 (MQ=255)
aGTATGTTGAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCt < 1:3086526/100‑1 (MQ=255)
gTATGTTGAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCtt > 2:1997270/1‑100 (MQ=255)
gTATGTTGAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCtt < 2:2697865/100‑1 (MQ=255)
aTGTTGAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGTGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCAGCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCtt < 2:1499519/98‑1 (MQ=255)
tGTTGAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATTCAAGTGCCGGTTCTGACTGCCAGCCGAAGAACTCACCACCTCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACg < 2:3488876/100‑1 (MQ=255)
tGTTGAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACg > 2:1452542/1‑100 (MQ=255)
tGTTGAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACg < 2:2569753/100‑1 (MQ=255)
gTTGAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGt > 1:3365764/1‑100 (MQ=255)
tGAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCa < 1:589775/100‑1 (MQ=255)
tGAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCa > 2:2086455/1‑100 (MQ=255)
aaCGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAgg < 2:2059904/100‑1 (MQ=255)
aaCGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAgg < 1:1645480/100‑1 (MQ=255)
cGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAgggg < 1:1972436/100‑1 (MQ=255)
tgtgCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTg < 1:2742476/100‑1 (MQ=255)
gtgCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTgg < 1:1654023/100‑1 (MQ=255)
gtgCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAggg > 2:3274427/1‑95 (MQ=255)
tgCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTggg < 1:34713/100‑1 (MQ=255)
tgCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTggg < 2:2230991/100‑1 (MQ=255)
gCCAATTACTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTgg > 2:2167911/1‑98 (MQ=255)
ccAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTc > 1:1134049/1‑100 (MQ=255)
cAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTc < 1:1466948/99‑1 (MQ=255)
cAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCa > 1:1425448/1‑100 (MQ=255)
cAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCa > 2:112288/1‑100 (MQ=255)
aaTTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAg < 2:4049130/100‑1 (MQ=255)
aaTTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAg < 2:3070574/100‑1 (MQ=255)
ttCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCg < 2:1624924/100‑1 (MQ=255)
tctcGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTc < 2:3698541/98‑1 (MQ=255)
cGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGaaaa < 1:1314834/100‑1 (MQ=255)
cTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAAc > 1:2884378/1‑100 (MQ=255)
gggATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACgt > 2:1391602/1‑100 (MQ=255)
ggATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACgtg < 1:1918614/100‑1 (MQ=255)
gATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCACTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGGCGAAACACgtgg > 2:1334517/1‑100 (MQ=255)
gATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACgtgg < 2:2342737/100‑1 (MQ=255)
gATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACgtgg > 1:2196997/1‑100 (MQ=255)
gATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACgtgg > 1:3793756/1‑100 (MQ=255)
tggacgTGCCGGTTGTGAGTGGCATGCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAAGTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTAAGTCGAAAAACg < 2:1829405/90‑1 (MQ=255)
tGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACgtggtg > 1:3663326/1‑100 (MQ=255)
cAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGAt > 1:1108556/1‑100 (MQ=255)
aGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATgg < 1:1019339/100‑1 (MQ=255)
gTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGt < 1:463684/100‑1 (MQ=255)
tGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGtn < 2:3065970/100‑2 (MQ=255)
tGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTa < 1:3094648/100‑1 (MQ=255)
gCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACTACCGCAGCATGCTGGCCCAATTCGCTTAAGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGCTGGtgc > 2:2908722/1‑98 (MQ=255)
ccGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGACTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTAcg > 1:2689296/1‑100 (MQ=255)
cGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTAcgc < 2:434861/100‑1 (MQ=255)
ggTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTAcgcg > 2:2457358/1‑100 (MQ=255)
ggTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTAcgcg > 1:2409754/1‑100 (MQ=255)
gTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACgcgc < 1:3976333/100‑1 (MQ=255)
gTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACgcgc < 1:3910234/100‑1 (MQ=255)
cTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAAt > 2:736735/1‑100 (MQ=255)
tGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATg < 2:225735/100‑1 (MQ=255)
gACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGc > 1:2349138/1‑100 (MQ=255)
ggCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGc > 2:1733645/1‑100 (MQ=255)
ggCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGc < 1:1011364/100‑1 (MQ=255)
cAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGa > 2:1630070/1‑100 (MQ=255)
gCCGAAGAAGTCACCACCGCAGTAGGCCGGTCCAATACGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATg < 2:1480117/100‑1 (MQ=255)
gCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGacg < 1:3835964/100‑3 (MQ=255)
gCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATg > 2:3405591/1‑100 (MQ=255)
cGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATggg < 1:2843583/100‑1 (MQ=255)
cGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGATGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATggg > 2:1167401/1‑100 (MQ=255)
aagaaCTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGAGACAGACGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCg < 2:2809473/100‑1 (MQ=255)
gaaCTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTc < 1:1537102/100‑1 (MQ=255)
aaCTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCg > 2:1587267/1‑100 (MQ=255)
aaCTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCg < 2:2381067/100‑1 (MQ=255)
aaCTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCg > 1:853538/1‑100 (MQ=255)
aCTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCg > 1:3816488/1‑99 (MQ=255)
aCTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGa < 1:3034450/100‑1 (MQ=255)
aCTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGa > 1:2537058/1‑100 (MQ=255)
cTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGAc < 1:1237698/100‑1 (MQ=255)
cTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGAc > 1:2417451/1‑100 (MQ=255)
cTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGAc > 1:4122823/1‑100 (MQ=255)
cTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGCGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGAc < 1:2577305/100‑1 (MQ=255)
caccacCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTa > 2:6084/1‑100 (MQ=255)
caccacCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTa > 2:69767/1‑100 (MQ=255)
caccacCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGCAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTa > 1:1786044/1‑100 (MQ=255)
caccacCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTa > 1:3268101/1‑100 (MQ=255)
caccacCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTa > 2:1959299/1‑100 (MQ=255)
ccaccGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACg > 2:320211/1‑100 (MQ=255)
accGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCt > 2:3802330/1‑100 (MQ=255)
ccGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTg > 2:4069590/1‑100 (MQ=255)
ccGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTg > 2:907721/1‑100 (MQ=255)
ccGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTg > 1:4089214/1‑100 (MQ=255)
cGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGc < 2:2385972/100‑1 (MQ=255)
gCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCa < 2:1816058/100‑1 (MQ=255)
gCAGTATGCGGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCa < 2:1524698/100‑1 (MQ=255)
gCAGTAGGCTGGTCCAGTTCGCTGACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGGGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTg < 2:843352/98‑1 (MQ=255)
aGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCTCAATGCGTGCGATGGGCGTCTACTACGCTGCAGa < 2:3945090/100‑1 (MQ=255)
aGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCAGa > 2:2940814/1‑100 (MQ=255)
gTATGCTGGTCTAGTGCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGGCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATCCGGGCGATCGGCGTCGACTACTCTGCAg < 2:1988415/98‑1 (MQ=255)
taggccggTCCAGTTCGCTTACGTCGGGGGCTGAGGCAGGCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGAGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCAGAat < 2:3469110/94‑1 (MQ=255)
aTGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCAGAata > 1:3766380/1‑100 (MQ=255)
aTGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCAGAata < 1:3517580/100‑1 (MQ=255)
tGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCAGAatat > 1:990316/1‑100 (MQ=255)
tGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCAGAatat > 1:710214/1‑100 (MQ=255)
tGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTCCGCGCAATGCGTGCGATGGGCGTCGGCTACGCTGCAGAACATCTg > 2:2481151/1‑100 (MQ=255)
ggTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCAGAATATCTGc < 1:2650343/100‑1 (MQ=255)
ggccAATTGGCTTACGGCAGGGGCTGGCTCAGTCATGAAAAGTGGTGATGGTACGCGTAATGCGGGCGATGGGCGTGGACTACGCTGCAGAATATCTGCa < 2:706171/98‑1 (MQ=255)
|
CTGGCAAGTATGTTGAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCAGAATATCTGCAACGC > NC_000913/3524314‑3524511
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
