Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A12 F204 I1 R1
|
117 |
93.2 |
4682243 |
93.4% |
4373214 |
99.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,244,987 |
C→T |
intergenic (‑246/‑237) |
uxaC ← / → exuT |
uronate isomerase/hexuronate transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,244,987 | 0 | C | T | 96.0%
| 250.1
/ 0.0
| 76 | intergenic (‑246/‑237) | uxaC/exuT | uronate isomerase/hexuronate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base T (37/36); total (40/36) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.42e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 |
TGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCGGGTTAACCGGTACGGAA > NC_000913/3244891‑3245081
|
tGCATGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAg < 2:2200473/100‑1 (MQ=255)
gCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGt > 2:500766/1‑100 (MQ=255)
gCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGt > 2:1669943/1‑100 (MQ=255)
cAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGtt < 1:2277267/100‑1 (MQ=255)
aGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTa < 1:78088/100‑1 (MQ=255)
ggCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTAt > 1:538703/1‑100 (MQ=255)
cgcgCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCtt < 1:1319575/100‑1 (MQ=255)
cgagcCCGTACTGGCATTGCTGAAGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTTATGGCTCTCACCTGTTAAAGTGGTATGATAAGTTATCtt > 2:1362641/4‑100 (MQ=255)
cgcCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTc < 1:1591026/100‑1 (MQ=255)
cgcCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTc > 2:1476625/1‑100 (MQ=255)
ccAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTg < 2:1616625/100‑1 (MQ=255)
ccAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTg < 2:119211/100‑1 (MQ=255)
aGTACTGACCTCGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCAGCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGcc > 2:1232464/1‑100 (MQ=255)
aCTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAAGATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTc < 1:1602143/100‑1 (MQ=255)
cTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCg > 1:896191/1‑100 (MQ=255)
gCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCaa < 2:39858/100‑1 (MQ=255)
cTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATa < 1:2151364/100‑1 (MQ=255)
gtcgtcAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAg > 2:651760/1‑100 (MQ=255)
ggcaggggaTGTCCCTACAAATATGTCCACAGTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCg < 2:2121905/92‑1 (MQ=255)
cAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGAc > 2:587198/1‑100 (MQ=255)
aGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACg > 2:843427/1‑100 (MQ=255)
ggTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACgg > 1:262162/1‑100 (MQ=255)
aaTGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAAt > 2:1666229/1‑100 (MQ=255)
aTGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATg < 1:1135528/100‑1 (MQ=255)
gTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCa > 2:484374/1‑100 (MQ=255)
tCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAACCATAAGTCGACGGAATGCaa > 2:1327736/1‑100 (MQ=255)
cccTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCaaa > 1:194914/1‑100 (MQ=255)
ccTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAAt > 2:2174330/1‑100 (MQ=255)
cTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAAtt > 1:390593/1‑100 (MQ=255)
aCAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGc < 1:618077/100‑1 (MQ=255)
aCAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGc < 2:147259/100‑1 (MQ=255)
aaTATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGa < 2:262160/100‑1 (MQ=255)
aaTATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGa < 2:1357174/100‑1 (MQ=255)
tatTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGatt < 1:293757/100‑1 (MQ=255)
tatTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGatt < 2:373866/100‑1 (MQ=255)
tatTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGatt < 2:1664649/100‑1 (MQ=255)
tatTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGatt < 2:996532/100‑1 (MQ=255)
atTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGattc < 1:904817/100‑1 (MQ=255)
ttCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGattca > 1:1622422/1‑100 (MQ=255)
tCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGattcat > 1:914174/1‑100 (MQ=255)
cccACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGattcatt > 2:406652/1‑100 (MQ=255)
cccACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGattcatt > 2:194406/1‑100 (MQ=255)
cccACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTAAGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGattcatt > 2:1253977/1‑100 (MQ=255)
ccACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGattcattc > 2:2329605/1‑100 (MQ=255)
ccACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTAGACGGAATGCAAATTGCCGattcattc > 1:133851/1‑100 (MQ=255)
cacaTTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGAttcattca > 2:1051291/1‑100 (MQ=255)
cacaTTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGAttcattca > 1:2162515/1‑100 (MQ=255)
cacaTTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGAttcattca < 1:651761/100‑1 (MQ=255)
caTTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTcattcatt > 1:530460/1‑100 (MQ=255)
aTTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCAttt > 2:1094868/1‑100 (MQ=255)
aTTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCAttt < 2:307842/100‑1 (MQ=255)
ttGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGt < 1:2083160/100‑1 (MQ=255)
ttGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGGTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGt < 1:1695032/100‑1 (MQ=255)
tgtgATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGtt < 1:1283569/100‑1 (MQ=255)
tgtgATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGtt > 1:1381975/1‑100 (MQ=255)
gtgATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTa < 1:1310192/100‑1 (MQ=255)
tgATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAg < 2:1075/100‑1 (MQ=255)
gATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGa < 1:1476322/100‑1 (MQ=255)
tGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATg < 1:406654/100‑1 (MQ=255)
tGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATg < 1:2329614/100‑1 (MQ=255)
tGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATg < 1:1956482/100‑1 (MQ=255)
tctcACCTTTTAAAGTTCTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGaa > 1:234654/1‑98 (MQ=255)
ctcACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCg > 2:1675735/1‑100 (MQ=255)
ctcACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCg > 2:2188033/1‑100 (MQ=255)
ctcACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCg > 1:2311626/1‑100 (MQ=255)
tcACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCgg > 1:572014/1‑100 (MQ=255)
cACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCggg > 2:223618/1‑100 (MQ=255)
aCCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCGGGt < 1:843429/100‑1 (MQ=255)
cTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCGGGTTa > 2:1763981/1‑100 (MQ=255)
cTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCGGGTTa > 1:983880/1‑100 (MQ=255)
cTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCGGGTTa > 1:573511/1‑100 (MQ=255)
ttGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCGGGTTAACCGGTACg < 2:572013/100‑1 (MQ=255)
gTATGATACGTTATCTTTCTGCAGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCGGGTTAACCGGTACGGa < 1:2093054/100‑1 (MQ=255)
gTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCGGGTTAACCGGTACGGa > 2:1418099/1‑100 (MQ=255)
gTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCGGGTTAACCGGTACGGa > 1:419198/1‑100 (MQ=255)
tATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCGGGTTAACCGGTACGGaa < 2:1208705/100‑1 (MQ=255)
|
TGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCGGGTTAACCGGTACGGAA > NC_000913/3244891‑3245081
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
