Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F50 I1 R1
|
157 |
93.7 |
2947622 |
98.1% |
2891617 |
150.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
577,085 |
G→A |
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DLP12 prophage; truncated outer membrane porin (pseudogene);IS, phage, Tn; Phage or Prophage Related; outer membrane porin protein; locus of qsr prophage/DLP12 prophage; putative phage lysis protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 577,085 | 0 | G | A | 100.0%
| 474.6
/ NA
| 119 | intergenic (‑260/‑313) | nmpC/essD | DLP12 prophage; truncated outer membrane porin (pseudogene);IS, phage, Tn; Phage or Prophage Related; outer membrane porin protein; locus of qsr prophage/DLP12 prophage; putative phage lysis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (56/63); total (56/63) |
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
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|
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aGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATa < 1:647954/151‑1 (MQ=255)
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ctATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAac < 2:825972/147‑1 (MQ=255)
aTTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTg < 2:170307/149‑1 (MQ=255)
aTTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGa < 1:218383/151‑1 (MQ=255)
aTTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATATGAAGGTTCAATTTAACCCGACTGAAAATATCACTggc < 2:1373133/151‑2 (MQ=255)
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tATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAatt > 1:1406786/1‑150 (MQ=255)
aTCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAattat > 1:483489/1‑151 (MQ=255)
tCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAattatt > 2:1278226/1‑151 (MQ=255)
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aaCTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTAtttttt > 2:931755/1‑151 (MQ=255)
aCTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTg > 2:440364/1‑151 (MQ=255)
tttttCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTgg < 2:63492/149‑1 (MQ=255)
tttCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTa < 1:788000/150‑1 (MQ=255)
tttCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTAt > 1:624136/1‑151 (MQ=255)
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aTCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATttgtt > 2:656852/1‑151 (MQ=255)
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aTCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATttgttg > 2:730083/1‑147 (MQ=255)
aTCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGAt < 2:1031834/151‑1 (MQ=255)
tATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTg > 2:116086/1‑150 (MQ=255)
tATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGc > 1:653878/1‑151 (MQ=255)
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aataaaaataaaTCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAgtggtg > 2:421201/1‑151 (MQ=255)
aataaaaataaaTCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAgtggtg > 1:23896/1‑151 (MQ=255)
aataaaaataaaTCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAgtggtg < 1:382803/151‑1 (MQ=255)
aataaaaataaaTCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAgtggt > 2:597752/1‑150 (MQ=255)
aataaaaataaaTCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTCTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAgtggtg > 1:396203/1‑151 (MQ=255)
ataaaaataaaTCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTTCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAgtggtg > 2:1349723/1‑150 (MQ=255)
ataaaaataaaTCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGgtgt < 1:815894/151‑1 (MQ=255)
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aaaaataaaTCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGtt < 1:767925/150‑1 (MQ=255)
aaaaataaaTCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGtt < 2:173872/150‑1 (MQ=255)
aaataaatCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTc < 1:176942/151‑1 (MQ=255)
aataaatCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCa < 2:399527/151‑1 (MQ=255)
aataaatCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCa < 2:1334437/151‑1 (MQ=255)
ataaatCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCa > 1:99708/1‑150 (MQ=255)
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aaatCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATa < 1:1424602/151‑1 (MQ=255)
aaatCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATa < 2:188951/151‑1 (MQ=255)
tCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACt > 2:21526/1‑150 (MQ=255)
tATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCgg > 1:1021750/1‑151 (MQ=255)
aTTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACt < 1:945008/147‑1 (MQ=255)
aTTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCg < 2:1172604/149‑1 (MQ=255)
aTTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCg < 2:704929/149‑1 (MQ=255)
tAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGt > 1:208205/1‑149 (MQ=255)
aGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGc < 1:953862/151‑1 (MQ=255)
aaTTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATtc > 1:971512/1‑151 (MQ=255)
tataTTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATtctctc > 1:1403114/1‑151 (MQ=255)
tataTTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTCCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATtctctc > 1:249159/1‑151 (MQ=255)
atatTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATtctctc > 2:846132/1‑150 (MQ=255)
atTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCaa > 1:67685/1‑150 (MQ=255)
atTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCaa < 2:730863/150‑1 (MQ=255)
tAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAat > 2:1050793/1‑150 (MQ=255)
tAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAat > 1:789111/1‑150 (MQ=255)
ggCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCAt < 2:806261/151‑1 (MQ=255)
ggCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCAt > 1:1109036/1‑151 (MQ=255)
gTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCAttt < 2:1153505/149‑1 (MQ=255)
gTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTa < 2:303708/150‑1 (MQ=255)
atttatAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTgg < 2:1366686/151‑1 (MQ=255)
atttatAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTgg > 1:672181/1‑151 (MQ=255)
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GAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTG > NC_000913/576939‑577232
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
