Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F50 I2 R1
|
173 |
150.8 |
4954114 |
96.5% |
4780720 |
150.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
577,085 |
G→A |
intergenic (‑260/‑313) |
nmpC ← / → essD |
DLP12 prophage; truncated outer membrane porin (pseudogene);IS, phage, Tn; Phage or Prophage Related; outer membrane porin protein; locus of qsr prophage/DLP12 prophage; putative phage lysis protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 577,085 | 0 | G | A | 100.0%
| 716.6
/ NA
| 178 | intergenic (‑260/‑313) | nmpC/essD | DLP12 prophage; truncated outer membrane porin (pseudogene);IS, phage, Tn; Phage or Prophage Related; outer membrane porin protein; locus of qsr prophage/DLP12 prophage; putative phage lysis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (81/97); total (81/97) |
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
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|
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aTTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTgg > 4:147452/1‑150 (MQ=255)
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cTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTgg > 4:1156267/1‑151 (MQ=255)
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aTGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTAt < 4:1814035/150‑1 (MQ=255)
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tAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTa < 1:370167/150‑1 (MQ=255)
gCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCa < 4:457531/151‑1 (MQ=255)
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cAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCAtt > 4:639990/1‑151 (MQ=255)
aTTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATtct < 1:1818678/151‑1 (MQ=255)
ttATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCGATACTCGGTAGCATtctc < 4:163347/150‑1 (MQ=255)
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atatTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCa < 1:127191/151‑1 (MQ=255)
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atttatAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTgg > 1:1104511/1‑151 (MQ=255)
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atttatAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTg < 2:492889/150‑1 (MQ=255)
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ataAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTta < 1:274690/151‑1 (MQ=255)
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tctATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTacgtacgt > 4:1757380/1‑150 (MQ=255)
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tttGAAGGTTCAATTTAAACCGAATAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAAtt > 2:214425/1‑151 (MQ=255)
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aCCGACTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGt > 1:1225502/1‑151 (MQ=255)
|
GTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGT > NC_000913/576937‑577231
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
