Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F50 I3 R1
|
105 |
107.9 |
3491495 |
95.1% |
3320411 |
150.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
903,872 |
(G)5→6 |
intergenic (‑138/+80) |
artP ← / ← ybjP |
arginine ABC transporter ATPase/lipoprotein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 903,867 | 1 | . | G | 99.0%
| 357.4
/ ‑3.6
| 99 | intergenic (‑133/+85) | artP/ybjP | arginine ABC transporter ATPase/lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base G (52/46); total (53/46) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
GTTTAATTGAATACTCATTGACACTCGTATACTGGCAGTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAAC‑GGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTA > NC_000913/903717‑904010
|
gTTTAATTGAATACTCATTGACACTCGTATACTGGCAGTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAAc < 1:1003524/151‑1 (MQ=255)
ttAATTGAATACTCATTGACACTCGTATACTGGCAGTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAAC‑gg > 2:247077/1‑151 (MQ=255)
aaTTGAATACTCATTGACACTCGTATACTGGCAGTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAAC‑gggg > 1:552676/1‑151 (MQ=255)
aaTTGAATACTCATTGACACTCGTATACTGGCAGTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAAC‑gggg > 4:437071/1‑151 (MQ=255)
aaTTGAATACTCATTGACACTCGTATACTGGCAGTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAAC‑ggg < 1:645710/150‑1 (MQ=255)
tGAATACTCATTGACACTCGTATACTGGCAGTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAAC‑gggggg < 3:70580/150‑2 (MQ=255)
aaTACTCATTGACACTCGTATACTGGCAGTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAAC‑ggggggcgg < 3:256447/151‑5 (MQ=255)
aTACTCATTGACACTCGTATACTGGCAGTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAAC‑ggggggcggt < 2:138302/151‑6 (MQ=255)
aTACTCATTGACACTCGTATACTGGCAGTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAAC‑ggggggcggt > 4:102665/1‑146 (MQ=255)
aCTCATTGACACTCGTATACTGGCAGTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑ggtgg > 1:1157249/1‑151 (MQ=255)
cTCATTGACACTCGTATACTGGCAGTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑ggtggt > 1:273081/1‑151 (MQ=255)
cTCATTGACACTCGTATACTGGCAGTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑ggtggt > 1:1014766/1‑151 (MQ=255)
cATTGACAATCGTATAAAGGCAGTCTGATAGCTATTGAGGTCTAAGATAGTAACTTTGACAGAATAATTATTCAATATTTCTGCATTGAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATCCATTAAACATAGACCCAAATAAcaaggtgcggcggta < 3:86943/150‑15 (MQ=255)
tGACACTCGTATACTGGCAGTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCg > 2:506820/1‑151 (MQ=255)
cacTCGTATACTGGCAGTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGc > 1:373681/1‑151 (MQ=255)
acTCGTATACTGGCAGTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGc > 1:231886/1‑150 (MQ=255)
tCGTATACTGGCAGTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCAt > 4:44432/1‑150 (MQ=255)
cGTATACTGGCAGTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGT‑GGTGGTCGGCGAGCATaa < 1:1149958/151‑1 (MQ=255)
cGTATACTGGCAGTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCAt < 2:681840/149‑1 (MQ=255)
ataCTGGCAGTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAAt < 2:440522/150‑1 (MQ=255)
ataCTGGCAGTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATg < 2:53329/151‑1 (MQ=255)
aCTGGCAGTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGt < 1:171099/150‑1 (MQ=255)
tGGCAGTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCgg > 2:735628/1‑151 (MQ=255)
ggCAGTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGc < 2:922142/151‑1 (MQ=255)
gCAGTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGc > 2:574028/1‑150 (MQ=255)
cAGTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCAt < 3:330038/151‑1 (MQ=255)
gTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTc > 3:358844/1‑151 (MQ=255)
gTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTc < 4:251852/151‑1 (MQ=255)
gATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTc < 1:560925/150‑1 (MQ=255)
gATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCa < 2:1168143/151‑1 (MQ=255)
aTAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCAc < 2:437254/151‑1 (MQ=255)
tAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAAC‑GGGGGCGGGTGGTCGGCAGGCATaatgaccggattacct > 1:152787/1‑133 (MQ=255)
aGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGa < 2:436417/151‑1 (MQ=255)
aGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGa < 1:698915/151‑1 (MQ=255)
aTTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATg < 4:77215/151‑1 (MQ=255)
ggTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGa < 1:1281307/151‑1 (MQ=255)
gTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGAc > 2:375642/1‑151 (MQ=255)
tCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGAc > 4:135848/1‑150 (MQ=255)
cGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑TGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACaa < 1:669211/151‑1 (MQ=255)
cGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACaa < 1:557820/151‑1 (MQ=255)
cGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACa < 2:552573/150‑1 (MQ=255)
cGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACa < 2:28312/150‑1 (MQ=255)
tAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACg > 1:740170/1‑151 (MQ=255)
aGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACgg < 1:150697/151‑1 (MQ=255)
tACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACgggg > 2:708566/1‑151 (MQ=255)
tACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACgggg > 2:897179/1‑151 (MQ=255)
tttGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGttt > 2:1104541/1‑150 (MQ=255)
ttGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTa < 4:155569/150‑1 (MQ=255)
aCAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTgg > 1:947309/1‑151 (MQ=255)
cAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGt < 1:332584/151‑1 (MQ=255)
cAGAATAATTACGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGt > 2:1207538/1‑151 (MQ=255)
aGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGtt > 3:287674/1‑151 (MQ=255)
gAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTg > 1:520396/1‑151 (MQ=255)
gAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTg < 1:133953/151‑1 (MQ=255)
gAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTg < 1:324510/151‑1 (MQ=255)
gAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTg < 1:517847/151‑1 (MQ=255)
gAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTg > 2:463796/1‑151 (MQ=255)
aataatTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGa < 1:997086/151‑1 (MQ=255)
taatTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATc > 3:232351/1‑151 (MQ=255)
aatTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCa < 2:167765/151‑1 (MQ=255)
atTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCa > 2:243246/1‑150 (MQ=255)
gCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGt > 3:454922/1‑151 (MQ=255)
aaTATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGtt < 2:1113863/150‑1 (MQ=255)
aaTATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTa < 2:258382/151‑1 (MQ=255)
aaTATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTa < 3:382825/151‑1 (MQ=255)
aaTATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTa < 1:820859/151‑1 (MQ=255)
atTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCg > 1:1222011/1‑151 (MQ=255)
atTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCg > 4:207019/1‑151 (MQ=255)
ttCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGAt > 1:1065154/1‑151 (MQ=255)
tCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGAt < 1:330735/150‑1 (MQ=255)
ttaaaagttaaaagCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGAt > 1:1067090/1‑151 (MQ=255)
taaaagttaaaagCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATg > 3:55633/1‑151 (MQ=255)
gttaaaagCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTg < 1:1261370/151‑1 (MQ=255)
taaaagCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGa < 3:268036/150‑1 (MQ=255)
taaaagCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGAc > 1:1009688/1‑151 (MQ=255)
aaaagCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACg > 4:398774/1‑151 (MQ=255)
caaagcGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCg < 2:839218/151‑1 (MQ=255)
aaagcGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGt < 1:91887/151‑1 (MQ=255)
aaagcGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGt > 1:1218295/1‑151 (MQ=255)
aaagcGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGt < 2:597643/151‑1 (MQ=255)
agcGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTAc > 4:308329/1‑151 (MQ=255)
agcGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTAc > 3:442310/1‑151 (MQ=255)
agcGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTAc > 4:423929/1‑151 (MQ=255)
gcATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACccg < 4:239567/151‑1 (MQ=255)
cATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACccgc < 3:444114/151‑1 (MQ=255)
cATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACccgc < 1:355931/151‑1 (MQ=255)
attCAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAACGTACCCGCCGTg > 1:231120/1‑151 (MQ=255)
cAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGc > 1:365920/1‑150 (MQ=255)
cAATAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGc > 4:143771/1‑150 (MQ=255)
tAAACATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATg > 4:383541/1‑150 (MQ=255)
aaaCATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGa > 2:634185/1‑150 (MQ=255)
aCATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACg > 2:1269774/1‑151 (MQ=255)
cATAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGc > 2:984584/1‑151 (MQ=255)
aTAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCt > 3:116501/1‑151 (MQ=255)
tAGCACAAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGGTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCt > 4:40789/1‑150 (MQ=255)
cacaAAATAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCg > 2:323835/1‑151 (MQ=255)
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aaaTAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCt > 2:823035/1‑150 (MQ=255)
aaTAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTa > 1:374432/1‑150 (MQ=255)
aaTAACGGGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTa > 3:411220/1‑150 (MQ=255)
|
GTTTAATTGAATACTCATTGACACTCGTATACTGGCAGTCTGATAGCTATTGAGGTCGAAGATAGTACCTTTGACAGAATAATTATGCAATATTTCTGCTTTAAAAGTTAAAAGCAAAGCGCATTATTCAATAAACATAGCACAAAATAAC‑GGGGGC‑GGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTA > NC_000913/903717‑904010
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
