Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A8 F50 I3 R1
|
168 |
141.0 |
4346284 |
99.6% |
4328898 |
150.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,405,951 |
C→T |
intergenic (+302/‑28) |
abgR → / → smrA |
putative DNA‑binding transcriptional regulator of abgABT operon/DNA endonuclease |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,405,951 | 0 | C | T | 100.0%
| 597.0
/ NA
| 143 | intergenic (+302/‑28) | abgR/smrA | putative DNA‑binding transcriptional regulator of abgABT operon/DNA endonuclease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (87/56); total (87/56) |
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
GATTTCACGAAAATATAAGTTACATTATTAATATCGTGAATGAATAATCATGCATAAGTATTTTGCTTAAAATATCGGCAATATTTGGAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATCGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACATGAACCTTGACGACAAATCGCTGTTTCTTGACGCCATGGAAGATGTCCAGCCGCTGAAACGTGCTACCGATGTCCACTGGCATCCAACGCGTAACCAACGTGCGCCGCAGCGTATCGAC > NC_000913/1405803‑1406098
|
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aTTTCACGAAAATATAAGTTACATTATTAATATCGTGAATGAATAATCATGCATAAGTATTTTGCTTAAAATATCGGCAATATTTGGAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATtgcg > 1:1320435/1‑151 (MQ=255)
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atatAAGTTACATTATTAATATCGTGAATGAATAATCATGCATAAGTATTTTGCTTAAAATATCGGCAATATTTGGAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATTGCGCTCTTAATTGc > 1:702501/1‑151 (MQ=255)
tataAGTTACATTATTAATATCGTGAATGAATAATCATGCATAAGTATTTTGCTTAAAATATCGGCAATATTTGGAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATTGCGCTCTTAATTGCg > 1:2073411/1‑151 (MQ=255)
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cATTATTAATATCGTGAATGAATAATCATGCATAAGTATTTTGCTTAAAATATCGGCAATATTTGGAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATTGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGt < 2:2107204/151‑1 (MQ=255)
cATTATTAATATCGTGAATGAATAATCATGCATAAGTATTTTGCTTAAAATATCGGCAATATTTGGAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATTGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGt < 2:194586/151‑1 (MQ=255)
tattaATATCGTGAATGAATAATCATGCATAAGTATTTTGCTTAAAATATCGGCAATATTTGGAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATTGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAAc > 2:1884117/1‑151 (MQ=255)
attaATATCGTGAATGAATAATCATGCATAAGTATTTTGCTTAAAATATCGGCAATATTTGGAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATTGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACa < 1:1510751/151‑1 (MQ=255)
attaATATCGTGAATGAATAATCATGCATAAGTATTTTGCTTAAAATATCGGCAATATTTGGAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATTGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACa < 2:167490/151‑1 (MQ=255)
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gaatgaatAATCATGCATAAGTATTTTGCTTAAAATATCGGCAATATTTGGAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATTGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACATGAACCTTga < 1:418312/150‑1 (MQ=255)
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atgaatAATCATGCATAAGTATTTTGCTTAAAATATCGGCAATATTTGGAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATTGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACATGAACCTTgacg > 2:1978175/1‑150 (MQ=255)
atgaatAATCATGCATAAGTATTTTGCTTAAAATATCGGCAATATTTGGAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATTGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACATGAACCTTgacg > 2:675767/1‑150 (MQ=255)
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aataatCATGCATAAGTATTTTGCTTAAAATATCGGCAATATTTGGAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATTGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACATGAACCTTGACGACaa < 1:1322771/151‑1 (MQ=255)
aataatCATGCATAAGTATTTTGCTTAAAATATCGGCAATATTTGGAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATTGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACATGAACCTTGACGACa > 1:1927276/1‑150 (MQ=255)
aataatCATGCATAAGTATTTTGCTTAAAATATCGGCAATATTTGGAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATTGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACATGAACCTTGACGACa > 2:2158270/1‑150 (MQ=255)
ataatCATGCATAAGTATTTTGCTTAAAATATCGGCAATATTTGGAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATTGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACATGAACCTTGACGACaa > 2:130278/1‑150 (MQ=255)
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aaGTATTTTGCTTAAAATATCGGCAATATTTGGAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATTGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACATGAACCTTGACGACAAATCGCTGTTTCtt < 2:1244845/151‑1 (MQ=255)
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tATTTTGCTTAAAATATCGGCAATATTTGGAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATTGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACATGAACCTTGACGACAAATCGCTGTTTCTTGAc > 2:1066871/1‑151 (MQ=255)
tATTTTGCTTAAAATATCGGCAATATTTGGAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATTGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACATGAACCTTGACGACAAATCGCTGTTTCTTGAc > 2:866201/1‑151 (MQ=255)
tATTTTGCTTAAAATATCGGCAATATTTGGAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATTGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACATGAACCTTGACGACAAATCGCTGTTTCTTGAc > 1:249840/1‑151 (MQ=255)
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aaaaTATCGGCAATATTTGGAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATTGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACATGAACCTTGACGACAAATCGCTGTTTCTTGACGCCATGGaa < 1:1587601/150‑1 (MQ=255)
aaaTATCGGCAATATTTGGAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATTGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACATGAACCTTGACGACAAATCGCTGTTTCTTGACGCCATGGAAGa < 1:1843921/151‑1 (MQ=255)
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atatCGGCAATATTTGGAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATTGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACATGAACCTTGACGACAAATCGCTGTTTCTTGACGCCATGGAAGATg > 2:1429703/1‑151 (MQ=255)
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atCGGCAATATTTGGAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATTGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACATGAACCTTGACGACAAATCGCTGTTTCTTGACGCCATGGAAGATGTc > 1:893637/1‑151 (MQ=255)
atCGGCAATATTTGGAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATTGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACATGAACCTTGACGACAAATCGCTGTTTCTTGACGCCATGGAAGATGTc > 2:1978302/1‑151 (MQ=255)
atCGGCAATATTTGGAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATTGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACATGAACCTTGACGACAAATCGCTGTTTCTTGACGCCATGGAAGATGTc > 2:1188397/1‑151 (MQ=255)
atCGGCAATATTTGGAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATTGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACATGAACCTTGACGACAAATCGCTGTTTCTTGACGCCATGGAAGATGTc > 1:1060382/1‑151 (MQ=255)
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gCAATATTTGGAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATTGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACATGAACCTTGACGACAAATCGCTGTTTCTTGACGCCATGGAAGATGTCCAGc > 2:1619594/1‑151 (MQ=255)
aaTATTTGGAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATTGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACATGAACCTTGACGACAAATCGCTGTTTCTTGACGCCATGGAAGATGTCCAGCCg > 1:873042/1‑151 (MQ=255)
aaTATTTGGAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATTGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACATGAACCTTGACGACAAATCGCTGTTTCTTGACGCCATGGAAGATGTCCAGCCg < 1:939085/151‑1 (MQ=255)
atTTGGAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATTGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACATGAACCTTGACGACAAATCGCTGTTTCTTGACGCCATGGAAGATGTCCAGCCGCTg > 1:1159341/1‑151 (MQ=255)
atTTGGAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATTGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACATGAACCTTGACGACAAATCGCTGTTTCTTGACGCCATGGAAGATGTCCAGCCGCTg < 2:508802/151‑1 (MQ=255)
tttGGAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATTGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACATGAACCTTGACGACAAATCGCTGTTTCTTGACGCCATGGAAGATGTCCAGCCGCTg > 1:935531/1‑150 (MQ=255)
ggAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATTGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACATGAACCTTGACGACAAATCGCTGTTTCTTGACGCCATGGAAGATGTCCAGCCGCTGAAAc > 1:1880814/1‑151 (MQ=255)
gAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATTGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACATGAACCTTGACGACAAATCGCTGTTTCTTGACGCCATGGAAGATGTCCAGCCGCTGAAACg > 2:1561631/1‑151 (MQ=255)
aCTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATTGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACATGAACCTTGACGACAAATCGCTGTTTCTTGACGCCATGGAAGATGTCCAGCCGCTGAAACGTg < 2:95214/151‑1 (MQ=255)
cTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATTGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACATGAACCTTGACGACAAATCGCTGTTTCTTGACGCCATGGAAGATGTCCAGCCGCTGAAACGTGCTACCGAt > 1:1895329/1‑151 (MQ=255)
ggAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATTGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACATGAACCTTGACGACAAATCGCTGTTTCTTGACGCCATGGAAGATGTCCAGCCGCTGAAACGTGCTACCGAt < 1:1703678/149‑1 (MQ=255)
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gAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATTGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACATGAACCTTGACGACAAATCGCTGTTTCTTGACGCCATGGAAGATGTCCAGCCGCTGAAACGTGCTACCGATGTc > 2:828141/1‑151 (MQ=255)
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aTCATATTGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACATGAACCTTGACGACAAATCGCTGTTTCTTGACGCCATGGAAGATGTCCAGCCGCTGAAACGTGCTACCGATGTCCACTGGCATCCAACGCGTAACCAACGTGCGCCGCAGCGTAt > 2:282491/1‑151 (MQ=255)
tCATATTGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACATGAACCTTGACGACAAATCGCTGTTTCTTGACGCCATGGAAGATGTCCAGCCGCTGAAACGTGCTACCGATGTCCACTGGCATCCAACGCGTAACCAACGTGCGCCGCAGCGTATc > 2:779835/1‑151 (MQ=255)
|
GATTTCACGAAAATATAAGTTACATTATTAATATCGTGAATGAATAATCATGCATAAGTATTTTGCTTAAAATATCGGCAATATTTGGAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATCGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACATGAACCTTGACGACAAATCGCTGTTTCTTGACGCCATGGAAGATGTCCAGCCGCTGAAACGTGCTACCGATGTCCACTGGCATCCAACGCGTAACCAACGTGCGCCGCAGCGTATCGAC > NC_000913/1405803‑1406098
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
