Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F50 I3 R1
|
143 |
109.6 |
3434427 |
98.5% |
3382910 |
150.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,226,979 |
A→G |
intergenic (+11/+92) |
ycgJ → / ← pliG |
uncharacterized protein/periplasmic inhibitor of g‑type lysozyme |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,226,979 | 0 | A | G | 97.9%
| 539.4
/ 0.4
| 140 | intergenic (+11/+92) | ycgJ/pliG | uncharacterized protein/periplasmic inhibitor of g‑type lysozyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/1); new base G (65/72); total (67/73) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.07e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.46e-01 |
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
TTACATTCGCTAACGGTGTATTTTGCGATGTTAAAGAAAAATTATGTCGTGATGATCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTC > NC_000913/1226832‑1227124
|
ttACATTCGCTAACGGTGTATTTTGCGATGTTAAAGAAAAATTATGTCGTGATGATCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCAt > 2:66600/1‑151 (MQ=255)
ttACATTCGCTAACGGTGTATTTTGCGATGTTAAAGAAAAATTATGTCGTGATGATCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCAt > 2:691671/1‑151 (MQ=255)
cATTCGCTAACGGTGTATTTTGCGATGTTAAAGAAAAATTATGTCGTGATGATCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTAt < 2:1687963/151‑1 (MQ=255)
ttCGCTAACGGTGTATTTTGCGATGTTAAAGAAAAATTATGTCGTGATGATCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGt > 1:64912/1‑151 (MQ=255)
tCGCTAACGGTGTATTTTGCGATGTTAAAGAAAAATTATGTCGTGATGATCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGt < 2:727103/150‑1 (MQ=255)
cGCTAACGGTGTATTTTGCGATGTTAAAGAAAAATTATGTCGTGATGATCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGtt < 1:1575411/150‑1 (MQ=255)
gCTAACGGTGTATTTTGCGATGTTAAAGAAAAATTATGTCGTGATGATCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCt > 1:1000518/1‑151 (MQ=255)
aaCGGTGTATTTTGCGATGTTAAAGAAAAATTATGTCGTGATGATCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTa < 1:1252301/149‑1 (MQ=255)
aaCGGTGTATTTTGCGATGTTAAAGAAAAATTATGTCGTGATGATCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTAtt > 2:531936/1‑151 (MQ=255)
aaCGGTGTATTTTGCGATGTTAAAGAAAAATTATGTCGTGATGATCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAAATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTAt < 1:1661197/150‑1 (MQ=255)
cGGTGTATTTTGCGATGTTAAAGAAAAATTATGTCGTGATGATCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCg < 1:866814/151‑1 (MQ=255)
cGGTGTATTTTGCGATGTTAAAGAAAAATTATGTCGTGATGATCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCg > 2:1486917/1‑151 (MQ=255)
ggTGTATTTTGCGATGTTAAAGAAAAATTATGTCGTGATGATCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGt < 1:1313834/151‑1 (MQ=255)
aTTTTGCGATGTTAAAGAAAAATTATGTCGTGATGATCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCAtt < 1:1493775/150‑1 (MQ=255)
ttttGCGATGTTAAAGAAAAATTATGTCGTGATGATCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTa > 2:126820/1‑150 (MQ=255)
aTGTTAAAGAAAAATTATGTCGTGATGATCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTg > 2:1254747/1‑151 (MQ=255)
tGTTAAAGAAAAATTATGTCGTGATGATCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTg > 2:1303747/1‑150 (MQ=255)
gTTAAAGAAAAATTATGTCGTGATGATCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAg < 1:1128186/151‑1 (MQ=255)
gAAAAATTATGTCGTGATGATCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACag < 1:1426020/151‑1 (MQ=255)
aaaaaTTATGTCGTGATGATCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTC‑TGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACag > 1:663072/1‑149 (MQ=255)
aaaTTATGTCGTGATGATCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACagaga < 2:16971/151‑1 (MQ=255)
aaaTTATGTCGTGATGATCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACag > 2:919237/1‑148 (MQ=255)
tATGTCGTGATGATCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAgagg > 2:563766/1‑149 (MQ=255)
tATGTCGTGATGATCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAgagg > 2:142946/1‑149 (MQ=255)
aTGTCGTGATGATCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAgaggag < 2:1059889/150‑1 (MQ=255)
aTGTCGTGATGATCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGt < 2:602151/151‑1 (MQ=255)
tGTCGTGATGATCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTg > 1:492648/1‑151 (MQ=255)
gTCGTGATGATCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTgg > 2:188442/1‑151 (MQ=255)
tCGTGATGATCGTTACTTTGGTGTGGATGGCAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTggg > 2:1166282/1‑151 (MQ=255)
atgatCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCAtt > 1:1178704/1‑151 (MQ=255)
gatCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTa < 2:499292/150‑1 (MQ=255)
atCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAAc > 2:1138581/1‑151 (MQ=255)
atCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAAc < 1:508235/151‑1 (MQ=255)
atCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAAc > 2:1668761/1‑151 (MQ=255)
atCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAAc < 2:938965/151‑1 (MQ=255)
atCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAAc > 1:1632488/1‑151 (MQ=255)
tCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACg > 1:227572/1‑151 (MQ=255)
tCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACg > 2:483822/1‑151 (MQ=255)
tCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACg > 2:1377682/1‑151 (MQ=255)
cGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGt > 1:270506/1‑151 (MQ=255)
gTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGtt > 1:324006/1‑151 (MQ=255)
tATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCGCCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGttg < 1:613849/150‑2 (MQ=255)
aTTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTa < 1:988862/150‑1 (MQ=255)
tttGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATg < 1:841098/150‑1 (MQ=255)
ggTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGa < 1:436331/148‑1 (MQ=255)
gtgtGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACgtg < 1:1555924/151‑3 (MQ=255)
ggATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGgaga < 1:1500682/151‑1 (MQ=255)
ggATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGgaga < 1:1582687/151‑1 (MQ=255)
ggTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTc < 2:1710252/150‑1 (MQ=255)
gTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTccc > 1:643783/1‑151 (MQ=255)
tAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTcccc > 2:961650/1‑151 (MQ=255)
aGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGt < 2:338716/151‑1 (MQ=255)
aGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGt < 2:233395/151‑1 (MQ=255)
gCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTc < 2:366522/151‑1 (MQ=255)
gCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTc < 2:661034/151‑1 (MQ=255)
aaaaaTCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACAt > 2:1424881/1‑151 (MQ=255)
aaaTCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACAttt < 1:8886/151‑1 (MQ=255)
aaaTCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACAttt > 1:778376/1‑151 (MQ=255)
atcaaACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTaa < 2:1496993/151‑1 (MQ=255)
atcaaACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTa > 1:619889/1‑150 (MQ=255)
aaaCCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCGCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTATCGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAAttt < 2:1662780/151‑1 (MQ=255)
accaccACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGa < 2:733954/151‑1 (MQ=255)
caccacAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAat > 1:551634/1‑151 (MQ=255)
ccacAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAat > 2:463002/1‑149 (MQ=255)
caAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCg > 2:389459/1‑150 (MQ=255)
caAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGa < 1:563715/151‑1 (MQ=255)
caAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGa < 2:846550/151‑1 (MQ=255)
aaaGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGAc < 1:394195/151‑1 (MQ=255)
aaaGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGAc < 1:719508/151‑1 (MQ=255)
aGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACg > 2:1320401/1‑150 (MQ=255)
gATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGtt < 1:871229/151‑1 (MQ=255)
tGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTtat > 2:1114160/1‑151 (MQ=255)
gTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTtata < 1:104735/151‑1 (MQ=255)
ttatttatGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTatat > 1:1563871/1‑151 (MQ=255)
ttatttatGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGCCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTatat > 2:32165/1‑151 (MQ=255)
tatttatGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTatat < 1:201930/150‑1 (MQ=255)
atttatGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATAtt < 2:1072404/150‑1 (MQ=255)
ttatGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATAttttt > 2:613629/1‑151 (MQ=255)
tatGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGCCGTTATAtttttt > 2:1608/1‑151 (MQ=255)
tatGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATAtttttt > 2:1442760/1‑151 (MQ=255)
atGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTa < 1:167736/151‑1 (MQ=255)
tgtgTCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATAtttttt > 2:415354/1‑149 (MQ=255)
gtgtCGTGAGTGATGTCTTGTTTGCATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAg < 2:1580125/150‑1 (MQ=255)
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|
TTACATTCGCTAACGGTGTATTTTGCGATGTTAAAGAAAAATTATGTCGTGATGATCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTC > NC_000913/1226832‑1227124
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
