Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
747,422 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 747,422 | 0 | A | T | 99.5%
| 450.2
/ ‑5.8
| 192 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (84/106); minor base C (1/0); total (85/107) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.45e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 |
| * | CP042583 | 747,423 | 0 | G | C | 99.0%
| 435.8
/ NA
| 192 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (83/105); total (85/107) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 747,424 | 0 | C | G | 99.5%
| 445.2
/ NA
| 192 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (83/107); total (85/107) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.40e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 192 total aligned reads displayed.
CCACGCGTATAGGCGAGAAACTGAGTCTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGAGC‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCAGCCGCCGCACCGTACG‑TAGCCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑AGTAGC‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGCAACGGA > CP042583/747153‑747700
|||
ccACGCGTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGggcgg > 1:1873055/1‑289 (MQ=255)
cACGCGTATAGGCGAGAAACGGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTACTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGggcgg < 1:1439519/288‑1 (MQ=255)
cgcgTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTg < 1:2125857/289‑1 (MQ=255)
ggTATAGGCGGGAGACTGTCACTGGAAGATCGCGGTGGTGGCTATAGGCTGGTGCTGGAGAGCGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGGTGGGATTCGTTAGGCTGCCGTTGCTGGCGTGGGTCGCCCAGTCG‑CCGATTAGCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTgg < 2:1821085/287‑1 (MQ=255)
taGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGAt < 2:630805/289‑1 (MQ=255)
gaAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGGGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGAt < 1:452976/288‑1 (MQ=255)
gtcacTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTa > 1:2207158/5‑289 (MQ=255)
aaaGACCTCGGTCTGGACTATAAGCTGGTGCTGGAGAACGGCCGCTGTGTGACGGGCGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCAAGTCG‑CCGATTATCCTCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCg < 1:1034389/289‑1 (MQ=255)
aCTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCgctgc < 2:749992/288‑1 (MQ=255)
gTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGGCTATTTGTCGCTGCCGCgg > 1:1271262/1‑288 (MQ=255)
cGTGACTATAAGCTGGGGCTGATGAACGGGCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGTGCGTGGATTCGTTAGGCTGCCGTTGCTGGCGTGGATGTCCAAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTAGTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCa < 2:1590136/288‑1 (MQ=255)
gtgttaataCGCTGGGTCTGGAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGGTGGCGGTAGGATTCGTTAGTCTGGCGTTGCTGGGCGGGCTCGCGCAATCG‑GTGAGTGTCTTCATTGCCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATGCTGCTTGCTGCAAGTGTCGAGTTTCGGAGAGTTAAGTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGGGTCTGTCATCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTCTTATGGGCGGTTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCaa < 2:503775/282‑1 (MQ=255)
aCTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGCGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTTCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTTTTAGCGCGTCTGACCTCCCGCCGCACCGTACG‑TTTGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATTATTTGTCTATTTGTCGCTGCTGCGGCAACGGt > 1:1997101/1‑289 (MQ=255)
aCTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTgg < 1:1478961/248‑1 (MQ=255)
aCTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGAt < 1:1180699/259‑1 (MQ=255)
taAGGTGGTGCGGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCGGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATc < 2:1983408/289‑1 (MQ=255)
ggTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATctcatcg < 1:1135107/289‑7 (MQ=255)
gTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTTGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGGTCCCCCA‑AGCGCCGATTATCATCCTTACCGGCCAGCCGTTGAGCAGCCCTGAATATGGCTTTCTGCCAGTTCCTATTTTCGGGGCGTTAATTTCGGGTTACTTGCCGGTAGCGCGTCTGACCTCCCCCCGCCCCGCACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCCGGCCGACTCTGCTTGGTCCTTTGGTCGCCTCTGCGGCCACGGTTagctcctcg > 2:211887/1‑280 (MQ=255)
gTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGGTCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGGTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCCCCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTTTGATTGGTGTATTGGTCGCTGCTGGGGCAACGGTTATctcattg > 1:765157/1‑282 (MQ=255)
gTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATctcatcg > 1:1065532/1‑282 (MQ=255)
gTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGAGCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCCAGCAGTTGAGCAGCTATGAAAATGGCTTGCTGCAAGTACCCATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCCCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTTTGGGCGGCTGGCCTGGTCTGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCTGCAACGGTTGTctcagcg > 2:1511805/1‑282 (MQ=255)
tGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTTGCGCTGGGGTTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGGACGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCCGTTTAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGGTCCTATTTTCGGGGCGTTAATTTCGGGTAAATTGTTGTTAGCGCCTCTGACCTCGCGCCGCCCCGTACGTTCGCCT‑CTTATTATGGGCGGCTGGGCGCGTCTGATTGGTCTCTTGTTGGCTGCTGCGGCAACgggtttcctctccg > 2:1641003/1‑276 (MQ=255)
tGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGGTTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTTG‑CCGATTATCATCATTAACGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGGTAATTGCGGGTAACTTTCTGTTGGCTCGTCTGACCTCTCGCCGCCCCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGGGGCTGGCCGATTATGATTGGGCTATTTGTCGTGGCCGCGGCAACGGTGATctcatcgc > 2:939328/1‑281 (MQ=255)
tGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCCATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCCCGTCTTACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTTTTATGGGCGGCCGGCCGATTTTGACTGGTTTATTGGGCGCTGCTGTCGCCACGGTTATcccctccc > 2:2054803/1‑281 (MQ=255)
aagaaCGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGAGCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGGTATctcatcgcacgcgg > 1:1434257/1‑276 (MQ=255)
cGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCG‑CACGCGTATTTa > 1:322243/1‑289 (MQ=255)
ccGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCG‑CACGCGTATTTATgg > 1:912753/1‑289 (MQ=255)
gCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCG‑CACGCGTATTTATGGAt < 2:715823/289‑1 (MQ=255)
gCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCG‑CACGCGTATTTATGGAt < 1:851496/289‑1 (MQ=255)
tttGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGACG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATctcatcgcacgcgt < 1:1811753/277‑14 (MQ=255)
tgcgggtgtgcgtgcgctggGTTCTTTTGGTGTGCCGTTGCTGGGGTGGAGCGCCCAATCG‑CCGATTATCAGCATTACCGGGGAGCAGTTGAGCAGCTATGAGTATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGTGGCGTTAATTTCGGGTAACTTGCTGTTATCGCGTCTGACCTCGCTCCGAACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGTCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGc < 2:1721109/275‑1 (MQ=255)
ggCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGc < 1:1591001/288‑1 (MQ=255)
gCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGcc < 1:1688294/288‑1 (MQ=255)
gggCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGt < 1:1404261/288‑1 (MQ=255)
ggcgctggcgctGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGtt < 1:2054803/288‑1 (MQ=255)
gggcgggcgctggGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGGGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTa < 2:87826/283‑1 (MQ=255)
gcgctggcggtgGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTa < 2:322243/288‑1 (MQ=255)
gcgctggcgctgGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTa < 1:1538433/288‑1 (MQ=255)
gcgctggcgctgGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTa < 1:18969/288‑1 (MQ=255)
tggcgctggGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGGAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCCGCTGCGGCAACGGTTATC‑‑TTATCGCACGCGTATTTTTGGATGACTGCAGGGTTAAGTAt > 2:220839/1‑289 (MQ=255)
cgctggGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTAttt < 1:1787711/288‑1 (MQ=255)
cgctggGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTAttt < 2:1352756/288‑1 (MQ=255)
gctggGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTa < 2:918970/288‑1 (MQ=255)
ctggGGTTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTAt < 1:1177091/288‑1 (MQ=255)
tggGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGtt < 1:711528/239‑1 (MQ=255)
aTTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGTGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCttt < 1:1109902/288‑1 (MQ=255)
aTTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCttt < 1:651658/288‑1 (MQ=255)
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gcACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGCAACgg < 1:2159049/289‑1 (MQ=255)
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CCACGCGTATAGGCGAGAAACTGAGTCTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGAGC‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCAGCCGCCGCACCGTACG‑TAGCCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑AGTAGC‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGCAACGGA > CP042583/747153‑747700
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
