Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
807,149 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 807,149 | 0 | A | T | 99.7%
| 799.3
/ NA
| 341 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (172/167); minor base C (1/0); total (173/168) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 |
| * | CP042583 | 807,150 | 0 | G | C | 99.4%
| 796.8
/ NA
| 341 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base C (170/168); total (173/168) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 807,151 | 0 | C | G | 99.1%
| 795.5
/ NA
| 341 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base G (171/167); total (173/168) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 341 total aligned reads displayed.
AATAGCCGCCCGACCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTAGTCCAATGCGCGCTTTTAA‑CAGCCTCAACCGGGTAGGGGCTAGTGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCG‑GTAGCATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGAGTCCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCATCTGGACGCCGATGGGCTTCTTCCTGACGATGTTTATGGGCGGCCCGTTACTGGGTTAC > CP042583/806869‑807430
|||
aaTAGCCGCCCGACCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAAc < 2:1810848/289‑1 (MQ=255)
tAGCCGCCCGACCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCGTGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCg > 1:1906266/1‑289 (MQ=255)
cccGACCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCCTAGGCTTTATCGCCTCTATGCCCCATCTTGGTTCCCTCATCGGCGCTTTTAA‑CTTGCCCAACCGGGTAgg > 2:558822/1‑289 (MQ=255)
cccGACCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAgg > 2:2087998/1‑289 (MQ=255)
cccGACCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAgg > 1:1739224/1‑289 (MQ=255)
aTACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCttcagca < 1:1072575/288‑7 (MQ=255)
tACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTAGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGTCCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTATATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCttcagcact < 1:1966972/289‑9 (MQ=255)
tGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTa > 1:1328584/1‑288 (MQ=255)
ggCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCttca < 2:832971/277‑4 (MQ=255)
aggaggTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTTGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCTCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATGGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCATTTAATCCGCC‑CTACCGGGTAGTGGCTTCCGCACCCCGTACCGCAATCCCCAGCG‑Gttcgt > 2:1655056/1‑285 (MQ=255)
gtgtGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCG‑GTTCGATCttt > 2:1715259/1‑289 (MQ=255)
ggAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCttcagc < 1:509254/245‑6 (MQ=255)
gAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGCTGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTGTTAA‑CTCGCCCAACCCGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTCACCACACCGCCAGCG‑GT‑TCGTCtttttttgacctcg > 2:1166651/1‑280 (MQ=255)
gAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCG‑GTTCGATCTTTTTTGCCGTAgg > 1:35435/1‑289 (MQ=255)
gAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCG‑GTTCGATCTTTTTTGCCGTAg > 1:709511/1‑288 (MQ=255)
gAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCG‑GTTCGATCTTTTTTGCCGTAg > 2:1956930/1‑288 (MQ=255)
gATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCG‑GTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCa > 1:517473/1‑288 (MQ=255)
ggCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAACTCGCCAGCG‑GTCCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCCTCgg > 2:399689/1‑289 (MQ=255)
ccGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTa < 1:381998/232‑1 (MQ=255)
cGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCG‑GTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGc > 1:682642/1‑289 (MQ=255)
cGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCG‑GTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGc > 2:549992/1‑289 (MQ=255)
cACGGTCTTCGGGAAATGTGTGGACGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCG‑GTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAg < 2:60735/289‑1 (MQ=255)
tCTTCGGGCAATGGGTAGCAGGTGGTGTTATCGTTATGGCTTTGGGGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCG‑GTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTgt < 2:924830/288‑2 (MQ=255)
gCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCG‑GTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTgtcaccggc < 2:485576/288‑9 (MQ=255)
atggtgtGGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCG‑GTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCAt < 2:798755/285‑1 (MQ=255)
aTGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCG‑GTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCAtt > 1:924830/1‑288 (MQ=255)
aTGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCG‑GTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTg > 1:483568/1‑289 (MQ=255)
aTGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCG‑GTGCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAAGGCTGAAAAAGCTgtcaccggctatg > 2:1375632/1‑277 (MQ=255)
gtgtAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCG‑GTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCg < 1:2045101/289‑1 (MQ=255)
gtggtTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCG‑GTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCt > 1:990257/1‑240 (MQ=255)
gtggtTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCG‑GTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCttgg > 2:1700085/1‑286 (MQ=255)
gtggtTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCG‑GTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCtgtg > 1:329646/1‑289 (MQ=255)
gtggtTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCG‑GTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCtgtg > 1:1485203/1‑289 (MQ=255)
gtggtTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGCAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCG‑GTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCtgtg > 2:241458/1‑289 (MQ=255)
ggtTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCG‑GTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTgtcaccggc > 1:286797/1‑264 (MQ=255)
ggtTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCG‑GTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCGTTAGGTGTGGc > 2:1092381/1‑289 (MQ=255)
ggtTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCG‑GTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCtgtg > 1:1534993/1‑287 (MQ=255)
ggtTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCG‑GTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCtgtg > 1:2114984/1‑287 (MQ=255)
ggtTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCG‑GTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCTGTgg < 1:1140062/288‑1 (MQ=255)
ggtTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCG‑GTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCTGTgg > 2:1140062/1‑288 (MQ=255)
cTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCG‑GTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGa > 1:1587454/1‑289 (MQ=255)
tgctCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCG‑GTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCg < 2:149670/288‑1 (MQ=255)
tgctCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCG‑GTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCg < 1:2087323/288‑1 (MQ=255)
cGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCG‑GTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGt < 1:1790580/288‑1 (MQ=255)
cGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTATAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCG‑GTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGt < 2:272588/288‑1 (MQ=255)
gACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCG‑GTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCt < 1:184026/289‑1 (MQ=255)
aCCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCG‑GTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCAt < 1:944564/196‑1 (MQ=255)
aCCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAA‑CTCGCTCAACCGGGTAGGGGCTTCAGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCG‑GTTCGATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTgtcacc > 1:555829/1‑227 (MQ=255)
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|||
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|
| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A