Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,045,571 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,045,571 | 0 | A | T | 97.1%
| 476.8
/ NA
| 215 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (106/98); minor base C (6/0); total (116/99) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.11e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,045,572 | 0 | G | C | 99.1%
| 490.3
/ NA
| 215 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (115/97); total (116/99) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.13e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,045,573 | 0 | C | G | 99.5%
| 501.4
/ NA
| 215 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (114/99); total (116/99) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
CGGCCTGGCATTATTTTGTATGGCGCTAGCCCGTCCGGTCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCAGCATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTA‑CGCCGGTTGAGCTGTG‑GGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCT‑GCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCA‑ACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCC > CP042583/1045292‑1045846
|||
cGGCCTGGCATTATTTTGTATGGCGCTTCGCCGTCCGGTCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGata > 1:57814/1‑289 (MQ=255)
ggCATTATTTTGTATGGCGCTTCGCCGTCCGGTCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAATAGCGGGCGCGCGTGTGGGCTACGTCGGTCGCTATACTGCGCGCGGTGAACAGCGAATCGGGATTGTCGCCGCAGGCTACGCCGGCGGTTATCCGCGCCACGCCCCTACCGGTACCGCTGTCTTAGTGTGC‑GGCGTGCGCTCCATGACGGTGGGGCCCTTCGCTATAGATATGcgc > 2:2116373/1‑286 (MQ=255)
ggCATTATTTTGTATGGCGCTTCGCCGTCCGGTCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGCGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCCCGCGCCTACCGGCACCCCTGTTTTCGTTGAC‑CGCGTGGGCACCATGACGGTTGGGACCGTCGTGATGGCTATGCTa > 2:1931538/1‑288 (MQ=255)
ggCATTATTTTGTATGGCGCTTCGCCGTCCGGTCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTa > 1:758991/1‑288 (MQ=255)
ggCATTATTTTGTATGGCGCTTCGCCGTCCGGTCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCCCGATGGATATGCTAg > 1:1973243/1‑289 (MQ=255)
gTATGGCTCGTGGCCGGCCGGTCGGTGGCTGGTTATCGACAATACCGGGTTAGGTCCGGTGATGACGCTAGGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTa < 2:1608593/289‑1 (MQ=255)
attgcgcttcgccGTCCGGTCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGACGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAAc < 1:671183/278‑1 (MQ=255)
cgcttcgccGTCCGGTCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCt > 1:250536/8‑289 (MQ=255)
gccGTCCGGTCAGTGGCGTGAGATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTTCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCg < 1:1931538/288‑1 (MQ=255)
ccGTCCGGTCAGTGGGGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCg < 1:1407889/288‑1 (MQ=255)
cctgTCCGTGGCGGGAAATCTCCATTACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAGGAAGTTGGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGTGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAgg < 2:415949/285‑1 (MQ=255)
gTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCCCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCCGGGTACGCCCCCGGTTATCCCCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTCTTTGTGGAC‑TGCGTGCGCCCCCTGACGGTGGGGACCGTCCCCATGGACACTGTACGGGTCGATCTAACTGCGTGcccctgactggctgtc > 2:2024135/1‑276 (MQ=255)
tGGCGTGATATCGCCAATGCCGGATTACGTCGGGGGATGACGCTAAGCGGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAGGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTAtt < 2:374638/288‑1 (MQ=255)
tGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTA‑c < 1:562064/288‑1 (MQ=255)
gggtatCGCAAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGTGATTATGGGTGTCCAGACGCGAAAAGCGGGCGAGCGGGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACGGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTA‑c < 2:1455623/285‑1 (MQ=255)
ggCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGTTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTA‑CGCCGGtt < 1:474495/288‑1 (MQ=255)
cAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTA‑CGCCGGTTGAg < 1:1762535/289‑1 (MQ=255)
tACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTA‑CGCCGGTTGAGcgg > 1:1971129/1‑287 (MQ=255)
tACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCCCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCCCGCTGGATATGCCAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACCGCCGGtgggctc > 2:26329/1‑283 (MQ=255)
ccGGATTACGTCCGGTGCTGACGCTAAGCAGTGGGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTA‑CGCCGGTTGAGCtg < 1:723245/287‑1 (MQ=255)
tGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGc < 2:1239443/231‑1 (MQ=255)
tGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGc > 1:1239443/1‑231 (MQ=255)
tGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTA‑CGCCGGTTGAGCTGTG‑GGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTcgcc > 1:2230669/1‑289 (MQ=255)
tGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCCCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCTGTACCCCTGTTTTCGTGGAC‑GGCGTGCGCCCCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCGAGAGGTCGATTTAACTCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTGGTA‑CGCCGGTTGAGCTGTT‑GTGCAAGGGGAATCAAATTGTAGATGTtgc > 2:1318678/1‑288 (MQ=255)
gagaTTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTA‑CGCCGGTTGAGC‑GTGTGGGCAAGGCGATCAAAATTGATTATGTcgcc > 2:1132668/1‑288 (MQ=255)
gaTTGTTGGTGTCCGGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGGTCCGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTA‑CGCCGGTTGAGCTGTG‑GGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTcgccgc < 2:61040/288‑1 (MQ=255)
ttattGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGt < 2:567659/202‑1 (MQ=255)
ttattGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGc > 2:461230/1‑226 (MQ=255)
ggTGTCCAGACGCTAAAGGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGACCAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTA‑CGCCGGTTGAGCTGTG‑GGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCT‑GCCg < 1:1036001/289‑1 (MQ=255)
ggTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTA‑CGCCGGGTTAGCTGTT‑GGGCCAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGGCGCCGCT‑GCCg > 2:311943/1‑289 (MQ=255)
tCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGCGATTGGTT‑CGCCGGTTTAGCTGTT‑GGGACAGGAGGTCAAAATTGATGATTTCCGCGGCGCT‑TCCGGGAc > 2:1993810/1‑289 (MQ=255)
tCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCCCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGGA‑CGCCGGTTGAGCTGTG‑GGGCAGGGCGATCAAAATTGGTGATGTCGCCGGCGCT‑GCCGGCAc > 2:738457/1‑289 (MQ=255)
ccAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTA‑CGCCGGTTGAGCTGTG‑GGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCT‑GCCGGAAc < 1:738457/288‑1 (MQ=255)
aaaCGCTAAAAGGGGGCGGGGGTGTGGGCTCCGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTA‑CGCCGGTTGAGCTGTG‑GGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCT‑GCCGGAACGGt < 2:250536/287‑1 (MQ=255)
tAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTA‑CGCCGGTTGAGCTGTG‑GGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCT‑GCCGGAACGGTGGGCt < 1:311943/288‑1 (MQ=255)
aaaaGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTA‑CGCCGGTTGAGCTGTG‑GGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCT‑GCCGGAACGGTGGGCTAt < 1:1473508/289‑1 (MQ=255)
gCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTA‑CGCCGGTTGAGCTGTG‑GGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCT‑GCCGGAACGGTggg < 1:1894285/273‑1 (MQ=255)
tACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTGGTA‑CGCCGGGTGGGCTGGT‑GGGCAAGGAGGTCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCG‑GCCGGGACGGTGGGCGTTGAGTTg > 2:1894285/1‑273 (MQ=255)
aCGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTA‑CGCCGGTTGAGCt > 2:708989/1‑208 (MQ=255)
cggcggTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTA‑CGCCGGTTGAGCTGTG‑GGGCAAGGAGATCAAAATTGAGGATGTCGCCGCCGCT‑GCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGAAGTGCGCGCTGGCGCt > 1:1139187/1‑288 (MQ=255)
gTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTA‑CGCCGGTTGAGCTGTG‑GGGCAAg < 2:774988/212‑1 (MQ=255)
gTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTA‑CGCCGGTTGAGCTGTG‑GGGCAAg > 1:774988/1‑212 (MQ=255)
tCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTA‑CGCCGGTTGAGCTGTG‑GGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCT‑GCCGGAACGGTGGGCTAt < 2:1631243/259‑1 (MQ=255)
tCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTA‑CGCCGGTTGAGCTGTG‑GGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCT‑GCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGt > 1:647817/1‑288 (MQ=255)
cGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGTGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTA‑CGCCGGTTGAGCTGTG‑GGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCT‑GCCGGAACGGTGGGCt < 1:100421/256‑1 (MQ=255)
cGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTA‑CGCCGGTTGAGCTGTG‑GGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCT‑GCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTc < 1:385128/288‑1 (MQ=255)
cGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTA‑CGCCGGTTGAGCTGTG‑GGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCT‑GCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTc < 1:1876147/288‑1 (MQ=255)
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ggTGGGGACCGTTTCGTTGGGTATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTA‑CGCCGGTTGAGCTGTG‑GGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCT‑GCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCA‑ACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGcc < 2:397918/288‑1 (MQ=255)
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CGGCCTGGCATTATTTTGTATGGCGCTAGCCCGTCCGGTCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCAGCATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTA‑CGCCGGTTGAGCTGTG‑GGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCT‑GCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCA‑ACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCC > CP042583/1045292‑1045846
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
