Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,045,571 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,045,571 | 0 | A | T | 95.6%
| 394.5
/ NA
| 183 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (100/75); minor base C (8/0); total (108/75) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.18e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,045,572 | 0 | G | C | 98.9%
| 417.1
/ NA
| 183 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (108/73); total (108/75) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.67e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,045,573 | 0 | C | G | 100.0%
| 424.7
/ NA
| 183 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (108/75); total (108/75) |
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
TCGGCCTGGCATTATTTTGTATGGCGCTAGCCCGTCCGGTCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCAGCATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATG‑TCGCCGCCGCTGCCGGAACGG‑TGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTT‑GTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGA > CP042583/1045291‑1045850
|||
tCGGCCTGGCATTATTTTGTATGGCGCTTCGCCGTCCGGTCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGat < 1:778602/289‑1 (MQ=255)
gCATTATTTTGTATGGCGCTTCGCCGTCCGGTCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGCCGGTGGGGCCCGTCCCGATGGATATGCTAGc > 1:377860/1‑289 (MQ=255)
cgcttcgccGTCCGGTCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGGCGGTGGGGGCCGTCCCGGTGGATATGCTAGCGGTCGTTTTAACGCCt > 2:730404/8‑289 (MQ=255)
cgcttcgccGTCCGGTCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGGTGTGACCGTCTCGGTGGATTTGCTAGCGGGCGATTTAAAGcag > 2:532963/8‑287 (MQ=255)
cgcttcgccGTCCGGTCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGGTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTTGGGACCGTCCCGGTGGATATGCTAGCGGTCGACTTAACGCCt > 2:1869250/8‑289 (MQ=255)
cgcttcgccGTCCGGTCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGAGCCTCCCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCCCGATGGATATGGTAACGGTCGATTTAACGCCt > 1:1056723/8‑289 (MQ=255)
cttcgccGTCCGGTCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCtt > 1:1127754/6‑288 (MQ=255)
tCCGGTCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTCGTGGACGGCGTGCGCCCCATGACGGTGGGGACCGTCTCGCTGGATATGCTATCGGTCGTTTTCACGCCTTTCCCGcgg > 2:1750187/1‑286 (MQ=255)
tCCGGTCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAgg > 1:1640368/1‑289 (MQ=255)
tCCGGTCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAg > 1:1528898/1‑288 (MQ=255)
ccGGTCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑c < 1:85261/289‑1 (MQ=255)
tCAGTGGGGTGATATCGCAAATACCGGGTTACGTCCGGGGAGGACGGTAAGCAGTGCGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑Cggg < 2:430139/288‑1 (MQ=255)
tCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑Cggg < 1:1257044/288‑1 (MQ=255)
tCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑Cggg < 1:1549022/288‑1 (MQ=255)
atatGGCGAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGAAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAGGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTACGc < 2:1415220/288‑1 (MQ=255)
tCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCCGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCCCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCGTGCCCCCAGC‑CGGGTTTTgggccttcggg > 2:454479/1‑280 (MQ=255)
cGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTACGCCGGtt < 1:730404/289‑1 (MQ=255)
aaTCCCGGATTCCGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGTGATGATTGGTGTCCAGACGCTAAGAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGc < 2:1276202/289‑1 (MQ=255)
tACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGCTTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGGATTGGTGCGCCGGTTGAGCtg > 2:1417880/1‑289 (MQ=255)
gATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTGGCTATACTGCGCGCGAAGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTAACGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCTTGCGCACCATGACGTTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACTCCTTGCCCGCAGG‑CTGGTATTGGTAAGCCGGTTGGGCTGTgggg > 1:471324/1‑289 (MQ=255)
gATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTTCGCCGGTTGAGCCgggggg > 1:1578362/1‑289 (MQ=255)
gATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTgggg > 1:959574/1‑289 (MQ=255)
aCGGCCGGGGATGAGGCAAGGGAGTGGGAGTATGGGTGTCCAGGCGTTAAAAGCGGGCGAGCGTGGGGGCTACGGCGGTGCCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAg < 2:1397/289‑1 (MQ=255)
tCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTACGc < 1:1724877/266‑1 (MQ=255)
ggTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGC‑GGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTTGACGGCGTGCGCACCATGAAGGTGGGGACCGTCTCGATGGATGTGCTAGCGGTCGAATTAACACCTTGCCCGCAGG‑CGGGGTTTGGTACGCCGGGTTAGCGGTGGGGCGAGGAGATCa > 2:590781/1‑289 (MQ=255)
cTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCTTGCGCACCATGACGGCGGGGACCGTCTCGATGGATCTGCTAGCGGTCGGTTTAACGCCATGCCCGGAGGCCGGGTATGGGT‑CGCCGGTGTCGCTTGGGGGCAAGGGGATCAAAAtgggtg > 2:299240/1‑284 (MQ=255)
tGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCACAATTGATGATG‑Tcgc > 1:1410520/1‑288 (MQ=255)
tGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATG‑Tcgcc > 1:1869152/1‑289 (MQ=255)
gagaTTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGTCTATGCTAGCGGTCGATTTAACGACTTGGCCGCCGG‑CGGGTATTGGTACGCCGGTTGGGCTGTTGGGCAAGGAGGTCAACATTTGTGTTG‑Tcgct > 2:1156128/1‑287 (MQ=255)
gagaTTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCCAGGGGATCAAAATTGCATATG‑Tcgcc > 2:574953/1‑288 (MQ=255)
gagaTTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATG‑Tcgcc > 1:1560454/1‑288 (MQ=255)
attGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGGTGGGCAAGGAGACCAAAATTGAATATG‑TCGCCGCCGCt > 2:170248/1‑288 (MQ=255)
attGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCCAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTACTGGTACGCTGGTTGAGCTTTGGGGCACGGAGATAGAAATTGTTGATG‑Tcggccgcggt > 2:452006/1‑280 (MQ=255)
ggTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGc > 1:1536203/1‑244 (MQ=255)
ggTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGc < 2:1536203/244‑1 (MQ=255)
tCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGGTTTGGTAAGCCGGGTGAGGCGTGGGGTAAGGAGATTAAAATTGATGATG‑TTGCCGCCGCTGCCGGacg > 1:1767688/1‑287 (MQ=255)
aCGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATG‑TCGCCGCCGCTGCCGGAACGG‑Tgg > 1:778321/1‑289 (MQ=255)
gCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAATGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGGACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGTGATCAAAATTGATGATG‑TCGCCGGCGCTTCCGGAACGG‑GGGGc > 2:776650/1‑289 (MQ=255)
cTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGCCGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACCGTGGGGACCGTCCCGATGGATATGCTAGCTGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTACTCCGGTTGAGCTGTGGGGCCAGGGGACCAACGTTGATGGTGCTCG‑CTCCGCTGCCCGCACGG‑Tgggac > 2:1006433/1‑287 (MQ=255)
aaaaGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTAATGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGGAGTCCAAATTGATGATG‑GCGCCGCCGCTGCCCGAACGGCTGGGcag > 2:1563206/1‑287 (MQ=255)
cgaggCTACGCGGGGCGCTATACTGCTCGCGCTGAACCGGGAGTCGGCGTCGAGGCAGTAGGGGACGCAGCGGGTTAGCCGCGCAACGCGCGTACCGGTACCCCAGTTTTAGTGGCCGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCAGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATG‑TCGACGCCGCTGCCGGAACGG‑TGGGCTATGAGTTGATGTgcgcg < 2:247746/285‑1 (MQ=255)
tgGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATG‑TCGCCGCCGCTGCCGGAACGG‑TGGGCTATGAGTTGATGTgcgcgc < 1:1652081/288‑1 (MQ=255)
ggcggTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATG‑TCGCCGCCGCTGCCGGAACGG‑TGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTAc > 1:1287859/1‑289 (MQ=255)
tCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATG‑TCGCCGCCGCTGCCGGAACGG‑TGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGt > 1:1377822/1‑288 (MQ=255)
cGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGACTCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATG‑TCGCCGCCGCTGCCGGAACGG‑TGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTc < 1:310913/288‑1 (MQ=255)
gcgcgcGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATG‑TCGCCGCCGCTGCCGGAACGG‑TGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTt‑gtg > 1:1510645/1‑288 (MQ=255)
cgcgcgATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATG‑TCGCCGGCGCCTCCGGAACGG‑TGGGCTCTGAGTTGATGTGCGGGCTGGCGCTACGGCTCCCCGGt‑gtggc > 2:492357/1‑287 (MQ=255)
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tGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATG‑TCGCCGCCGCTGCCGGAACGG‑TGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTT‑GTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGGCAGCAACTTGAGTTGTTAATGTGACAGAGCCCTTGCCCAt > 2:1312737/1‑289 (MQ=255)
gggACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATG‑TCGCCGCCGCTGCCGGAACGG‑TGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTT‑GTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGa > 1:1622860/1‑289 (MQ=255)
gggACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATG‑TCGCCGCCGCTGCCGGAACGG‑TGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTT‑GTGACGGGGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGTCGTTGGGGCGCAAAAAAATCATCCATCCTGCGTGGCCGCCACTGTAGTTGTTAAGTCGACAGAGCCATTGCCCAAGa > 2:911016/1‑289 (MQ=255)
|||
TCGGCCTGGCATTATTTTGTATGGCGCTAGCCCGTCCGGTCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCAGCATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATG‑TCGCCGCCGCTGCCGGAACGG‑TGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTT‑GTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGA > CP042583/1045291‑1045850
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
