Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,781,324 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,781,324 | 0 | A | T | 99.0%
| 746.8
/ NA
| 314 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (161/150); minor base G (0/3); total (161/153) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.15e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,781,325 | 0 | G | C | 99.7%
| 749.7
/ NA
| 314 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (160/153); total (161/153) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,781,326 | 0 | T | A | 99.4%
| 750.4
/ NA
| 314 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (160/151); minor base C (1/1); total (161/153) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 314 total aligned reads displayed.
GCACTATTTTGCCCAACTGCGGGGCGACGCCTCCGGCGATGCGCTCAATCGTCAGCGCGAAGCCTTTATGGCCCGCTGGATTGGATGGGCGATGCAGCAAAATAATGGCGACGTGTTAGTTGTCTGCGGTGGCTGGCACGCTCCGGCACTGGCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCAGCCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTAGTGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCAGCCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCA > CP042583/1781044‑1781604
|||
gcACTATTTTGCCCAACTGCGGGGCGACGCCTCCGGCGATGCGCTCAATCGTCAGCGCGAAGCCTTTATGGCCCGCTGGATTGGATGGGCGATGCAGCAAAATAATGGCGACGTGTTAGTTGTCTGCGGTGGCTGGCACGCTCCGGCACTGGCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAAtg < 1:78473/289‑1 (MQ=255)
cACTATTTTGCCCAACTGCGGGGCGACGCCTCCGGCGATGCGCTCAATCGTCAGCGCGAAGCCTTTATGGCCCGCTGGATTGGATGGGCGATGCAGCAAAATAATGGCGACGTGTTAGTTGTCTGCGGTGGCTGGCACGCTCCGGCACTGGCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAAtg > 1:2129377/1‑288 (MQ=255)
ttggCCCAACTGCGGGGCGACGCCTCCGGCGATGCGCTCAATCGTCAGCGCGAAGCCTTTATGGCCCGCTGGATTGGATGGGCGATGCAGCAAAATAATGGCGACGTGTTAGTTGTCTGCGGTGGCTGGCACGCTCCGGCACTGGCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGccc < 1:1704687/286‑1 (MQ=255)
cccAACTGCGGGGCGACGCCTCCGGCGATGCGCTCAATCGTCAGCGCGAAGCCTTTATGGCCCGCTGGATTGGATGGGCGATGCAGCAAAATAATGGCGACGTGTTAGTTGTCTGCGGTGGCTGGCACGCTCCGGCACTGGCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCgg < 2:1347355/288‑1 (MQ=255)
cgggggggCGGCGCCTCGGGCGTTGCGCTAAATCGTCGGCGCGAAGCCTTTATGGCCCGCTGGATTGGATGGGCGATGCAGCAAAATAATGGCGACGTGTTAGTTGTCTGCGGTGGCTGGCACGCTCCGGCACTGGCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGc < 2:1560412/285‑1 (MQ=255)
gctgcggcTCCGGCGATGCGGTCAATGGTCAGCGCGAAGCCGTTCTGGCCGGGTGGATTGGATGGGCGATGCAGCAAAATAATGGCGACGGGTTAGTTGTCTGCGGTGGCTGGCACGCTCCGGCACTGGCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACt < 2:2168743/281‑1 (MQ=255)
cGCCTCCGGCGATGCGCTCAATCGTCAGCGCGAAGCCTTTATGGCCCGCTGGATTGGATGGGCGATGCAGCAAAATAATGGCGACGTGTTAGTTGTCTGCGGTGGCTGGCACGCTCCGGCACTGGCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGc < 1:1566945/289‑1 (MQ=255)
aTGCGCTCAATCGTCAGCGCGAAGCCTTTATGGCCCGCTGGATTGGATGGGCGATGCAGCAAAATAATGGCGACGTGTTAGTTGTCTGCGGTGGCTGGCACGCTCCGGCACTGGCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTggg > 1:668695/1‑288 (MQ=255)
aTGCGCTCAATCGTCAGCGCGAAGCCTTTATGGCCCGCTGGATTGGATGGGCGATGCAGCAAAATAATGGCGACGTGTTAGTTGTCTGCGGTGGCTGGCACGCTCCGGCACTGGCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTggg > 1:2093954/1‑288 (MQ=255)
tGCGCTCAATCGTCAGCGCGAAGCCTTTATGGCCCGCTGGATTGGATGGGCGATGCAGCAAAATAATGGCGACGTGTTAGTTGTCTGCGGTGGCTGGCACGCTCCGGCACTGGCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACt < 2:714731/272‑1 (MQ=255)
aGCTTTTATGGCCGGCTGGTTTGGGTGGGCGATGAAGCAAAATAATGGCGACGTGTTAGTTGTCTGCGGTGGCTGGCACGCTCCGGCACTGGCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGaacaa < 2:1507416/289‑1 (MQ=255)
gccGCTGGATTGGAGGGGCGATGCAGCAAAATAATGGCGAGGTGTTAGTTGACTGCGGTGGCTGGCACGCTCCGGCACTGGCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTaaaaa < 2:1991121/287‑1 (MQ=255)
cccGCTGGATTGGATGGGCGATGCAGCAAAATAATGGCGACGTGTTAGTTGTCTGCGGTGGCTGGCACGCTCCGGCACTGGCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTaaaaa < 1:1871676/288‑1 (MQ=255)
cccGCTGGATTGGATGGGCGATGCAGCAAAATAATGGCGACGTGTTAGTTGTCTGCGGTGGCTGGCACGCTCCGGCACTGGCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTaaaaa < 1:746705/288‑1 (MQ=255)
ccGCTGGATTGGATGGGCGATGCAGCAAAATAATGGCGACGTGTTAGTTGTCTGCGGTGGCTGGCACGCTCCGGCACTGGCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGGGGGGCTTGCAGAAGGCCGGGGAACAACTGCCAAAAACt > 2:746705/1‑289 (MQ=255)
cTGGATTGGATGGGCGATGCAGCAAAATAATGGCGACGTGTTAGTTGTCTGCGGTGGCTGGCACGCTCCGGCACTGGCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCCACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCATGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCCTGCAGGAGGCCGGTGAACCACTGCTAAAAACTAt > 2:2152175/1‑288 (MQ=255)
gCGATGCAGCAAAATAATGGCGACGTGTTAGTTGTCTGCGGTGGCTGGCACGCTCCGGCACTGGCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACt < 2:1905568/223‑1 (MQ=255)
gCGATGCAGCAAAATAATGGCGACGTGTTAGTTGTCTGCGGTGGCTGGCACGCTCCGGCACTGGCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTgc > 1:1926305/1‑289 (MQ=255)
gCGATGCAGCAAAATAATGGCGACGTGTTAGTTGTCTGCGGTGGCTGGCACGCTCCGGCACTGGCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCGTACCCGTTTgc > 2:829776/1‑289 (MQ=255)
gCGATGCAGCAAAATAATGGCGACGTGTTAGTTGTCTGCGGTGGCGGGCACGCTCCGACAATGGAAAAGATGTGGCGCGAGTGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCGGGCAGATGCCGTTACAGGTTGATATCTCACACACTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGAAACCTTTCAGGAATGCCGGCCCCGGTATGGCAAAACTGCTGCTGTCAATGGCGCTTGCAGAAGCACAGAGAACAGCTGCTAAAAACGATCCtacccacgtgg > 2:364080/1‑278 (MQ=255)
gcagcaAAATAATGGCGACGTGTTAGTTGTCTGCGGTGGCTGGCACGCTCCGGCACTGGCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGc < 1:1295121/223‑1 (MQ=255)
caAAATAATGGCGACGTGTTAGTTGTCTGCGGTGGCTGGCACGCTCCGGCACTGGCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGcaca > 2:2215395/1‑289 (MQ=255)
atGGCGACGTGTTAGTTGTCTGCGGTGGCTGGCACGCTCCGGCACTGGCAAAGATGTGGCGCGAACGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGcc < 2:226133/289‑1 (MQ=255)
cTGCGGTGGCTGGCACGCTCCGGCACTGGCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATCCCTTTCAGGAATGCCTGCCTCGGTATGGCAAAACTGGGTCTGGCAGTGAGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAAAAACTACTAACAACTATGCTTACCCGTTTGGGTCAGCCGAAATGGACAGCTTTTACCCCggtttgt > 2:535151/1‑284 (MQ=255)
tGCGGTGGCTGGCACGCTCCGGCACTGGCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATg > 1:690512/1‑288 (MQ=255)
tGCGGTGGCTGGCACGCTCCGGCACTGGCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATg > 1:970830/1‑288 (MQ=255)
cGGGGGCTGGCCCGCTCCGGCACTGGCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGc < 2:508923/288‑1 (MQ=255)
gctggcACGCTCCGGCACTGGCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCg > 2:1751206/1‑288 (MQ=255)
gctggcACGCTCCGGCACTGGCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACACTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTTCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAACACTGGTTCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCCCACATTGCCCGCTTCTACCGCCGATATGGCAGCCg > 2:1647870/1‑288 (MQ=255)
aCGCTCCGGCACTGGCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGT‑‑GGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTg < 2:1051417/288‑1 (MQ=255)
gCTCCGGCACTGGCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGt < 2:2121642/161‑1 (MQ=255)
tCCGGCACTGGCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCAt > 2:1116420/1‑289 (MQ=255)
cACTGGCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCACAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAACCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCTGATATGGCTGCCGCTCAGCTGCATGCGa < 1:644338/288‑1 (MQ=255)
tGGCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGgc > 1:432083/1‑289 (MQ=255)
gCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTg > 2:1844304/1‑240 (MQ=255)
gCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTg < 1:1844304/240‑1 (MQ=255)
gCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTg < 2:1439422/265‑1 (MQ=255)
gCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGgcg > 2:1017406/1‑288 (MQ=255)
ggCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGTTACGGCTGCCGCTCATCTTCATGCGATGGCGTGGGCACAGtt > 2:2022660/1‑289 (MQ=255)
ggCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGtt > 1:1251477/1‑289 (MQ=255)
cgcgAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTg < 1:887107/288‑1 (MQ=255)
gcgAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTgcg < 1:1329849/289‑1 (MQ=255)
gacaaTGCGCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCGTAGCTGGCGGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAATCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACGATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTgcg < 2:2084909/286‑1 (MQ=255)
aaTGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTAc > 1:1450428/1‑235 (MQ=255)
aTGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCgg > 1:1121457/1‑288 (MQ=255)
gCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCa < 1:1223066/289‑1 (MQ=255)
ccctacgAAAATTAACAAGCCAAGATCGCCCTCGCTGGGAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCGGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCa < 2:1800020/282‑1 (MQ=255)
aTTAACAAGCCAGAATTGCCCTCGCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGt > 1:1769062/1‑289 (MQ=255)
aTTGCCCTGGCTGGAGGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGACAAGCGCCTGGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCactgac < 2:851166/286‑1 (MQ=255)
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|||
GCACTATTTTGCCCAACTGCGGGGCGACGCCTCCGGCGATGCGCTCAATCGTCAGCGCGAAGCCTTTATGGCCCGCTGGATTGGATGGGCGATGCAGCAAAATAATGGCGACGTGTTAGTTGTCTGCGGTGGCTGGCACGCTCCGGCACTGGCAAAGATGTGGCGCGAATGCCCTCAGAAAATTAACAAGCCAGAATTGCCCAGCCTGGCAGATGCCGTTACAGGTTGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTAGTGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCAGCCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCA > CP042583/1781044‑1781604
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
