Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,925,070 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,925,070 | 0 | A | T | 99.6%
| 588.1
/ NA
| 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (112/133); minor base C (0/1); total (113/134) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,925,071 | 0 | G | C | 100.0%
| 582.8
/ NA
| 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (113/134); total (113/134) |
| * | CP042583 | 1,925,072 | 0 | T | A | 98.8%
| 577.8
/ NA
| 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (112/131); minor base C (1/2); total (113/134) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
AAAAACTGGCCCCCGTGATGGCGAAAACGCGCATTTTGCGGGCCTATTCTGGCGTGCGCCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTAGTCAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGCGATCGCACGCCTGCCTGGCTGAGCGAAGGCCGTCTGCACCGTAGCCTGGTATGTGAGTGCGAAGCGGTAACTGCGGGTGAAGTGCAGTACGCGGTAGAAAATTTAAACGTTAATAGCCTGCTGGATTTACGCCGTCGTACCCGTGTGGGGATGGGCACCTGCCAGGGCGAACTCTGCGCCTGCCGCGCTGCCGGACT > CP042583/1924792‑1925350
|||
aaaaaCTGGCCCCCGTGATGGCGAAAACGCGCATTTTGCGGGCCTATTCTGGCGTGCGCCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAAc > 1:2168556/1‑288 (MQ=255)
gCCCCCGTGATGGCGAAAACGCGCATTTTGCGGGCCTATTCTGGCGTGCGCCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCCAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTCCCTGGTTCCCAAGAACCCGCTGacg > 2:1878931/1‑287 (MQ=255)
cgacgcccgccATTGTGCGGGCCTGTTCAGGCGTGCGCCGGCTGGTGGCCAGCGAGGACGACCCGATCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCTATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTaa < 2:2078968/279‑1 (MQ=255)
ttttGCGGGCCTATTCTGGCGTGCGCCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCcct < 1:959513/289‑1 (MQ=255)
ttttGCGGGCCTATTCTGGCGTGCGCCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCcct < 1:1800618/289‑1 (MQ=255)
tGCGGGCCTATTCTGGCGTGCGCCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCcctg > 1:1773310/1‑287 (MQ=255)
aTTCTGGCGTGCGCCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCt < 1:1011783/289‑1 (MQ=255)
cTGGCGTGCGCCCGCTGGTTTCCGGCGAGGATGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACTGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCGATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTgcg < 2:164762/289‑1 (MQ=255)
gCGTGCGCCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCgg > 1:1354262/1‑289 (MQ=255)
gTGCGCCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGt > 1:930833/1‑288 (MQ=255)
gTGCGCCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTGCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGt > 1:1842223/1‑288 (MQ=255)
tGCGCCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTgcg < 2:449785/283‑1 (MQ=255)
cgcCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCCAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGACTGGACTACCGACCCGGTATGCCGGAAACTGGGCAACACGCACCCCTGTGCAACTGCCGAACTGGCACTGTCTGGATCACAAGAACCCGCAGACAGTACCATGGGCAAAGTCAGTCCCATGCCTGcccccgcgaccggttct > 2:411901/1‑275 (MQ=255)
cgcCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCACACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGCACCCGCGGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCg > 1:1152521/1‑276 (MQ=255)
cgcCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTAcc < 1:379243/246‑1 (MQ=255)
cgcCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCt > 1:2033158/1‑288 (MQ=255)
cgcCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTAATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCt > 1:1209881/1‑288 (MQ=255)
cgcCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGACCTGGCACTGCCTGGTTCACCAGAACCCCCTGAAGTTACCTTGCGTCAATTCATCCTCCTGCCTCccccccgtccgggttcc > 2:1491233/1‑275 (MQ=255)
gCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGtt < 1:1421367/289‑1 (MQ=255)
gCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGtt > 2:2155415/1‑289 (MQ=255)
tGGTTGCCAGCGATGACGACCCGGGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTa < 1:747425/289‑1 (MQ=255)
cGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTTCCTTCCCCGCCGCGCGGGTCTGCGGTTTATAGTctgtg > 2:2202653/1‑284 (MQ=255)
cGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGttt > 1:1129641/1‑278 (MQ=255)
gATGACGACCGGGGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGc < 2:1302978/288‑1 (MQ=255)
gATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGc < 2:1004435/288‑1 (MQ=255)
cccGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAg < 1:1697332/215‑1 (MQ=255)
cccGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAg > 2:1697332/1‑215 (MQ=255)
ggaaCGTCCGCCGTGGCACCGTGCTGCTGGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACAGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGCGATCGCACGCCTGCCTGGc < 2:807928/286‑1 (MQ=255)
cgCCGTTGCTTCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGCGATCGCACGCCTGCCTGGCTGAGCGAAg < 1:2140139/288‑1 (MQ=255)
aGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCCCTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCCCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGCGCTTGCCCGCCTGCCTGGCTGAGCGAAg > 2:2000614/1‑289 (MQ=255)
aGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGCGATCGCACGCCTGCCTGGCTGAGCGAAg > 1:1242131/1‑289 (MQ=255)
aGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCCCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTTCGTAAAGTCATCTCCCTGCCCGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGG‑TTATCGTCATGGCCATCGCACCCCTGCCTgggccagcgcag > 2:538512/1‑278 (MQ=255)
cGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGCGATCGCACGCCTGCCTGGCTGAGCGAAg < 1:1491233/286‑1 (MQ=255)
cGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGCGATCGCACGCCTGCCTGGCTGAGCGAAg < 1:2202653/286‑1 (MQ=255)
aTCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGCGATCGCACGCCTGCCTGGCTGAGCGAAGGCCGTCTg < 1:20470/288‑1 (MQ=255)
gTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGc > 1:234142/1‑249 (MQ=255)
gTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGCGATCGCACGCCTGCCTGGCTGAGCGAAGGCCGTCTGCAcc < 1:1707808/289‑1 (MQ=255)
tgctgcTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGCGATCGCACGCCTGCCTGGCTGAGCGATGGCCGTCTGCAcc < 2:930833/288‑1 (MQ=255)
gctgctCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGCGATCGCACGCCTGCCTGGCTGAGCGAAGGCCGTCTGCACCg < 1:719800/288‑1 (MQ=255)
tgctCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGCGATCGCACGCCTGCCTGGCTGAGCGAAGGCCGTCTGCACCGTAg < 1:1870326/289‑1 (MQ=255)
ctCGACCATGCTGAACGCCATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCCAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGACTGGGCTACCGACGCGCTATGCCGCAAACTGCGCAACACGCCCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCCGAAGTTACCTTTCCTAAAGTCATCGCCCTTCCTGCCCCGCACCCCGGTTCTGCGGTGTATCGTTTTGACGATCGCCCCCCTGCCTTGCTGAGCGAACGCCTGCTGCACCGTAGc > 2:1756028/1‑288 (MQ=255)
tggACCATGCTGAACGCGATGGTCGTGGCGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGCGATCGCACGCCTGCCTGGCTGAGCGAAGGCCGTCTGCACCGTAGcc < 2:1154851/286‑1 (MQ=255)
tCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGCGATCGCACGCCTGCCTGGCTGAGCGAAGGCCGTCTGCACCGTAGcc < 1:1738611/288‑1 (MQ=255)
acGACCACGATGAAGTCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGGGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAACCTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGCGATCGCACGCCTGCCTGGCTGAGCGAAGGCCGTCTGCACCGTAGcc < 2:1242131/287‑1 (MQ=255)
aCCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGCCATCGCACCGCTGCCTGCCTGACCGAAGGCCCTCCTCACCGTAGCCTggg > 2:27497/1‑288 (MQ=255)
ccATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCCGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAACGTCATCTCCCTGACTGCACCGCTGCGCGGTTCGGCGGCTTAGTGTCATGGCGATCGCACGCCTGCCTGTCGGCGCGAAGGGCGTCTGCACTGTACGCTGGt > 2:1552356/1‑288 (MQ=255)
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A