Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,925,070 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,925,070 | 0 | A | T | 99.5%
| 482.6
/ NA
| 205 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (92/112); minor base C (1/0); total (93/112) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.54e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
| * | CP042583 | 1,925,071 | 0 | G | C | 99.0%
| 480.0
/ NA
| 205 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (92/111); minor base A (1/1); total (93/112) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 1,925,072 | 0 | T | A | 99.0%
| 477.4
/ NA
| 205 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (92/110); minor base C (1/1); total (93/112) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
GAAAAACTGGCCCCCGTGATGGCGAAAACGCGCATTTTGCGGGCCTATTCTGGCGTGCGCCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTAGTCAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGCGATCGCACGCCTGCCTGGCTGAGCGAAGGCCGTCTGCACCGTAGCCTGGTATGTGAGTGCGAAGCGGTAACTGCGGGTGAAGTGCAGTACGCGGTAGAAAATTTAAACGTTAATAGCCTGCTGGATTTACGCCGTCGTACCCGTGTGGGGATGGGCACCTGCCAGGGCGAACTCTGCGCCTGCCGCGCTGCCGGACT > CP042583/1924791‑1925350
|||
aaaaaCTGGCCCCCGTGATGGCGAAAACGCGCATTTTGCGGGCCTATTCTGGCGTGCGCCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAAc > 1:271017/1‑288 (MQ=255)
aaaCTGGCCCCCGTGATGGCGAAAACGCGCATTTTGCGGGCCTATTCTGGCGTGCGCCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCg < 1:1139546/289‑1 (MQ=255)
aaCTGGCCCCCGTGATGGCGAAAACGCGCATTTTGCGGGCCTATTCTGGCGTGCGCCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACATGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGc < 1:907218/289‑1 (MQ=255)
aaCTGGCCCCCGCGATGGCGAAAACGCGGATTTTGCGGGCCTATTCTGGCGTGCGACCGCTGGTTGCCAGCGATGACGGCCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGc < 1:774809/289‑1 (MQ=255)
cTGGCCCCCGTGATGGCGAAAACGCGCATTTTGCGGGCCTATTCTGGCGTGCGCCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTg < 1:1250179/289‑1 (MQ=255)
ggCCCCCGTGATGGCGAAAACGCGCATTTTGCGGGCCTATTCTGGCGTGCGCCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGaa > 1:1479422/1‑289 (MQ=255)
ggTGAGGGCGCAACGGCGCATTTTGCGGGCCTGTTGTGGGGTGCGCCCGCGGGTTGCAACGGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTAcc < 2:1308155/288‑1 (MQ=255)
cGTGATGGCGAAAACGCGCATTTTGCGGGCCTATTCTGGCGTGCGCCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTa > 1:1477688/1‑287 (MQ=255)
cGTGATGGCGAAAACGCGCATTTTGCGGGCCTATTCTGGCGTGCGCCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTAcc < 1:1929381/289‑1 (MQ=255)
cGTGATGGCGAAAACGCGCATTTTGCGGGCCTATTCTGGCGTGCGCCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGACCTGCCTGGTTCCCAAGAACCCGCTGAAGTTa > 1:464928/1‑287 (MQ=255)
cGAAAACGCGCATTTTGCGGGCCTATTCTGGCGTGCGCCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTa < 1:626249/288‑1 (MQ=255)
aaCGCGCATTTTGCGGGCCTATTCTGGCGTGCGCCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTc < 2:171453/289‑1 (MQ=255)
aaCGCGCATTTTGCGGGCCTATTCTGGCGTGCGCCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTc < 1:1529820/289‑1 (MQ=255)
gggCCTATTCTGGCGTGCGCCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCcctgcctg < 1:532146/288‑1 (MQ=255)
cTATTCTGGCGGTGGCCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGCGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCg < 2:411896/289‑1 (MQ=255)
tATTCTGGCGTGCGCCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGGTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGcccc > 1:1841473/1‑287 (MQ=255)
gCGTGCGCCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGACACCGCCGACGTTACCTTGCGTCAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGcgcg > 2:474378/1‑288 (MQ=255)
gCGTGCGCCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCCCCCTGCCTGCCCCCCTGCGCgg > 1:895914/1‑289 (MQ=255)
tGCGCCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGt > 2:167863/1‑287 (MQ=255)
cgcCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACCAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCCGCCCCGTTCt > 2:1768660/1‑288 (MQ=255)
cgcCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCCGGCACTCCCTGGTTCACAAGAAACCGCCGCAGTTACCTTGCGGAAAGTCATTTCCCTGCCTGCCCCGGTGCCCggcttc > 2:1173506/1‑284 (MQ=255)
gcCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTg < 1:1708260/288‑1 (MQ=255)
gcCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTg < 1:435664/288‑1 (MQ=255)
gCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGtt < 1:55193/289‑1 (MQ=255)
gctgccgacCCGGGCGGACGTAAGGTCGCCCGTGGCATCGTCCTGCTCGCCCATGCTGACCGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGc < 2:895914/283‑1 (MQ=255)
cccggccGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGCGATCGCAc < 1:119668/282‑1 (MQ=255)
aGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGCGATCGCACgcct > 2:1205515/1‑288 (MQ=255)
ggAGGTAACGTCATGCGTGGCGTCGTGCTGCTCGAACATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTGTCGGGTGATGGCGGAATGGGCTACCGACGCGGTAGGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGCGATCGCACgcctgcc < 2:1683345/288‑1 (MQ=255)
ggACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGCGATCGCACgcctgcc < 1:1406003/288‑1 (MQ=255)
cGTACCGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGCGATCGCACGCCTGCCTGGc < 1:1173506/289‑1 (MQ=255)
aGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGCGATCGCACGCCTGCCTGGCTGAGCGAAg > 1:1262335/1‑289 (MQ=255)
cGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGCGATCGCACGCCTGCCTGGCTGAGCGAAg < 1:288281/286‑1 (MQ=255)
aTCGTGCTGGTGGACCATGCGGAACGCGATAGTGTGGACGGATTTATAACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGAGGGCTGAATTGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGTCAACACGCGCCCCTGTACGGCTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCGCAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTGCTGCGGTTTATCGTCATGGCGATCGCACGCCTGCCTGGCTGAGCGAAGGCCGTCTg < 2:1805651/288‑1 (MQ=255)
aTCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGCGATCGCACGCCTGCCTGGCTGAGCGAAGGCCGTCTg < 1:655411/288‑1 (MQ=255)
gTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTAcc < 1:259964/189‑1 (MQ=255)
gTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTAcc > 2:259964/1‑189 (MQ=255)
gTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGCGATCGCACGCCTGCCTGGCTGAGCGAAGGCCGTCTGCAcc < 2:163231/289‑1 (MQ=255)
gTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGCGATCGCACGCCTGCCTGGCTGAGCGAAGGCCGTCTGCAcc < 1:1615499/289‑1 (MQ=255)
tgctCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGCGATCGCACGCCTGCCTGGCTGAGCGAAGGCCGTCTGCACCGTAg < 1:115634/289‑1 (MQ=255)
tgctCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGCGATCGCACGCCTGCCTGGCTGAGCGAAGGCCGTCTGCACCGTAg < 1:410086/289‑1 (MQ=255)
cGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGCGATCGCACGCCTGCCTGGCTGAGCGAAGGCCGTCTg < 1:188725/277‑1 (MQ=255)
ccATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGCGATCGCACGCCTGCCTGGCTGAGCGAAGGCCGTCTGCACCGTAGCCTGGt < 1:167863/288‑1 (MQ=255)
cTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGCGATCGCACGCCTGCCTGGCTGAGCGAAGGCCGTCTGCACCGTAGCCTGGTATGTGa > 1:1556675/1‑289 (MQ=255)
cgcgATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGCGATCGCACGCCTTCCTGGCTGAGCGAAGGCCGTCTGCACCGTAGCCTGGTCTGtgcgtgcg > 2:1933403/1‑289 (MQ=255)
gcgATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAAAACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGCGATCGCACGCCTGCCTGGCTGAGCGAAGGCCGTCTGCACCGTAGCCTGGTATGTGAGTGCGa < 1:1037251/289‑1 (MQ=255)
gcgAGGGTCTGGACGGATTTTTCACCATCACCGAGGGCAAACTGATGACCGATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGGATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTTAACAAGACCCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGCGATCGCACGCCTGCCTGGCTGAGCGAAGGCCGTCTGCACCGTAGCCTGGTATGTGAGTGCg < 2:513897/288‑1 (MQ=255)
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gCCTGGTTCACAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGCGATCGCACGCCTGCCTGGCTGAGCGAAGGCCGTCTGCACCGTAGCCTGGTATGTGAGTGCGAAGCGGTAACTGCGGGTGAAGTGCAGTACGCGGTAGAAAATTTAAACGTTAATAGCCTGCTGGATTTACGCCGTCGTACCCGTGTGGGGATGGGCACCTGCCAGGGCGAACTCTGCGCCTGCCGCGCTGCCGGAct > 2:880453/1‑288 (MQ=255)
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GAAAAACTGGCCCCCGTGATGGCGAAAACGCGCATTTTGCGGGCCTATTCTGGCGTGCGCCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAGCGGACGTAACGTCAGCCGTGGCATCGTGCTGCTCGACCATGCTGAACGCGATGGTCTGGACGGATTTATCACCATCACCGGTGGCAAACTGATGACCTATCGGCTGATGGCTGAATGGGCTACCGACGCGGTATGCCGCAAACTGGGCAACACGCGCCCCTGTACGACTGCCGATCTGGCACTGCCTGGTAGTCAAGAACCCGCTGAAGTTACCTTGCGTAAAGTCATCTCCCTGCCTGCCCCGCTGCGCGGTTCTGCGGTTTATCGTCATGGCGATCGCACGCCTGCCTGGCTGAGCGAAGGCCGTCTGCACCGTAGCCTGGTATGTGAGTGCGAAGCGGTAACTGCGGGTGAAGTGCAGTACGCGGTAGAAAATTTAAACGTTAATAGCCTGCTGGATTTACGCCGTCGTACCCGTGTGGGGATGGGCACCTGCCAGGGCGAACTCTGCGCCTGCCGCGCTGCCGGACT > CP042583/1924791‑1925350
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A