Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F210 I1 R1
|
4928 |
385.2 |
6658600 |
97.5% |
6492135 |
231.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
606,988 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 606,988 | 0 | A | T | 98.6%
| 837.4
/ NA
| 358 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (145/208); minor base C (5/0); total (150/208) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.24e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 606,989 | 0 | G | C | 99.7%
| 850.0
/ NA
| 358 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (148/208); minor base T (1/0); total (150/208) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.17e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
| * | CP042583 | 606,990 | 0 | T | A | 99.2%
| 831.3
/ NA
| 358 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/0); new base A (143/208); total (150/208) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.93e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 358 total aligned reads displayed.
GTGCAGGCGGACCGGATTTGGCGGTGGTCGCGGCGCATTGCGGGTTGAGCGAAAAACAGGTTGTTGAATTGCACTCCTCCGTGGAATACGTGGTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCAGTCTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAA‑GGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGAGCGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGA > CP042583/606713‑607264
|||
ggACCGGATTTGGCGGTGGTCGCGGCGCATTGCGGGTTGAGCGAAAAACAGGTTGTTGAATTGCACTCCTCCGTGGAATACGTGGTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCg > 1:1553776/1‑288 (MQ=255)
ccGGATTTGGCGGTGGTCGCGGCGCATTGCGGGTTGAGCGAAAAACAGGTTGTTGAATTGCACTCCTCCGTGGAATACGTGGTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGgcgc > 1:318073/1‑289 (MQ=255)
tttGGCGGTGGTCGCGGCGCATTGCGGGTTGAGCGAAAAACAGGTTGTTGAATTGCACTCCTCCGTGGAATACGTGGTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGAc < 1:1404955/289‑1 (MQ=255)
cGGTGGTCGCGGCGCCTTTCGGGTTGAGCGAAAATCAGTTTGTTGAATTGCACTCCTCCGTGGAATACGGGGTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAAc < 2:1059684/288‑1 (MQ=255)
ggtgggCGCGGCGCATTGCGGGTTGAGCGAAAAACAGGTTGTTGAATTGCACTCCTCCGTGGAATACGTGGTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAAcc < 1:1882096/288‑1 (MQ=255)
ggtCGCGGCGCATTGCGGGTTGAGCGAAAAACAGGTTGTTGAATTGCACTCCTCCGTGGAATACGTGGTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCAt < 2:1804892/288‑1 (MQ=255)
ggcgAATTGCGGGTTGGGCGAAAAACAGGGTGTTGAATTGCACTCCTCCGTGGAATACGTGGTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCttatt < 2:1020158/288‑1 (MQ=255)
cgcATTGCGGGTTGAGCGAAAAACAGGTTGTTGAATTGCACTCCTCCGTGGAATACGTGGTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTAc < 1:1044560/288‑1 (MQ=255)
cgcATTGCGGGTTGAGCGAAAAACAGGTTGTTGAATTGCACTCCTCCGTGGAATACGTGGTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTAc < 2:138743/288‑1 (MQ=255)
cgcATTGCGGGTTGAGCGAAAAACAGGTTGTTGAATTGCACTCCTCCGTGGAATACGTGGTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTAc < 1:2625437/288‑1 (MQ=255)
aTTGCGGGTTGAGCGAAAAACAGGTTGTTGAATTGCACTCCTCCGTGGAATACGTGGTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGGGGCTGGCAGTTGATTGGTTATACCTCACCCAGCCTGTTTGAt > 2:2300834/1‑257 (MQ=255)
gcacGAAAATCAGTTTGTTGAATTGCACTCCTCCGTGGAATACGTGGTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGc < 2:722125/286‑1 (MQ=255)
cGAAATCCAGGTTGTTGATCTCCGATCCTCCGTGGAATACTTGGTCGGGTTTTTAGTTTTCCACCGGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACCCGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGt < 2:2884950/288‑1 (MQ=255)
gttgttGAATTGCACTCCTCCGTGGAATACGTGGTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGCGCTTTGTa > 1:2257321/1‑288 (MQ=255)
tgttgAAGTGCACGCGTCCGGGGATGGCGTGGTCTGGTTTTTAGGTTTTCACCCGGGCTTCCCGTATCTCGGAAGTTTGCCGGAACAACGACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGCGCTTTGTACCg < 2:2208672/289‑1 (MQ=255)
ttgAATTGCACTCCTCCGTGGAATACGTGGTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGATGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGCGCTTTGTACCGCa < 2:931239/289‑1 (MQ=255)
gacttGCACTCCGCAGTGGAATCGGTGGTGTTGTTTTGAGGGTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTGGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTTCTGGTTCCGGCGGGTTCTGTGGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGGCATACCTCACTCAGCCTGTTTGCTCCGGCGCGTGACGAGCCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGa < 2:1320635/286‑1 (MQ=255)
ttGCACTCCTCCGTGGAATACGTGGTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAa‑gg < 1:3157027/289‑1 (MQ=255)
cgccACCCCACCGTGGAGTAGGTGGTCTGGTCGTTAGGTGTTCGCCCGGGCTTGACGTATCTCGGGCGTTGGCCAGAACAACTACACACGCCCCGGGGCGCTGAACCGCGCCTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGGTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAa‑gg < 2:257075/286‑1 (MQ=255)
cACTCCTCCGTGGAATACGTGGTCTGGTTTTTAGGTTTTCAGCCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGGTTGCCGGAACAACTCCACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTGCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTTACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACTGCGTGCGCTTTGTAcc < 1:3221134/278‑1 (MQ=255)
cACTCCTCCGTGGAATACGTGGTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGCGCTTTGTACCGCa < 1:593829/281‑1 (MQ=255)
ctccGTGGAATACGTGGTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAAc < 1:513566/233‑1 (MQ=255)
cGTGGAATACGTGGTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCttatt > 1:2506108/1‑240 (MQ=255)
cGTGGAATACGTGGTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTAc < 1:754677/242‑1 (MQ=255)
tGGAATACGTGGTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGCA‑GGAGGGGGTATGCTg > 1:2878465/1‑289 (MQ=255)
tGGAATACGTGGTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGAAGAACCCATCTTCTTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGGGCTTTGTACCGCAGAa‑gggagcggctggc > 2:593829/1‑276 (MQ=255)
tACGTGGTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGc > 2:496604/1‑198 (MQ=255)
cGTGGTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCGGACCGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCCGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACCCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGGAGAAACCCACTTATTACGTCCGGGCGAACGGCGTGGCGTTTGTA‑CGCACAAGggagggatgtgcgtcaaattt > 2:2026015/1‑275 (MQ=255)
tGGTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAA‑GGAGGGAGTATGCTGAAGattat < 2:1862729/288‑1 (MQ=255)
ggTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGttt < 1:1908985/199‑1 (MQ=255)
ggTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGttt > 2:1908985/1‑199 (MQ=255)
ggTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAAc < 1:63454/218‑1 (MQ=255)
ggTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAAc > 2:63454/1‑218 (MQ=255)
tCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAA‑GGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGt > 1:1740502/1‑289 (MQ=255)
cTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAA‑GGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTg < 2:3234174/289‑1 (MQ=255)
ggTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑AAAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAA‑GGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCg < 1:2046039/289‑1 (MQ=255)
gTTTTTAAGTTCTCCACCGGGGTTCCCGTCTCTCGGGGGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACGCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAA‑GGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCgg < 2:3180117/289‑1 (MQ=255)
tttttAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAA‑GGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCgg < 1:1145076/288‑1 (MQ=255)
tttttAGGTTTCAAGCCGGGCTTCCCGTAGCTCGGGGGTTTGCCGGAACAACTCCACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAA‑GGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCgg < 2:2702399/288‑1 (MQ=255)
gtgttAGGTGTGCGACCGGACTTCCAGTAGCCCGGGAGGGTGCCGGAAAAACAACACACGCCCCGGGGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACGGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAA‑GGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCgg < 2:2878465/285‑1 (MQ=255)
ttttAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACCCACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAA‑GGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGc < 1:1487444/289‑1 (MQ=255)
ttttAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAA‑GGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGc < 1:1995055/289‑1 (MQ=255)
ttttAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAA‑GGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGc < 1:1018071/289‑1 (MQ=255)
ttttAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAA‑GGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGc < 1:41893/289‑1 (MQ=255)
ttttAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAA‑GGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGc < 1:2601905/289‑1 (MQ=255)
ttttAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAA‑GGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGc < 1:3082717/289‑1 (MQ=255)
ttttAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAA‑GGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGc < 1:2821303/289‑1 (MQ=255)
ttttAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCGCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAA‑GGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGc < 1:8568/289‑1 (MQ=255)
ttttAGGTTGTCACCCGGGTGTCCCGTATTCCGGGAGTTTGCCGGACCAATGACGCACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTGCTCTTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAA‑GGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGc < 2:2811955/289‑1 (MQ=255)
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ttCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGCGCTTTGGACCGCAGAA‑GGAGGGAGTATGCGGAAGATTATTCGTGCGGGCATGGATAcc > 1:1336123/1‑289 (MQ=255)
tCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAA‑GGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCa < 2:3298270/289‑1 (MQ=255)
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ggAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAA‑GGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACt > 1:931055/1‑268 (MQ=255)
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cACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGTCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAG‑GGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCAt > 2:2918268/1‑231 (MQ=255)
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ggCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAA‑GGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCa < 2:1539880/236‑1 (MQ=255)
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tCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAA‑GGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACGCATTGCTa > 1:70834/1‑288 (MQ=255)
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tggctggcAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAA‑GGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGt < 2:2184829/288‑1 (MQ=255)
tggcAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAA‑GGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAAATCACGCCCGGTCAGtt > 1:1823175/1‑289 (MQ=255)
gTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAA‑GGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTa > 1:2169889/1‑285 (MQ=255)
aTTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAA‑GGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGGCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGTTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCTTTACGCATTTCTAACCTACTGGTGGGTAATGGCGGCAACGCCCCCCCGGTGGAGGGCACGCCCAGTCAGTTAACTGttta > 2:2637142/1‑287 (MQ=255)
gTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAA‑GGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGa < 2:1113649/195‑1 (MQ=255)
|||
GTGCAGGCGGACCGGATTTGGCGGTGGTCGCGGCGCATTGCGGGTTGAGCGAAAAACAGGTTGTTGAATTGCACTCCTCCGTGGAATACGTGGTCTGGTTTTTAGGTTTTCAACCGGGCTTCCCGTATCTCGGGAGTTTGCCGGAACAACTACACACGCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGTCGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCG‑‑‑GGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCAGTCTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAG‑ACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAA‑GGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGAGCGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGA > CP042583/606713‑607264
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
