Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F210 I1 R1
|
4928 |
385.2 |
6658600 |
97.5% |
6492135 |
231.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
756,705 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 756,705 | 0 | A | T | 100.0%
| 775.6
/ NA
| 323 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (176/147); total (176/147) |
| * | CP042583 | 756,706 | 0 | G | C | 100.0%
| 775.1
/ NA
| 323 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (176/147); total (176/147) |
| * | CP042583 | 756,707 | 0 | C | G | 100.0%
| 777.3
/ NA
| 323 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (176/147); total (176/147) |
Only 100 of 323 total aligned reads displayed.
ATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTAAGCGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAAAAAGAAACCGGTATTAAAGTCGTCTACGATGTTTTCGACTCTAACGAAGTACTGGAAGGCAAATTAATGGCCGGGAGTACCGGCTTTGATCTGGTGGTTCCATCTGCCAGCTTTCTGGAGCGCCAGTTGACTGCGGGAGTTTTCCAG > CP042583/756432‑756974
|||
aTTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCgg > 1:1353970/1‑289 (MQ=255)
ttGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGt < 2:2933868/289‑1 (MQ=255)
agCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGtc > 2:931134/1‑287 (MQ=255)
agCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGtc > 1:1477841/1‑287 (MQ=255)
cAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGt < 2:1195002/263‑1 (MQ=255)
atatGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGGCCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCg > 1:1884437/1‑289 (MQ=255)
atatGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCCAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCg > 2:2670056/1‑289 (MQ=255)
cATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCAc > 1:991237/1‑288 (MQ=255)
tAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCAGTCTCTGTCGGCACGc > 1:1431153/1‑288 (MQ=255)
aaatTTTGTTAATTGCCGTTTTTTAATCCGGGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTcg < 2:2813825/289‑1 (MQ=255)
aaaTTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTcgc > 1:348012/1‑289 (MQ=255)
ttGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCt < 2:352906/289‑1 (MQ=255)
tgtttAGTCCGCGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTTTTTTGTCGATGCTTTTATATGGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACCCCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACt < 2:1874852/287‑1 (MQ=255)
aGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGtct > 1:2348787/1‑244 (MQ=255)
gCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCgg < 2:40273/261‑1 (MQ=255)
gCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCgg > 1:40273/1‑261 (MQ=255)
tataGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAAc < 2:2184499/288‑1 (MQ=255)
tcAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACaaaaaa < 1:1258138/264‑1 (MQ=255)
aaaCCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCt > 1:1003448/1‑252 (MQ=255)
cccTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCAGGGAGACAGTTATCTTTTCTTACATCGCGCAGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTATGTTAATGAACTTTAAGTTGGAGAGAGATATGACAGCCTTAACTAAAACATGGATATCGGCTTTGGTTACCGGTCATCTGATGGCCGTGCCTGTCGGCAGGCTCGCGGCGGAACAAAAATCACTACACAATTATAACTGGTCTGATtata > 2:411552/1‑289 (MQ=255)
tGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTTTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACCCCACCTTTACAACTGGGCTGATTAAATc > 2:2706136/1‑288 (MQ=255)
tGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTcc > 2:139952/1‑262 (MQ=255)
tGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTcc < 1:139952/262‑1 (MQ=255)
ttAAATTTATTCTTGCGATGCTTTTATGTAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGcc < 2:2095654/287‑1 (MQ=255)
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aTTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACg > 1:2907060/1‑289 (MQ=255)
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taGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAGAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTcc < 1:911214/231‑1 (MQ=255)
taGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAAAAAGa < 2:1129606/289‑1 (MQ=255)
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cGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTcc < 1:1843266/228‑1 (MQ=255)
cGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAAAAAGaaa > 1:1559553/1‑288 (MQ=255)
gAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAAAAAGAAAcc < 1:1151505/289‑1 (MQ=255)
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aGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTatat > 2:1442561/1‑251 (MQ=255)
aGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAAAAAGAAACCg > 1:659358/1‑289 (MQ=255)
aGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAAAAAGAAACCg > 1:427/1‑289 (MQ=255)
aGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAAAAAGAAACCg > 1:2941416/1‑289 (MQ=255)
tGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACCATCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCACTTTTGCAAACGAAACCGGTAtt > 2:2028467/1‑289 (MQ=255)
cTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTcc < 1:2294795/219‑1 (MQ=255)
gagaAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCgg > 2:2620042/1‑193 (MQ=255)
gagaAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGa > 2:2862192/1‑197 (MQ=255)
gagaAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACaaaaaa < 1:1625004/205‑1 (MQ=255)
gagaAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTcc > 1:2808065/1‑211 (MQ=255)
gagaAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGaca < 1:273364/247‑1 (MQ=255)
gagaAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAAAAAGAAACCGGTATTAAAttctgct > 2:2969356/1‑285 (MQ=255)
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gagaAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAAAAAGAAACCGGTATTAAAGTCGTCt > 1:935659/1‑289 (MQ=255)
gagaAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTGTGAAAAAGAAACCGGTATTAAAGCTGTCt > 2:2531167/1‑289 (MQ=255)
gagaAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGACAATTTTGAAAAAGAAACCGGTATTAAAGTCGTCt > 1:1737081/1‑289 (MQ=255)
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acCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAAAAAGAAACCGGTATTAAAGTCGTCTACGATGTTTTCGACTCTAACg < 1:773238/289‑1 (MQ=255)
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cTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAAAAAGAAACCGGTATTAAAGTCGTCTACGATGTTTTCGACTCTAACGAAGTACTGGAAGGCAAATTAATGGCCGGGAGTACCGGCTTTGATCTGGTGGTTCCATCTGCCAGCTTTCTGGAg < 1:2278043/289‑1 (MQ=255)
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gCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAAAAAGAAAcc > 1:971713/1‑153 (MQ=255)
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aaaaTGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAAAAAGAAACCGGTATTAAAGTCGTCTACGATGTTTTCGACTCTAACGAAGTACTGGAAGGCAAATTAATGGCCGGGAGTACCGGCTTTGATCTGGTGGTTCCATCTGCCAGCTTTCTGGAg > 1:3091211/1‑253 (MQ=255)
|||
ATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTAAGCGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAAAAAGAAACCGGTATTAAAGTCGTCTACGATGTTTTCGACTCTAACGAAGTACTGGAAGGCAAATTAATGGCCGGGAGTACCGGCTTTGATCTGGTGGTTCCATCTGCCAGCTTTCTGGAGCGCCAGTTGACTGCGGGAGTTTTCCAG > CP042583/756432‑756974
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
