Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
756,705 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 756,705 | 0 | A | T | 99.1%
| 524.8
/ NA
| 225 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); new base T (131/91); total (133/92) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.15e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
| * | CP042583 | 756,706 | 0 | G | C | 99.6%
| 526.5
/ NA
| 225 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (132/92); total (133/92) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 756,707 | 0 | C | G | 99.6%
| 527.5
/ NA
| 225 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (132/92); total (133/92) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
TCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTAAGCGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAAAAAGAAACCGGTATTAAAGTCGTCTACGATGTTTTCGACTCTAACGAAGTACTGGAAGGCAAATTAATGGCCGGGAGTACCGGCTTTGATCTGGTGGTTCCATCTGCCAGCTTTCTGGAGCGCCAGTTGACTGCGGGAGTTTTCCAGCCGCTGGACA > CP042583/756429‑756984
|||
tCGATTTGGCTTTATCATATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGtt > 1:1248766/1‑288 (MQ=255)
tCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGtt > 1:743145/1‑288 (MQ=255)
aTTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCgg > 1:329039/1‑289 (MQ=255)
ttGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACACTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGt < 1:570590/289‑1 (MQ=255)
tGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTg < 1:1034325/289‑1 (MQ=255)
tATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCTGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTACATAAAAAATGGCAATCGGGTCTGTGTGCCGGTGccttga > 2:95564/1‑284 (MQ=255)
cacaTAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATgg < 1:1261371/289‑1 (MQ=255)
agagCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCg > 1:1615320/1‑287 (MQ=255)
gCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGtct < 1:522059/287‑1 (MQ=255)
cAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGtc > 1:1003022/1‑285 (MQ=255)
atatGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGTTCTGTTTCCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCg > 2:1576496/1‑289 (MQ=255)
atGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGc < 1:651238/289‑1 (MQ=255)
cATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCAc > 2:388935/1‑288 (MQ=255)
cATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCAc > 1:975879/1‑288 (MQ=255)
cATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCAc > 1:184957/1‑288 (MQ=255)
tAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGc > 2:343351/1‑288 (MQ=255)
aaaaTTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTcg < 1:436161/289‑1 (MQ=255)
gTTAAATACCGTTGTTTAATCCTCGTTATCTTCGCAAACCCTGGCTAACGTTTTGCTTCCGAGGCTTTTATATGCGGAGCAGTTTTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCTCGCCGATAAAAAATATTCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTTTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTAGCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGa < 2:767468/289‑1 (MQ=255)
aCCGTTTTTGAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATACTTGCTTTCCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAGTTTCTCTTTTCTTACACCGCTCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACTAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACaaaaa < 2:1572353/289‑1 (MQ=255)
ttttttAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGtct < 2:117156/256‑1 (MQ=255)
ttttttAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAaca > 2:167333/1‑288 (MQ=255)
ttttttAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAaca > 1:1185412/1‑288 (MQ=255)
tttAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTcc > 1:1772864/1‑289 (MQ=255)
aGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTTTATAGCGAGAAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAATTATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAAGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAAGGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGt < 2:267890/289‑1 (MQ=255)
tcAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGa > 1:1599006/1‑289 (MQ=255)
tcAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGa > 1:1501692/1‑289 (MQ=255)
tcAAACCCTGGCTAAAGTTATGCTTGCGATTCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGa < 2:860555/289‑1 (MQ=255)
tcAAACACTGGCTAACGTTATGCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGa < 2:1078939/289‑1 (MQ=255)
cAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGAt > 2:512928/1‑289 (MQ=255)
ccccGGCTAAATTTATTCTTTCGATGCTTTTATATCGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACCCCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATAGCTTTAAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATtata < 2:904040/289‑1 (MQ=255)
cccTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATtata < 1:652322/289‑1 (MQ=255)
tGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTc < 2:1018018/261‑1 (MQ=255)
tGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTc > 1:1018018/1‑261 (MQ=255)
tGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATc > 1:388406/1‑288 (MQ=255)
tGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATc > 1:664756/1‑288 (MQ=255)
aGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTTTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGa < 1:1839718/289‑1 (MQ=255)
ttttttttgttGCTTTTATATGACGAGCAGTGTGGGCTGGGAGAAAGTTATCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACg < 2:736550/279‑1 (MQ=255)
gCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGTCCCGGACACGGTGGCCAATTTTCAAAAAGcaa > 2:193956/1‑289 (MQ=255)
cGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAAAAAGaaa > 1:378992/1‑288 (MQ=255)
cGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAAGTTTGAAAAAGaaa > 1:1144816/1‑288 (MQ=255)
gAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAAAAAGAAAcc < 1:34389/289‑1 (MQ=255)
gAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAAAAAGAAAc < 1:1057100/288‑1 (MQ=255)
gAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAAAAAGAAAc < 2:184957/288‑1 (MQ=255)
gAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAAAAAGAAAc < 2:1501692/288‑1 (MQ=255)
gAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAAAAAGAAAc < 1:193956/288‑1 (MQ=255)
aGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCTGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATc > 1:116320/1‑252 (MQ=255)
aGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCCCATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAAAAAGAAACCg > 1:517145/1‑289 (MQ=255)
aGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAAAAAGAAACCg > 2:1198620/1‑289 (MQ=255)
tGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAAAAAGAAAcc < 1:838009/283‑1 (MQ=255)
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aaaaTGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAAAAAGAAACCGGTATTAAAGTCGTCTACGATGTTTTCGACTCTAACGAAGTACTGGAAGGCAAATTAATGGCCGGGAGTACCGGCTTTGATCTGGTGGTTCCATCTGCCAGCTTTCTGGAGCGCCAGTTGACTGCGGGAGTTTTCCAGCCGCTGGAc > 1:536486/1‑289 (MQ=255)
|||
TCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTAAGCGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAAAAAGAAACCGGTATTAAAGTCGTCTACGATGTTTTCGACTCTAACGAAGTACTGGAAGGCAAATTAATGGCCGGGAGTACCGGCTTTGATCTGGTGGTTCCATCTGCCAGCTTTCTGGAGCGCCAGTTGACTGCGGGAGTTTTCCAGCCGCTGGACA > CP042583/756429‑756984
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A